Цель: описание семейного случая атаксии-телеангиэктазии. Методы. Проведено обследование двух братьев с атактическим синдромом неясного генеза. Молекулярно-генетическое исследование выполнено методом полногеномного секвенирования (ООО Эвоген, г. Москва). Результаты. Проведено клиническое обследование и молекулярно-генетическое тестирование пациента в возрасте 1 год 9 месяцев с симптомами атаксии и иммунодефицитным состоянием и его родного брата (6 лет 9 месяцев). Обнаружены 2 варианта нуклеотидной последовательности гена АТМ в компаунд-гетерозиготном состоянии: в экзоне 40, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Glu1978Ter (отцовского происхождения), и в экзоне 58, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Arg2849Ter (материнского происхождения). Указанные варианты описаны в компаунд-гетерозиготном и гомозиготном состоянии у пациентов с атаксией-телеангиэктазией. Заключение. Установление точного диагноза пациентам позволит своевременно определить план наблюдения, который является междисциплинарным, а также эффективно проводить профилактические и реабилитационные мероприятия. Проведено медико-генетическое консультирование семьи, уточнен прогноз для членов семьи.

Наследственный дефицит сахаразы-изомальтазы - вид наследственной дисахаридазной непереносимости. Гомозиготные формы данной патологии встречаются c частотой 0,02% в популяции. В статье описан клинический случай этого заболевания, выявленного врачами в Челябинской области. Предоставлены анамнез, клиническая картина, этапы диагностики, а также применяемое лечение.

Цель: описание клинического случая проведения программы вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) с преимплантационным генетическим тестированием (ПГТ) спиноцеребеллярной атаксии первого типа (СЦА1) в сочетании с преимплантационным хромосомным анализом. Методы. Планирование и проведение ПГТ выполнено для супружеской пары (30 и 31 год) из Республики Саха (Якутия) с риском СЦА1 у супруги. Нами была разработана система для ПГТ моногенного заболевания (ПГТ-М), включающая анализ патогенного варианта гена ATXN1 (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) и полиморфных STR-маркеров, сцепленных с геном ATXN1. Для подготовительного этапа использовали ДНК, выделенную из крови пациентки и супруга, сестры и отца пациентки, а также здорового неродственного донора. Исследование выполняли методом двухраундовой ПЦР с детекцией фрагментным анализом. Разработанную систему валидировали на образцах единичных клеток. Стимуляцию овуляции и эмбриологические процедуры в ходе программы ВРТ выполняли по стандартным протоколам, оплодотворение проводили методом ИКСИ. Биопсию эмбрионов выполняли на 5-е сутки развития. Полногеномную амплификацию (ПГА) ДНК из образцов трофэктодермы эмбрионов выполняли по технологии множественного замещения цепи (MDA). Полученный продукт ПГА использовали для ПГТ-М по разработанной на подготовительном этапе системе и для хромосомного микроматричного анализа анеуплоидии (ПГТ-А). Перенос размороженного эмбриона выполнен с учетом результатов ПГТ. Результаты. Разработанная система ПГТ-М включала анализ фрагмента гена ATXN1, несущего CAG-повторы и анализ 9 информативных маркеров STR, фланкирующих ген. В программе ВРТ получено 5 зрелых ооцитов. Три эмбриона, достигших стадии бластоцисты, были биопсированы; для них была выполнена ПГА и ПГТ-М. Мутантный аллель хорошо идентифицировался в двух эмбрионах. Один из эмбрионов был определен как нормальный по генотипу ATXN1 и материнскому STR-гаплотипу. Для одного нормального эмбриона было выполнено ПГТ-А, результат которого показал нормальный хромосомный статус. Эмбрион был перенесен в полость матки. Результаты ХГЧ (хорионического гонадотропина человека) подтвердили имплантацию эмбриона. Заключение. Представленный нами клинический случай демонстрирует успешное проведение программы ВРТ с ПГТ в отношении СЦА1 в сочетании с анализом ПГТ-А.

Проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q (5q СМА) является одним из самых частых аутосомно-рецессивных заболеваний в мире и самой частой причиной генетически обусловленной детской смертности. По мировым данным примерно 5% больных являются компаунд-гетерозиготами по делеции в одной копии гена SMN1 и точковой мутации в другой. Однако в России проведено лишь небольшое число исследований таких случаев. Цель исследования - изучение спектра минорных вариантов в локусе SMN у больных 5q СМА. Работа выполнена на образцах ДНК 2164 больных из неродственных семей, направленных с диагнозом проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q. Контрольную группу составили 2973 необследованных неродственных человека. Число копий генов SMN определяли методом количественной MLPA. Поиск мутаций в гене SMN1 осуществлялся методом прямого автоматического секвенирования по Сэнгеру. Результаты и выводы. Исследование числа копий генов SMN1 и SMN2 проведено у 2164 больных, диагноз 5q СМА был подтвержден у 1032. Малые (точковые) мутации в компаунд-гетерозиготном состоянии с делецией экзонов 7-8 были выявлены у 32 больных (1,5%), а среди больных с 1 копией SMN1 малые мутации выявлены у 43%. Варианты (нонсенс-мутации, миссенс-мутации, мутации, приводящие к сдвигу рамки считывания, а также мутации сайта сплайсинга) выявлены во всех экзонах гена SMN1, кроме 2a и 8. В экзоне 6 выявлены повторяющиеся мутации, две из которых c.815A>G и c.821C>T встретились по 6 и 7 раз соответственно. Обнаружена взаимосвязь клинического типа 5q СМА как с типом мутации, так и с числом копий гена SMN2. Частота носительства делеции в популяции по нашим данным составила 1/35 человек. Оценена частота носительства малых мутаций в популяции - 0,000224. Частота носительства малой мутации в популяции составила 1/4464 человек. Риск рождения ребенка с 5q СМА в семье, где родители являются здоровыми носителями - 1/156240.

Наследственные нарушения соединительной ткани - это обширная группа генетически и клинически гетерогенных заболеваний, развитие которых обусловлено мутациями генов, ответственных за синтез белков внеклеточного матрикса или участвующих в морфогенезе соединительной ткани. Данная статья посвящена результатам поиска молекулярно-генетических причин редких наследственных заболеваний соединительной ткани - синдрома Элерса-Данло, несовершенного остеогенеза и остеопетроза. Диагностика этих заболеваний осложняется сходством симптомов и степенью выраженности клинических проявлений. Представленные результаты расширят представление о молекулярном патогенезе наследственных болезней соединительной ткани и позволяют оптимизировать диагностику данной группы заболеваний, тактику медико-генетического консультирования отягощенных семей и оказания им медицинской помощи.

Более 90% случаев врожденной дисфункции коры надпочечников (ВДКН) связаны с изменениями в гене CYP21A2, из которых около 20% приходится на различные типы «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2. Проблема идентификации «химерных» генов и взаимосвязи их типов с клиническими формами ВДКН актуальна до настоящего времени. Исследование посвящено анализу «химерного» гена CH4 при неклассической форме ВДКН. В работе использовали методы ПЦР-ПДРФ анализа и секвенирования по Сэнгеру. Проанализированы образцы ДНК 3-х пробандов с неклассической формой ВДКН и их родителей. ПЦР-ПДРФ анализ с CYP21A2 генспецифичными праймерами не позволил определить химерные гены у родителей пробандов, но дал возможность предположить их наличие у самих пробандов. Комплексный анализ с использованием всех методов и псевдоген- и генспецифичных праймеров показал наличие у каждого из трех пробандов химерного гена CH4 в компаунд-гетерозиготном состоянии: в первом случае - с вариантом I173N, во втором - с i2 splice и в 3-м с - 30кб делецией гена CYP21A2. Для молекулярно-генетического анализа в семьях с дефицитом 21-гидроксилазы необходимо применение как анализа точковых мажорных мутаций, так и методов, выявляющих делеционно-дупликационные события в гене CYP21A2. Наличие химерного гена CH4 с точкой разрыва между позициями chr6:38038514 и chr6:32038938 (GRCh38) в компаунде с другими патогенными вариантами приводит к неклассической форме ВДКН.

Цель работы состояла в исследовании влияния аллельных полиморфизмов гена IL-17F rs2397084 (Glu126Gly) и rs763780 (His161Arg) на выживаемость пациентов с муковисцидозом. В исследовании принимали участие 82 пациента. Все участники исследования находились на активном диспансерном наблюдении, регулярно (каждые 3-6 месяцев) обследовались и получали антибактериальную терапию. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs2397084 в группе обследованных пациентов составили 90,2 % и 9,8 % соответственно. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs763780 были равны 92,1 % и 7,9 %. В зависимости от генотипа пациенты были разделены на 2 группы. Группа 1 состояла из пациентов с распространенным генотипом AA-AA (rs2397084-rs763780; n=55). Группа 2 включала носителей одного или нескольких аллелей G (n=27). Анализ демографических данных показал, что группы пациентов не различались по возрасту, полу, а также по количеству носителей мутации F508del. За период с 2015 по 2020 гг. в группе 1 умерли 14 пациентов, в группе 2 все пациенты остались живы. Таким образом, выживаемость в группах 1 и 2 составила, соответственно, 74,5 и 100 % (p=0,0035, точный критерий Фишера). Анализ кривых Каплана-Майера показал, что общая выживаемость пациентов первой группы была статистически значимо ниже, чем соответствующий параметр в группе 2 (р=0,0026, Log-Rank Test). Анализ состава микробиома дыхательных путей выявил в группе 1 существенное преобладание пациентов с хронической колонизацией Burkholderia cepacia complex: 22 vs 1 пациент в группе 2 (χ2 = 11,82, p = 0,0006; OR 17,33 [95% CI 2,19-137,21]). Таким образом, повышенная смертность больных муковисцидозом с распространенным генотипом AA-AA связана с высокой частотой развития хронической инфекции Burkholderia cepacia complex. Для получения достоверных данных о рисках заражения Burkholderia cepacia complex и неблагоприятном исходе заболевания необходимо увеличить количество обследованных пациентов.

Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД) представляет собой редкое и малоизученное заболевание, фенотип которого пересекается с другими распространенными заболеваниями респираторного тракта, создавая сложности для диагностики. Существующие на данный момент подходы к диагностике и верификации ПЦД требуют подтверждения с использованием геномного анализа, в связи с чем молекулярно-генетические методы, основанные на применении технологий NGS, приобретают решающее значение. В нашей лаборатории был проведен биоинформатический анализ данных полного экзомного секвенирования 19 пробандов из неродственных семей в возрасте до 17 лет с клинически установленным диагнозом ПЦД. В результате у 14 (74%) из 19 пробандов были выявлены варианты в генах, ответственных за формирование фенотипа ПЦД. Обнаруженные генетические варианты были классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG. Таким образом, использование комплексных подходов, включающих клинико-генетические и молекулярно-генетические методы анализа, позволяет повысить диагностическую эффективность в отношении ПЦД.

Фенилкетонурия (ФКУ) - распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания.

У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов - массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия.

RPE65-ассоциированные ретинопатии привлекли огромное внимание благодаря успешной генной терапии. Текущее исследование направлено на оценку частоты RPE65-зависимых форм наследственной дегенерации сетчатки в РФ, а также характеристику изменений в гене RPE65 у российских больных. Из 189 неродственных больных с диагнозами при обращении пигментная дегенерация сетчатки или врожденный амавроз Лебера выявлено 11 больных наследственными дегенерациями сетчатки (НДС) с биалелльными патогенными вариантами в гене RPE65, что составило 5,8% в исследуемой выборке. Наиболее частая мутация - c.370C>T (p.Arg124*) встретилась на пяти хромосомах. Выявлено два ранее не описанных варианта c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), классифицированных как вероятно патогенные. Существенный вклад RPE65-зависимых форм НДС в РФ и возможность генной терапии этих больных, а также отсутствие мажорных мутаций и горячих экзонов в гене RPE65 доказывают необходимость молекулярно-генетической диагностики больных различными формами НДС методом массового параллельного секвенирования.

Значительная клиническая и генетическая гетерогенность наследственных катаракт существенно затрудняет их раннюю ДНК-диагностику и определяет актуальность изучения эпидемиологии заболевания, популяционных особенностей спектра и частот мутаций в ответственных генах, клинико-генетических корреляций. Мутации в гене коннексина 50 (GJA8) относятся к частым причинам наследственных, преимущественно аутосомно-доминантных, врожденных катаракт. У пациента с врожденной двусторонней зонулярной катарактой в гене GJA8 идентифицированы две нуклеотидные замены в компаунд-гетерозиготном состоянии - ранее не описанный миссенс-вариант с.143A>G (p.Glu48Gly) и известный нуклеотидный вариант с.741Т>G (p.Ile24Met). На основании клинико-генеалогического и молекулярно-генетического анализа установлен спорадический характер заболевания в семье. Впервые выявленный вариант p.Glu48Gly, предположительно, является патогенной мутацией, проявляющей рецессивный характер.

Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия (MDCA1) - аутосомно-рецессивная форма мышечной дистрофии, которая характеризуется мышечной слабостью, проявляющейся при рождении или в первые 6 месяцев жизни. Причиной возникновения данного заболевания является дефицит или полное отсутствие белка мерозина, кодируемого геном LAMA2. На сегодняшний день нет патогенетической терапии данного заболевания, но в мире активно ведутся разработки различных подходов для лечения MDCA1, и вполне возможно, что в скором будущем будет доступна его терапия. Поэтому важно знать спектр патогенных вариантов, которые характерны для российской популяции, разработать наиболее подходящие молекулярно-генетические методы для выявления данного заболевания и дифференциальной диагностики с другими нервно-мышечными заболеваниями.

Все ПЦР-опосредованные методы секвенирования имеют риск возникновения явления «выпадения» аллеля (allelic dropout, ADO), которое приводит к селективной амплификации аллелей в ходе ПЦР и может снижать диагностическую эффективность генетического тестирования. Для выявления случаев ADO нами было проведено сравнение файлов ВАМ, VCF с хроматограммами прямого секвенирования по Сэнгеру. Для выявления причин ADO анализировали сайты связывания праймеров с использованием базы данных gnomAD. Ампликоны со случаями потенциального ADO были ресеквенированы с альтернативной пары праймеров. Были выявлены 8 случаев ADO как в результатах NGS (таргетные панели генов), так и прямого секвенирования по Сэнгеру. Факт избирательной амплификации аллелей был подтвержден во всех представленных случаях при ресеквенировании с альтернативной пары праймеров. Большинство случаев ADO (6 случаев, 75%) были вызваны частыми или редкими однонуклеотидными генетическими вариантами в местах отжига олигопраймеров, в двух случаях (25%) ADO было предположительно опосредовано присутствием инделов длиной 6 и более нуклеотидов в исследуемых ампликонах. Кроме того, в ряде ампликонов мы обнаружили «недопредставленность» SNVs на ридах NGS либо наличие интересующего SNV только в ридах одного ампликона из двух. Учитывая случаи доказанного и потенциального ADO, мы полагаем, что дизайн олигопраймеров без учета ADO может влиять на эффективность амплификации до 0,85% ампликонов.

Введение. Множественная экзостозная хондродисплазия (МЭХД) или множественные остеохондромы (МО) (ОМIM 133700, OMIM 133701) - это генетически гетерогенное заболевание, проявляющееся генерализованными формами поражения скелета с многочисленными прогрессирующими деформациями костей и суставов. Заболевание имеет аутосомно- доминантный тип наследования, очень велика доля семейных случаев. В статье проведен анализ гено-фенотипических ассоциаций в группе больных с МЭХД. Цель: составление прогноза развития клинических форм МЭХД для повышения качества жизни больных. Методы. В исследование включены результаты клинического обследования 85 больных с МЭХД из 41 семьи, из них 57 больных с результатами молекулярно-генетических исследований. Проведен анализ ассоциации локализации экзостозов с клиническими формами МЭХД методом логистической регрессии с вычислением отношения шансов. Построены прогностические математические модели. Проанализированы таблицы сопряжённости признаков с вычислением точного критерия Фишера. Статистический анализ проведен в пакете прикладных программ IBM SPSS Statistics 23.0. Результаты. По результатам статистического анализа было установлено, что клинические проявления (локализации экзостозов) при МЭХД в основном зависели от конкретной мутации, а не от гена (EXT1 или EXT2). Также показано, что отдельные сочетания локализации экзостозов влияют на развитие клинических форм заболевания. Заключение. Наличие устойчивых гено-фенотипических ассоциаций даёт возможность прогнозирования дальнейшего клинического течения МЭХД у якутских больных с момента молекулярно-генетической диагностики.