Медицинская технология комплексной ДНК-диагностики туберозного склероза

Проведено комплексное молекулярно-генетическое обследование 76 больных с туберозным склерозом. Для диагностики заболевания использовалась внедренная в практическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ» новая медицинская технология, которая включает в себя методы таргетного высокопроизводительного параллельного секвенирования (ВПС), мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA), а также секвенирование ДНК по Сенгеру. Поиск точковых мутаций, а также малых делеций/инсерций в генах TSC1 и TSC2 осуществляли методом ВПС на приборе Ion S5. Для исключения артефактов секвенирования, подтверждения патогенности обнаруженных однонуклеотидных замен и выявления семейных случаев проводили секвенирование по Сенгеру. Для выявления протяженных делеций в генах TSC1 и TSC2 использовали метод MLPA. Патогенные генетические варианты выявлены в 46% случаев, из них 70% - в гене TSC2 , и 30% - в гене TSC1 . Подавляющее большинство мутаций было выявлено методом ВПС - 91,9%; методом MLPA протяженные делеции выявлены в 8,1% информативных образцов.

туберозный склероз, ген TSC1, ген TSC2, медицинская технология, высокопроизводительное параллельное секвенирование ДНК, MLPA, tuberous sclerosis, TSC1 gene, TSC2 gene, medical technology, NGS, MLPA

1. Islam, M.P. and E.S. Roach, Tuberous sclerosis complex. Handb Clin Neurol, 2015. 132: 97-109.

2. Populo, H., J.M. Lopes, and P. Soares, The mTOR signalling pathway in human cancer. Int J Mol Sci, 2012. 13(2):1886-918.

3. Huang, J. and B.D. Manning, The TSC1-TSC2 complex: a molecular switchboard controlling cell growth. Biochem J, 2008. 412(2):179-90.

4. Fokkema, I.F., et al., LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databases. Hum Mutat, 2011. 32(5):557-63.

5. Stenson, P.D., et al., Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. Hum Mutat, 2003. 21(6):577-81.

6. Landrum, M.J., et al., ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1):D1062-D1067.

7. Lek, M., et al., Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature, 2016. 536(7616):285-91.

8. Wang, K., M. Li, and H. Hakonarson, ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res, 2010. 38(16):e164.

9. Robinson, J.T., et al., Integrative genomics viewer. Nat Biotechnol, 2011. 29(1):24-6.

10. Northrup H, K.M., Pearson DA, et al., Tuberous Sclerosis Complex. 2015.

11. Curatolo, P., et al., Genotype/Phenotype Correlations in Tuberous Sclerosis Complex. Semin Pediatr Neurol, 2015. 22(4):259-73.

12. Sancak, O., et al., Mutational analysis of the TSC1 and TSC2 genes in a diagnostic setting: genotype-phenotype correlations and comparison of diagnostic DNA techniques in Tuberous Sclerosis Complex. Eur J Hum Genet, 2005. 13(6):731-41.

13. Tyburczy, M.E., et al., Mosaic and Intronic Mutations in TSC1/TSC2 Explain the Majority of TSC Patients with No Mutation Identified by Conventional Testing. PLoS Genet, 2015. 11(11):e1005637.

14. Rosset, C., C.B.O. Netto, and P. Ashton-Prolla, TSC1 and TSC2 gene mutations and their implications for treatment in Tuberous Sclerosis Complex: a review. Genet Mol Biol, 2017. 40(1):69-79.