Актуальность. Изучение генетического дисбаланса в клетках узлов миомы матки важно для понимания патогенеза заболевания. Цель: Изучить спектр изменений в структуре хромосомы 1 и частоты их встречаемости в некультивированных клетках узлов миомы матки с учетом наличия/отсутствия мутаций в гене MED12 . Материал и методы. Исследование проведено на образцах 4 миоматозных узлов крупного размера (d = 7-20 см). Спектр изменений в структуре хромосомы 1 определен методом aCGH. Частота встречаемости клеток с изменениями хромосомы 1 определена методом FISH с использованием ДНК-зондов, специфичных к локусам 1pTEL, 1p36, 1q25. Наличие мутаций в экзоне 2 гена MED12 и в прилегающих интронных последовательностях проанализировано методом секвенирования по Сэнджеру. Результаты. Генетический дисбаланс хромосомы 1 выявлен во всех изученных образцах миом. Мутаций в гене MED12 не выявлено ни в одном из образцов. Спектр выявленных аномалий хромосомы 1, включающий делеции и дупликации, сходен между разными опухолями, однако представленность субпопуляций клеток с различными аномалиями характеризуется вариабельностью. Во всех миомах клетки с аномалиями были представлены минорными, а клетки с двумя копиями хромосомы 1 - мажорными субпопуляциями. Выводы. Генетический дисбаланс хромосомы 1 специфичен для клеток миом матки. Выявленные аномалии, вероятно, не являются триггерами возникновения миомы, однако могут быть значимы для опухолевого роста.

Актуальность. Ген BLM кодирует белок, который относится к классу RecQ-хеликаз, участвует в поддержании стабильности генома. В случае гомозиготного или компаунд-гетерозиготного носительства мутаций в гене BLM развивается редкое аутосомно-рецессивное заболевание - синдром Блума, при котором значительно повышается риск развития онкологических заболеваний. Цель: Поиск мутаций в гене BLM у пациентов с раком предстательной железы. Материалы и методы. Проанализировано 124 образца ДНК, выделенных из периферической крови больных с аденокарциномой простаты из Республики Башкортостан. В работе применялись следующие методы: выделение ДНК из периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции, полимеразная цепная реакция; анализ кривых плавления с высокой разрешающей способностью (HRM); прямое секвенирование. Функциональную значимость выявленных изменений оценивали с использованием программ SIFT, PolyPhen-2, Mutation Assessor, Mutation Taster, CADD. Результаты. У пациентов с раком предстательной железы обнаружено 4 миссенс-мутации (c.C1237A (p.L413I), c.A1490C (p.Q497R), c.C2603T (p.P868L), c.G3961A (p.V1321I) и ряд синонимичных замен (с.G3102A (p.T1034T), c.C3531A (p.A1177A)).

Актуальность. Вариации числа копий участков ДНК (CNV) у пациентов с интеллектуальными расстройствами, при которых хромосомная мутация затрагивает единственный ген, зачастую проявляются патологическими процессами не только в ЦНС, но и в других системах организма. Ранее нами и другими авторами было показано, что изолированные микроделеции и микродупликации гена CNTN6 у пациентов с умственной отсталостью сопровождаются аномалиями черепа, лицевыми дисморфиями, сколиозом, кардиологическими нарушениями, эпилептиформными припадками. Однако чем обусловлен такой эффект, неизвестно. Цель. Поиск молекулярных путей и партнеров гена CNTN6 в регуляции краниогенеза. Материалы и методы. На ДНК-микрочипах 44K и 60K (Agilent Technologies) проведено молекулярное кариотипирование 117 детей в возрасте от 3 до 17 лет с задержкой развития, недифференцированными интеллектуальными расстройствами (ИР) и дисморфиями. Анализ потенциальных молекулярных взаимодействий CNTN6 и белковых продуктов генов, вовлеченных в CNVs, проведен путем построения генных сетей в ресурсе STRING. Результаты. Патогенные и потенциально патогенные CNVs обнаружены у 30 чел., среди которых аномалии черепа диагностированы у 24 пробаднов. Для трех детей с изолированной мутацией в гене CNTN6 значимыми оказались сигнальные пути Notch и CAM, гены которых NOTCH1 и ALCAM участвуют в регуляции остеогенеза. При построении сетей для 17 пациентов с CNVs, затрагивающими другие хромосомные области, с аномалиями черепа (N = 11) и без (N = 6), вовлечение генов CAM-пути выявило еще для одного ребенка с аномалией черепа. Вовлечение Notch-сигнального пути было отмечено в обеих группах. Выводы. Аномалии черепа у пациентов c изолированными микроделециями и микродупликациями в гене CNTN6 наиболее вероятно опосредованы CAM-сигнальным путем через взаимодействие CNTN6 с продуктом гена ALCAM.

Актуальность. Одним из ключевых компонентов в развитии атеросклероза является нарушение липидного обмена. Однако роль эпигенетических механизмов в данном процессе изучена недостаточно. Цель. Характеристика вариабельности метилирования гена липазы PNPLA2 в клетках артерий различной локализации и лейкоцитах периферической крови при атеросклерозе. Материалы и методы. Оценка уровня метилирования ДНК в атеросклеротических бляшках коронарных и сонных артерий, а также стенке непораженных внутренних грудных артерий и лейкоцитах периферической крови выполнена методом бисульфитного пиросеквенирования. Статистический анализ полученных данных выполнен в программной среде R. Результаты и выводы. Для клеток артериальной стенки из области атеросклеротических бляшек коронарных артерий характерны более высокие уровни метилирования в промоторном регионе гена PNPLA2 по сравнению с непораженной стенкой внутренних грудных артерий. Уровень метилирования анализируемой области гена в лейкоцитах больных атеросклерозом ассоциирован с курением и приемом статинов.

Актуальность. Аномальные изменения профилей метилирования ДНК в опухолевых клетках обладают высоким потенциалом для применения в качестве онкомаркеров. Злокачественные новообразования молочной железы являются одним из наиболее распространённых типов онкопатологии, в связи с чем идентификация новых молекулярно-генетических диагностических маркеров приобретает особую актуальность. Цель. Целью работы явилась характеристика профилей метилирования генов онкогенного пути Wnt SFRP2 , PYGO1 и WIF1 с точки зрения их потенциального применения в качестве эпигенетических маркеров злокачественных новообразований молочной железы. Материалы и методы. Для характеристики профилей метилирования ДНК вблизи точек начала транскрипции генов-кандидатов использован метод бисульфитного секвенирования. Анализ аналитической чувствительности и специфичности детекции опухолей проводили с помощью кривых ROC в статистическом пакете SPSS. Результаты. В опухолевых образцах обнаружено гиперметилирование исследованных областей генов SFRP2 , PYGO1 и WIF1 , включающих 14, 5 и 7 CpG-динуклеотидов, соответственно. В целом, в опухолях уровень метилирования ДНК был значительно выше, чем в гистологически нормальной ткани. Использование индекса метилирования наиболее информативных единичных CpG-динуклеотидов обеспечило высокие показатели чувствительности и специфичности детекции опухолевых образцов: 88% и 94% (ген SFRP2 , здесь и далее: чувствительность и специфичность), 100% и 81% (ген PYGO1 ), 81% и 88% (ген WIF1 ). Значимых изменений уровня метилирования CpG-динуклеотидов в зависимости от клинической стадии опухолей не обнаружено, что свидетельствует о раннем возникновении аномалий гиперметилирования при развитии рака молочной железы. Выводы. Уровень метилирования отдельных CpG-динуклеотидов генов SFRP2 , PYGO1 и WIF1 позволяет с высокой точностью детектировать образцы злокачественных новообразований молочной железы и представляет интерес в качестве потенциальных диагностических маркеров. Обнаружение аномального гиперметилирования уже на ранних стадиях развития опухоли перспективно в контексте разработки методов ранней онкодиагностики.

Актуальность: гены TOMM40 и APOE расположены в одном локусе на хромосоме 19 (19p13). Анализ вклада полиморфизма этих генов в вариабельность клинически значимых показателей в популяции позволит оценить их роль в формировании заболеваний сердечно-сосудистой системы и их эндофенотипов. Цель: изучить полиморфизм восьми однонуклеотидных замен и политиминового (поли-Т) повтора в локусе TOMM40 / APOE в выборке здоровых индивидуумов и выявить ассоциации полиморфных вариантов с количественными показателями деятельности сердечно-сосудистой системы. Материалы и методы: в двух выборках индивидов, здоровых в отношении сердечно-сосудистых заболеваний (г.Томска, N = 183 и г.Кемерово. N = 183), были изучены полиморфизмы rs741780, rs2075650, rs1160985, rs157580, rs8106922, rs10524523 (поли-Т повтор) в гене TOMM40 и APOE: rs7259620, rs429358 и rs7412. Генотипирование проведено методами ПЦР в реальном времени и фрагментного анализа. Анализ ассоциаций с количественными признаками выполнен путем дисперсионного анализа и непараметрических критериев Манна-Уитни и Краскела-Уоллеса. Результаты. Получены оценки частот аллелей исследованных полиморфизмов у русского населения Западной Сибири, соответствующие характеристикам европеоидных популяций. Редкие аллели rs741780 и rs1160985 ассоциированы с более низкими уровнями триглицеридов (p = 0,031 и p = 0,044, соответственно); длинный аллель (L) поли-Т повтора rs10524523 ассоциирован с более высоким уровнем глюкозы (p = 0,027); rs7412 вносит вклад в вариабельность общего холестерола (р = 0,002) и липопротеидов низкой плотности (р = 0,006); rs2075650 ассоциирован с уровнями систолического артериального давления и липопротеидов низкой плотности в подгруппе мужчин (p = 0,026 и p = 0,002); генотип GG rs8106922 - с уровнем триглицеридов в подгруппе женщин (p = 0,036); rs429358 - с уровнем общего холестерола и липопротеидами низкой плотности (p = 0,002 и p = 0,006). Выводы. Полиморфизмы в локусе генов TOMM40/АРОЕ вносят вклад в изменчивость показателей липидного спектра, уровня глюкозы и артериального давления крови у русского населения Западной Сибири.

Целью исследования является выявление роли полиморфных вариантов генов IL1b (+3953)С/Т и IL8 (-251)А/Т при Н. pylori -ассоциированном поверхностном хроническом гастрите (ПХГ). В исследование было включено 104 пациента с ПХГ, ассоциированным с Н.pylori -инфекцией и 64 практически здоровых пациента. Обнаружено, что наиболее частыми у больных с H. pylori -ассоциированным ПХГ по сравнению с группой здоровых доноров являлись генотип IL1b (+3953)С/С и сочетание генотипов IL1b (+3953)С/С + IL8 (-251)А/А.

Полиморфные варианты, располагающиеся в регуляторных последовательностях генов (rSNPs) играют значимую роль в развитии различных патологических состояний человека, изменяя уровень экспрессии кандидатных генов. Цель исследования - изучение генетической компоненты преэклампсии (ПЭ) по системе регуляторных полиморфных вариантов нового гена-кандидата CORO2A . В представленной работе изучено пять rSNPs. Исследование проводилось в различных этнических группах (русские, якуты, буряты). Полученные данные показали ассоциацию с развитием ПЭ двух rSNPs гена CORO2A : rs10985257 и rs735111. Результаты исследования могут свидетельствовать о значимой роли rSNPs нового гена-кандидата CORO2A в формировании вариабельности уровня экспрессии в плацентарной ткани при ПЭ и физиологично протекающей беременности.

Актуальность. У эмбрионов человека на преимплантационном этапе развития часто регистрируется явление хромосомного мозаицизма. Это может быть обусловлено особенностями сегрегации хромосом на данном этапе онтогенеза. Использование внеклеточной ДНК из внутриполостной жидкости может способствовать изучению частоты и механизмов возникновения хромосомного мозаицизма в бластоцисте путем анализа кариотипа клеток, подвергшихся апоптозу и недоступных для кариотипирования с применением традиционных технологий цитогенетического исследования. Цель: оценка частоты хромосомного мозаицизма у эмбрионов человека на стадии бластоцисты. Материалы и методы. CGH-анализ 14 эмбрионов человека на 5 день развития с разделением на внутреннюю клеточную массу, трофэктодерму и внутриполостную жидкость. Результаты. Анализ клеток эмбриобласта и трофобласта 14 бластоцист показал, что мозаицизм в каждом эмбрионе наблюдается в среднем по 5 хромосомам. При этом дополнительное использование внеклеточной ДНК приводит к увеличению спектра мозаичных хромосомных аномалий до 7 на образец. Анализ молекулярных кариотипов с использованием внеклеточной ДНК доказывает преимущественную элиминацию клеток с аутосомными моносомия из эмбриобласта. Выводы. Использование внеклеточной ДНК из полости бластоцисты повышает частоту регистрации хромосомного мозаицизма в циклах экстракорпорального оплодотворения и преимплантационной генетической диагностики в основном за счет анеуплоидий, представленных во внутренней клеточной массе бластоцисты.

Первопричиной развития любого наследственного заболевания и стероидрезистентного нефротического синдрома (СРНС) в частности являются нуклеотидные замены, приводящие к патогенным изменениям кодируемых белков. Данное исследование направлено на разработку оптимального алгоритма диагностики различных наследственных болезней почек, объединенных симптомокомплексом нефротического синдрома. На основе технологии секвенирования нового поколения и секвенирования по Сэнгеру были обследованы 45 пациентов в возрасте от 0 до 6 лет с подозрением на нефротический синдром. У всех пациентов наблюдалась резистентность к гормональной терапии. В результате исследования у 35 пациентов были обнаружены мутации генов NPHS1, NPHS2, PLCE1, TRPC6, ACTN4, WT1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, CD2AP, COQ2, COQ6 , при этом было выявлено 10 новых мутаций. Полученные данные могут свидетельствовать о значительной гетерогенности СРНС в Российской Федерации.

Актуальность. Несмотря на достигнутые успехи в расшифровке генетической компоненты ишемической болезни сердца (ИБС), только малая часть наследуемости заболевания была объяснена. В настоящее время существует небольшой ряд работ, которые изучают вариации по числу копий участков ДНК (copy number variation, CNV) при сердечно-сосудистой патологии. Цель. Оценка уровня CNV в хромосомном регионе 10q24.31 ( ERLIN1 ) в клетках коронарных артерий и лейкоцитов периферической крови (ЛПК) у больных с ИБС. Материалы и методы. Детекция CNV проводилась методом ПЦР в режиме реального времени с использованием TaqMan-зондов в образцах ДНК ЛПК (n = 110) и ДНК атеросклеротических бляшек из коронарных артерий (n = 33) у больных с ИБС, а также в образцах ДНК ЛПК здоровых индивидов (n = 100). Статистический анализ выполнялся с помощью стандартной кривой согласно методу Pfaffl. Результаты и выводы. Установлено, что среди больных ИБС амплификации хромосомного региона 10q24.31 ( ERLIN1 ) регистрировались в 3% случаев, тогда как у 1% здоровых индивидов обнаружена делеция анализируемого региона. Кроме того, у двух пациентов данная амплификация представлена только в ЛПК, но не в атеросклеротических бляшках коронарных артерий.

Исследование причин неразвивающейся беременности является актуальным, поскольку представляет собой серьезную проблему в акушерско-гинекологической практике. Целью исследования было сравнительное изучение частоты и спектра аномалий кариотипа хориона при неразвивающейся беременности, наступившей естественным путем. В работе представлены результаты цитогенетического исследования абортного материала от 120 пациенток с неразвивающейся беременностью. Аномальный кариотип хориона был выявлен в 74% случаев. Преобладающими типами нарушений являлись трисомии (54%) и триплоидии (12%). Проанализированы частота и спектр хромосомной патологии с учетом возраста пациенток, наличием замершей беременности в анамнезе и сроком остановки развития плода. Доля аномальных кариотипов, обнаруженная в данном исследовании выше, чем в аналогичных исследованиях других авторов.

Исследована генетическая структура шорских популяций и родов (сеоков) по маркерам Y-хромосомы. Результаты анализа частот гаплогрупп и YSTR-гаплотипов свидетельствуют, что шорские сеоки являются родственными объединениями, в большинстве случаев имеющими одного родоначальника по мужской линии. Показано, что генофонд шорцев, а точнее часть, маркируемая гаплогруппами Y-хромосомы, структурирована, прежде всего, по родовому принципу. Для подавляющего большинства образцов показана тесная генетическая близость представителей одного сеока.

Применение неоадъювантной химиотерапии при лечении больных немелкоклеточным раком легкого позволяет уменьшить размер опухоли, повысить абластичность операции, а также спланировать проведение послеоперационной химиотерапии. Одной из важных причин неэффективности химиотерапии является химиорезистентность, обусловленная экспрессией генов ABC-транспортеров ( ABCB1, ABCC1, ABCC2, ABCC5, ABCG1, ABCG2 и ген метаболизма GSTP1 ). Целью работы явилось изучение экспрессии генов ABC в процессе химиотерапии. В результате было установлено, что экспрессия генов химиорезистентности слабо коррелирует с основными клинико-морфологическими параметрами. При этом было установлено, что направление изменения экспрессии гена ABCB1 , повышение или снижение, сопряжено с показателями выживаемости.

Проведено исследование вариабельности 27 SNP, ассоциированных с иммунозависимыми заболеваниями и их эндофенотипами, в популяциях человека и связи уровня инфекционных и паразитарных болезней с генетической вариабельностью. Наибольшее число корреляционных связей локусов генов показано с лихорадкой денге, малярией и трипаносомозом - инфекционными болезнями вызываемыми вирусами и простейшими. Не обнаружено значимых корреляций для бактериальных инфекций (тиф, чума) и одного из гельминтозов (шистосомоз). Обнаружена тенденция к росту общего генетического разнообразия (средней ожидаемой гетерозиготности) по мере уменьшения суммарной нагрузки патогенами. Данные обсуждаются в рамках концепции деканализации иммунного ответа в ходе расселения современного человека.

Цель: исследование ассоциации полиморфных вариантов rs1333040 гена CDKN2B и rs7865618 гена CDKN2А с развитием артериовенозных мальформаций (АВМ) у жителей Западно-Сибирского региона России. Материалы и методы. Обследован 191 пациент (124 мужчины и 67 женщины) с диагнозом АВМ головного мозга, подтвержденным МРТ и ЦАГ в клинических центрах г.Новосибирска. Контрольная группа состояла из 480 жителей г.Новосибирска без АВМ. Определение полиморфных вариантов генов проводилось методом ПЦР в режиме реального времени, с использованием конкурирующих TaqMan-зондов. Результаты. Ассоциативный анализ выявил связь полиморфного локуса rs7865618 гена CDKN2A с развитием АВМ (OR = 1,915, CI = [1,158-3,167], р = 0,01). Заключение. Проведенное исследование продемонстрировало, что носительство генотипа GG полиморфного локуса rs7865618 гена CDKN2A ассоциировано с развитием АВМ у жителей России.