Гетерогенная группа наследственных спастических параплегий насчитывает около 80 форм с картированными и преимущественно идентифицированными генами (SPG). Значительная их часть выделена в последние годы методами секвенирования нового поколения NGS. Кроме выявления новых SPG и аллельных вариантов, NGS позволяет уточнить представления об известных формах, предложить новые классификационные подходы, дает новые данные об эпидемиологии спастических параплегий.

Ранее методами полноэкзомного секвенирования (WES) в Якутии была выявлена основная генетическая причина врожденной аутосомно-рецессивной катаракты - нонсенс-мутация c.1621C>T (p.Gln541*) в гене FYCO1 . В настоящей работе приводятся результаты анализа частоты гетерозиготного носительства мутации c.1621C>T (p.Gln541*) у 424 взрослых индивидов без признаков нарушения зрения из 7 популяций Восточной Сибири (русские, якуты, эвенки, эвены, долганы, юкагиры и чукчи). Наибольшая частота гетерозиготного носительства мутации c.1621C>T (p.Gln541*) была обнаружена в популяции якутов (7.9%), наименьшая - у эвенов (2.0%), эвенков (1,7%). Мутация c.1621C>T (p.Gln541*) отсутствовала у русских, юкагиров, долган и чукчей. Проведен анализ гаплотипов, полученных в результате генотипирования 6 STR-маркеров, фланкирующих ген FYCO1 , у 25 пациентов, гомозиготных по мутации c.1621C>T (p.Gln541*), и 114 человек без данной мутации. Общность гаплотипов, несущих c.1621C>T (p.Gln541*), свидетельствует об эффекте основателя в распространении этой мутации в Якутии. Наибольший уровень разнообразия c.1621C>T-гаплотипов выявлен в этнотерриториальной группе центральных якутов, населяющих Лено-Амгинское междуречье. Мутантные гаплотипы вилюйских и северных групп якутов, вероятно, являются производными от c.1621C>T-гаплотипов, обнаруженных у центральных якутов. В целом, реконструкция мутантных гаплотипов, проведенная по 6 STR-маркерам, свидетельствует о том, что экспансия носителей c.1621C>T (p.Gln541*) на территории Якутии произошла в результате эффекта основателя около 260 ± 65 лет назад (10,4 ± 2,6 поколений) ~ в середине XVIII в.

Основным лабораторным тестом для диагностики пероксисомных болезней (ПБ) является анализ концентрации очень длинноцепочечных кислот (ОДЦЖК), их соотношения, а также концентраций фитановой и пристановой кислот в плазме крови. До начала 2017 г. для диагностики ПБ в лаборатории наследственных болезней обмена веществ (НБО) проводилось только определение ОДЦЖК и анализ нескольких генов: ABCD1, PEX1, PEX6 . Целью работы являлось расширение спектра биохимических и ДНК-тестов для повышения эффективности диагностики ПБ. В рамках работы был апробирован анализ одновременного определения ОДЦЖК, фитановой и пристановой кислот методом газовой хромато-масс-спектрометрии (ГХ-МС), что позволяет проводить подтверждающую биохимическую диагностику. Для молекулярно-генетической верификации диагноза была создана таргетная панель, которая включает 15 генов пероксинов, а также гены, ответственные за Х-сцепленную адренолейкодистрофию, болезнь Рефсума и дефект бифункционального белка пероксисом. С применением данного подхода у 13 пациентов были выявлены изменения в концентрации данных метаболитов и на основании клинических данных и результатов ДНК-диагностики были верифицированы диагнозы: недостаточность D-бифункционального белка (n = 1), синдром Целлвегера (n = 1), Х-сцепленная адренолейкодистрофия (n = 11). У 2 пациентов биохимические тесты применялись для подтверждения патогенности выявленных в ходе ДНК-диагностики мутаций: синдром Целлвегера (n = 1), Х-сцепленная адренолейкодистрофия (n = 1). На клинических примерах показана важность комплексного подхода к диагностике ПБ при неклассическом клиническом фенотипе.

Проведено комплексное молекулярно-генетическое обследование 76 больных с туберозным склерозом. Для диагностики заболевания использовалась внедренная в практическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ» новая медицинская технология, которая включает в себя методы таргетного высокопроизводительного параллельного секвенирования (ВПС), мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA), а также секвенирование ДНК по Сенгеру. Поиск точковых мутаций, а также малых делеций/инсерций в генах TSC1 и TSC2 осуществляли методом ВПС на приборе Ion S5. Для исключения артефактов секвенирования, подтверждения патогенности обнаруженных однонуклеотидных замен и выявления семейных случаев проводили секвенирование по Сенгеру. Для выявления протяженных делеций в генах TSC1 и TSC2 использовали метод MLPA. Патогенные генетические варианты выявлены в 46% случаев, из них 70% - в гене TSC2 , и 30% - в гене TSC1 . Подавляющее большинство мутаций было выявлено методом ВПС - 91,9%; методом MLPA протяженные делеции выявлены в 8,1% информативных образцов.

Целью исследования явился поиск ассоциации полиморфных вариантов +936C/T и +460C/T гена VEGF и полиморфных вариантов C(-15161)T (rs10902088) и T(-12150)C (rs10794288) гена MUC2 с риском развития наружного генитального эндометриоза в славянской популяции Северо-Западного федерального округа. В исследование включено 60 пациенток (средний возраст 32,1 ± 12,4 года) с диагнозом наружный генитальный эндометриоз и 76 здоровых доноров (средний возраст 29,6 ± 9,7 года). Генотипирование проводилось методом ПЦР в режиме реального времени с использованием амплификатора LightCycler 480 Instrument II («Roche», Швейцария) и наборов для определения полиморфных вариантов VEGF T(-460)C (rs833061), VEGF C936T (rs3025039), MUC2 C(-15161)T (rs10902088), MUC2 T(-12150)C (rs10794288) (ЗАО «Синтол»). В проведенном исследовании установлена ассоциация аллеля С (OR = 2,11) и генотипа СС (OR = 2,57) полиморфных вариантов rs833061460 гена VEGFА с повышенным риском развития наружного генитального эндометриоза в славянской популяции Северо-Западного федерального округа.

Наследственные моторно-сенсорные нейропатии (НМСН) - группа болезней переферической нервной системой, обладающая выраженной генетической гетерогенностью и клинической полиморфностью. Консультирование семей со случаями наследственной моторно-сенсорной нейропатии является трудной задачей для врача-генетика. В статье приведены клинические, электрофизиологические и молекулярно-генетические данные обследования большой семьи из Самары с аутосомно-доминантной наследственной моторно-сенсорной нейропатией. Всем членам семьи проведен неврологический осмотр по стандартной методике. Электромиографическое обследование проводилось с использованием 4-канального электромиографа «Нейро-МВП», фирмы «Нейрософт» (Россия). Молекулярно-генетическое исследование проводилось методом прямого автоматического секвенирования целевых генов и экзомного секвенирования на секвенаторе IlluminaNextSeq 500 методом парно-концевого чтения (2 x 75 п.н.) с использование набора IlluminaTruSeq® ExomeKit. Причиной НМСН в описываемой семье является ранее описанный в большой семье из Сардинии патогенный вариант c.2047-1G>A в интроне 24 гена LRSAM1 . На сегодняшний день описано всего лишь 20 семей, причиной болезни в которых являются патогенные варианты гена LRSAM1 . Особенностями проявлений наследственной моторно-сенсорной нейропатии типа 2P с доминантным типом наследования является поздний возраст манифестации (на 4-5 декаде жизни), асимметрия поражения нижних конечностей, мягкие клинические проявления и медленное прогрессирование не приводящее к инвалидизации. Единственным адекватным методом молекулярно-генетической диагностики данной формы болезни является высокопроизводительное секвенирование. Генетическое тестирование, направленное на поиск выявленной в данной семье мутации, является единственным способом определения генетического риска и профилактики рождения больных детей при достижении членами семей больных детородного возраста.

Синдром Адамса-Оливера относится к редким наследственным синдромам, основными клиническими проявлениями которого являются врожденная аплазия кожи головы в сочетании с терминальными поперечными дефектами конечностей, наследуется преимущественно аутосомно-доминантно. Наша работа посвящена описанию клинико-генетических характеристик двух пациентов, являющихся сибсами в одной семье, с редким аутосомно-рецессивным типом 2 синдрома Адамса-Оливера, обусловленного новым аллельным вариантом в гене DOCK6 . В представленном случае пробанд имел тяжелые неврологические нарушения, включающие микроцефалию, судороги, лейкопатию больших полушарий с заместительной внутренней гидроцефалией, спастический тетрапарез, выраженную задержку психомоторного и речевого развития, однако классические симптомы были менее выражены, что характерно только для аутосомно-рецессивного типа синдрома Адамса-Оливера. Рассматривается выраженный внутрисемейный клинический полиморфизм у пробанда и его сестры, что необходимо учитывать при проведении медико-генетического консультирования.