Нейрофиброматоз 2 типа - редкое генетическое заболевание, этиологическим фактором развития которого являются мутации в гене-онкосупрессоре NF2, кодирующем белок мерлин. В обзоре подробно описаны структура, функции и посттрансляционные модификации мерлина, освещены клинические особенности нейрофиброматоза 2 типа, известные клинико-генетические корреляции, а также представлена информация о сайтах связывания мерлина и о функциональном вкладе расположенных в них мутаций, что закладывает базис персонализированной терапии нейрофиброматоза 2 типа.

Первичные митохондриальные заболевания (ПМЗ) - генетически и клинически гетерогенные заболевания, характеризующиеся нарушением структуры или функций системы окислительного фосфорилирования (OXPHOS), включая электрон-транспортную цепь. Несмотря на успешное применение методов секвенирования нового поколения в диагностике наследственных заболеваний в последнее десятилетие, существует ряд объективных трудностей в интерпретации результатов, особенно при обнаружении новых генов или новых вариантов нуклеотидной последовательности. Анализ биомаркеров, которые являются индикаторами нарушения функций митохондрий, является важным этапом в диагностике многих ПМЗ. Целью данной работы было проведение анализа спектра и концентраций 72 органических кислот в моче методом газовой хроматографии с масс-спектрометнией (ГХ-МС,7890А/5975С, Agilent Technologies, США) в выборке из 84 пациентов с подтвержденным молекулярно-генетическими методами диагнозом ПМЗ и оценка их диагностической значимости. Среди 84 пациентов с ПМЗ, отклонения в спектре органических кислот были выявлены в 78% (66/84) случаев. Уникальный спектр органических кислот наблюдался при митохондриальных гепатопатиях, связанных с мутациями в гене DGUOK: наравне с повышением уровня лактата, пирувата, 3-гидроксибутирата было выявлено повышение концентрации 4-гидроксифениллактата, 4-гидроксифенилпирувата. При анализе ROC-кривых было показано, что диагностическая значимость маркеров убывает в ряду: 3-гидроксибутират, лактат, пируват. При проведении оценки достоверности теста показано, что повышение концентраций пирувата и 4-гидроксифениллактата может быть принято во внимание при предположении ПМЗ у пациента.

Проведен анализ ассоциаций rs8078424 (chr17:59873104) с риском развития клинически выраженного атеросклероза сонных артерий и патогенетически значимыми для развития данной патологии количественными признаками, а также оценена связь данного генетического варианта с экспрессией гена MIR21 в лейкоцитах периферической крови пациентов. В группу обследования включены пациенты с клинически выраженным атеросклерозом сонных артерий (стеноз при ультразвуковом исследовании более 80%; n=104). В качестве контроля использованы популяционная выборка жителей г. Томска (n=161) и группа, состоящая из относительно здоровых индивидов, которые имели начальные стадии атеросклероза сонных артерий, но без гемодинамически значимых изменений (стеноз не более 24%; n=84). Генотипирование rs8078424 выполняли методом MALDI-TOF масс-спектрометрии на приборе Sequenom MassARRAY® (США). Уровень экспрессии гена MIR21 в лейкоцитах крови оценивался методом капельной цифровой ПЦР на приборе QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad). Выявлено, что генотип GG rs8078424 является протективным относительно развития клинически выраженного атеросклероза сонных артерий (OR=0,023, 95%CI:0,08-0,62; р=0,003), ассоциирован с меньшим уровнем общего холестерина в сыворотке крови и повышенной экспрессией гена MIR21 в лейкоцитах крови пациентов. Потенциальными молекулярными механизмами ассоциации rs8078424 с атеросклерозом являются изменение сайта связывания транскрипционных факторов (FOXP1, SOX18, GATA3, HOXD9, HOXD10 и C/EBPalpha), а также связь с экспрессией гена MIR21 в клетках органов-мишеней патологии. Полиморфизм локуса 17q23.1 (в области генов TUBD1, VMP1/MIR21) представляет интерес для более детального изучения подверженности к сердечно-сосудистым заболеваниям в контексте эпигенетических механизмов в отдельных клетках органов-мишеней патологии.

Введение. Программное обеспечение, предоставляемое производителями автоматических генетических анализаторов, в большинстве случаев позволяет провести адекватный анализ результатов секвенирования ДНК по Сэнгеру для матриц с составом нуклеотидов, близким к эквивалентному. Однако для рассмотрения результатов секвенирования матриц, отличающихся неэквивалентным нуклеотидным составом, требуется проводить анализ электрофореграмм с сохранением информации об интенсивности сигналов флуоресценции. В особенности это касается секвенирования ДНК, модифицированной бисульфитом натрия. Цель: разработать и апробировать в практике научных исследований компьютерную программу для обеспечения адекватного анализа электрофореграмм секвенирования ДНК по Сэнгеру на основе бережного отношения к первичным данным и аккуратного определения базовых линий в спектральных каналах отдельных нуклеотидов. Методы. Программа SeqBase написана на языке C#, программная платформа .NET Framework 4.0, и выполняется в среде исполнения CLR (Common Language Runtime) для операционных систем семейства Windows. Адрес установочного пакета программы SeqBase: http://www.epigenetic.ru/projects/seqbase. Результаты. Разработана компьютерная программа, предназначенная для анализа первичных результатов секвенирования по Сэнгеру (хроматограмм капиллярного электрофореза), полученных на автоматических генетических анализаторах и представленных в файлах формата ABIF (*.ab1), обеспечивающая следующие возможности: 1) просмотр исходных электрофореграмм как в общем виде, так и раздельно по спектральным каналам; 2) кадрирование области анализа; 3) сглаживание сигналов; 4) ручная установка базовой линии по каждому из спектральных каналов; 5) сведение базовых линий по всем каналам; 6) ручная коррекция подвижности фрагментов ДНК в зависимости от типа флуоресцентной метки терминирующего нуклеотида. Апробация программы успешно проведена в рамках ряда исследований, результаты которых опубликованы в рецензируемых научных изданиях. Заключение. Использование программы SeqBase целесообразно для анализа результатов секвенирования по Сэнгеру матриц ДНК с неэквивалентным нуклеотидным составом, в особенности, модифицированных бисульфитом натрия, во избежание получения ложных результатов и для уточнения количественных оценок.

Представлены клинические и молекулярно-генетические результаты обследования пациента с задержкой психомоторного развития, аномалиями фенотипа и множественными врожденными пороками систем и органов. При стандартном цитогенетическом исследовании определены две реципрокные транслокации между хромосомами 2 и 6 и хромосомами 7 и 11, подтвержденные FISH-методом. Хромосомный микроматричный анализ позволил выявить делецию 6q14.1 в точке разрыва на длинном плече хромосомы 6. Делеция включает несколько десятков генов, в том числе гены PHIP, FILIP1, MYO6, HTR1B, IMPG1, EVOLV4, TENT5A, которые вероятнее всего ассоциированы с клиническими проявлениями у пациента.

Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) зарегистрированы с частотой 4,4% среди пациентов с интеллектуальными нарушениями и задержкой развития и охарактеризованы по таким критериям как тип (делеция/дупликация), локализация, происхождение. Показано, что не все моногенные варианты, выявленные микроматричным анализом, можно подтвердить методом ПЦР в реальном времени.

Присутствие дополнительных хромосомных вариантов в геноме пациента или бессимптомное носительство аберрации может приводить к фенотипической вариабельности проявлений патогенетически значимой CNV. Высказана гипотеза, что сочетанное действие CNV оказывает модифицирующий эффект, который может быть кумулятивным или компенсаторным, и, соответственно, изменять риск, связанный с определённой CNV, что имеет принципиальное значение для медико-генетического консультирования.

Клиническое значение делеции района q21 хромосомы X у мужчин все еще плохо изучено. Было показано, что делеция Xq21, включающая гены POU3F4, CHM и ZNF711, может приводить к глухоте, умственной отсталости и хороидеремии. Несмотря на тяжелые симптомы, наблюдаемые у пробандов-мужчин, большинство носителей женского пола бессимптомны или имеют незначительные фенотипические проявления. Представлена клиническая и молекулярно-цитогенетическая характеристика случая делеции района q21.1-q21.31 хромосомы X, выявленной при проведении хромосомного микроматричного анализа у пациента с задержкой психоречевого развития, лицевыми дизморфиями и тугоухостью. Такая же делеция была выявлена у практически здоровой матери. Наши данные способствуют дальнейшему пониманию корреляции между делецией Xq21 и аномальным фенотипом.

Болезнь Вильсона-Коновалова - редкое аутосомно-рецессивное заболевание, которое характеризуется патологическим накоплением меди в печени, головном мозге и других тканях. Дифференциальная диагностика болезни Вильсона-Коновалова представляет собой сложную задачу вследствие выраженной гетерогенности клинических проявлений. Это подчеркивает важность разработки как новых методов диагностики, так и усовершенствования существующих. В рамках настоящего исследования было проведено сравнение клинической диагностики заболевания с результатами молекулярно-генетических исследований. Проанализировано 42 пациента с подозрением на болезнь Вильсона-Коновалова. Произведена оценка значения биохимических показателей метаболизма меди (концентрация церулоплазмина, щелочной фосфатазы, общего билирубина, АСТ, АЛТ сыворотки крови, содержание меди в печени, экскреция меди с мочой) согласно Лейпцигской количественной шкале. Для молекулярно-генетического анализа использовали геномную ДНК. Обогащение интересуемых регионов генома проводилось с помощью ПЦР длинных фрагментов. Для подготовки ДНК библиотек был использован набор Nextera DNA Flex (Illumina, США). Секвенирование проводилось на приборе Illumina MiSeq (Illumina, США). В результате исследования в 62,5% случаев у пациентов, направленных на подтверждение диагноза (по Лейпцигской количественной шкале), были найдены мутации в гене ATP7B, что подтверждает ценность комплексной диагностики по Лейпцигской количественной шкале с учетом клинической симптоматики и лабораторных показателей метаболизма меди.