Дисрегуляция артериального давления вносит значительный вклад в течение и исход сепсиса. Одним из генов, влияющих на состояние сосудистой стенки, эндотелий и тонус артериол, является ген рецептора 1 к ангиотензину II (AGTR1). Поэтому целью нашей работы являлось определение вклада в течение и исход сепсиса генетического полиморфизма AGTR1 rs275651. В исследование были включены пациенты ОРИТ (отделения реанимации и интенсивной терапии), n=286, трех ГКБ (городских клинических больниц) в возрасте 18-92 лет с сепсисом. В общей группе (n=286) септических пациентов наблюдалась разница по частоте развития септического шока в зависимости от генотипа AGTR1 rs275651. У носителей генотипа AGTR1 TT реже развивался септический шок по сравнению с пациентами генотипов AGTR1 AT, AA (60% против 73%, р=0,47, ТМФ (точный метод Фишера), OR=1,8, 95% CI: 1,1-3,3). В подгруппе пациентов с сахарным диабетом второго типа (n=79) были выявлены различия в летальности. Так, носители генотипа TT AGTR1 rs275651 характеризовались меньшим уровнем летальности по сравнению с носителями генотипов ТA, AA (60% против 88%, р=0,018, OR=5,0, 95% CI: 1,34-18,9, ТМФ). Частота развития септического шока у носителей более распространенного генотипа AGTR1 TT также была ниже в подгруппе пациентов с диабетом (57% против 92%; p=0,02, OR=9,2 95% CI: 1,97-42,9, ТМФ). Таким образом, полиморфные варианты промоторной области гена AGTR1 влияют на частоту развития септического шока, а также на течение и исход сепсиса у пациентов с сахарным диабетом.

Абдоминальное ожирение, связанное с полигенными наследственными дефектами, считается начальным событием в развитии метаболического синдрома (МС). Целью исследования был анализ частоты полиморфизма генов адипонектина (ADIPOQ) и лептина (LEP) у пациентов с МС, а также ассоциации симптомов МС с полиморфизмом названных генов. ДНК была выделена из цельной крови 207 пациентов с МС и 100 здоровых лиц (контрольная группа). Полиморфизмы генов определяли методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Установлена ассоциация генотипа GG полиморфизма -2548 A/G (rs7799039) гена LEP с риском высокого артериального давления у пациентов с МС, а генотипа GG полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ с гипергликемией как ведущим звеном развития МС. Установлена статистически значимая связь риска развития МС с аллелем G полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ (OR (95% СI)= 5,6 (2,4-13,0)), а также с генотипами TG и GG данного варианта (OR (95% СI)=3,81 (1,79-8,09) и OR (95% СI)=10,0 (2,25-44,7).

Цель: изучение ассоциаций полиморфизма генов FTO, FABP2, PPARG и ожирения у жителей Кузбасса. Методы. Выборка для исследования составила 395 мужчин, жителей Кузбасса. Средний возраст испытуемых составил 59±7,7 года. Согласно анкетным данным, все обследованные мужчины отнесли себя к русской национальности. Частота ожирения в данной выборке (индекс массы тела>30) составила 46,3%. Генотипирование полиморфных вариантов FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883) и PPARG (rs1801282) проводилось с использованием TaqMan PCR. Далее проводилась проверка ассоциации данных полиморфных вариантов с ожирением в различных моделях наследования. Результаты. Были выявлены ассоциации вариантов гена FTO rs9939609 с ожирением в кодоминантной (для генотипа T/A OR = 2,05; СI: 1,26-3,33; р = 0,004; для генотипа A/A (OR = 2,27; CI: 1,28-4,04; р= 0,004) и доминантной модели наследования (OR = 2,12; CI: 1,34-3,34 р= 0,001). Другие гены не показали значимой связи с ожирением в нашей выборке. Заключение. Вариант rs9939609 гена FTO ассоциирован с повышенным риском развития ожирения у мужчин, проживающих в Кузбассе.

Проведен поиск генетических и эпигенетических маркеров остеопороза (ОП), ассоциированных с развитием переломов и низким уровнем минеральной плотности костной ткани (МПКТ), а также разработаны клинико-генетические модели ОП в выборках 701 женщины и 476 мужчин, подразделенных на группы в зависимости от наличия и отсутствия остеопоретических переломов и вариации уровня МПКТ в разных отделах скелета. С использованием технологии KASP-генотипирования и непараметрических критериев статистического анализа обнаружено, что маркерами переломов являются полиморфные варианты генов OPG, miR-146, а также сайтов связывания микроРНК генов VDR, ZNF239 и FGF2, маркерами низкого уровня МПКТ - варианты гена OPG, miR-196 и сайтов связывания микроРНК генов FBOX5, SOX9, MMP1 и ZNF239. Проведена полигенная оценка риска 140 ДНК-локусов, выявленных в результате репликации GWAS, и установлены клинико-генетические модели, прогнозирующие риск ОП с эффективностью до 90%. Анализ профиля метилирования 4 генов с использованием пиросеквенирования выявил ассоциацию гипометилирования гена RUNX2 с тяжелой формой первичного ОП в выборке женщин.

Введение. Муковисцидоз - наследственное аутосомно-рецессивное заболевание. Современные методы ДНК-диагностики открывают возможность для внедрения новых эффективных методов лечения муковисцидоза, в основе которых воздействие на молекулярный патогенез заболевания. Персонализированный подход к оказанию медицинской помощи пациентам с муковисцидозом с учетом генетического профиля с применением новых технологий ДНК-диагностики позволил поднять на новый уровень оказание медико-генетической помощи отягощенным семьям и более эффективно проводить лечебные мероприятия. Цель исследования: реализация программы молекулярно-генетической диагностики для подбора таргетной терапии при муковисцидозе. Методы. Проанализированы данные за всё время проведения неонатального скрининга на муковисцидоз в Республике Башкортостан. В 2021 году в регистре больных муковисцидозом в Республике Башкортостан состояло 94 пациента. Большинству требовалось проведение ДНК диагностики для верификации мутаций в гене CFTR с последующим назначением таргетной терапии. На первом этапе исследований 94 пациентам с муковисцидозом, а также их родственникам проведён анализ с использованием мультиплексной лигазо-зависимой амплификации зондов (SALSA MLPA Probemix P091 CFTR, MRC Holland). На следующем этапе проведено секвенирование всех экзонов гена CFTR методами секвенирования нового поколения (NGS) и Сэнгера. Результаты. Проведен поиск мутаций у 94 пробандов и выявлено 36 патогенных вариантов в гене CFTR. На 2,6% хромосом мутации не обнаружены, на 97,3% хромосомах мутации идентифицированы. У 89 пациентов установлены обе мутации (83,66%), у 5 пробандов обнаружена только одна мутация в гетерозиготном состоянии. У одного пациента диагноз муковисцидоз по итогам исследования снят. Разработка и внедрение новейших технологий секвенирования позволили существенно расширить знания о молекулярных механизмах муковисцидоза, что способствует развитию новых подходов к терапии и проведению новых исследований.

Гемофилия В - Х-сцепленное рецессивное заболевание, связанное с нарушением свертываемости крови, вызванное мутациями в гене фактора свертывания IX (F9). В гене описаны как точковые изменения последовательности, так и крупные структурные перестройки. Целью данного исследования было определение спектра мутаций гена F9 у российских больных гемофилией B. Проведено исследование 59 неродственных семей с направительным диагнозом «гемофилия B» методами секвенирования по Сэнгеру, массового параллельного секвенирования и количественного MLPA анализа. Мутации обнаружены в 86,4% случаев. Наибольшую долю среди выявленных патогенных вариантов составляют миссенс-мутации - 62,7%, на долю нонсенс-мутаций приходится 19,6%, крупных делеций, включающих один или несколько экзонов - 3,9%, мутаций со сдвигом рамки считывания - 5,9%, мутаций сайта сплайсинга - 2%, мутаций промотора - 5,9%, что в целом соответствует литературным данным. Четырнадцать выявленных нуклеотидных вариантов ранее не были описаны. Большинство из них являются миссенс-мутациями. Таким образом, было проведено изучение спектра мутаций у российских больных гемофилией B. Определение типа мутации, ее локализации в гене и белке позволит предсказать характер течения заболевания и подобрать оптимальное лечение.

Ахондроплазия - врожденное заболевание, наиболее частая форма карликовости, наследующаяся по аутосомно-доминантному типу. В основе патогенеза лежит нарушение эндохондрального окостенения. Больные имеют низкий рост, укороченные проксимальные отделы конечностей, аномалии черепа. Менее выраженные скелетные аномалии характерны для гипохондроплазии. Оба заболевания обусловлены мутациями в гене FGFR3. К ахондроплазии в 99% случаев приводит мутация c.1138G>A/С (р.Gly380Arg), 60% гипохондроплазии обусловлено вариантом c.1620C>A/G (р.Asn540Lys). Приводящие к ахондроплазии мутации вызывают конститутивную активацию FGFR3. В связи с ортопедическими и неврологическими осложнениями важно своевременное лечение ахондроплазии. Для своевременного начала лечения актуальна молекулярно-генетическая диагностика ахондроплазии. В работе представлены первые результаты программы селективного скрининга на наличие частых патогенных вариантов в гене FGFR3. На материале 270 пациентов информативность программы составила 70%. На долю наиболее частой мутации р.Gly380Arg (c.1138G>A/С) приходится 85,7%. В 13,7% случаев выявлен вариант р.Asn540Lys (c.1620C>A/G).

Актуальность. Полноэкзомное секвенирование на основе NGS, принятое с 2016 г. в качестве аутсорсинговой услуги, все чаще используется в рутинной клинической практике окружной медико-генетической консультации (МГК). Оценка диагностических возможностей полноэкзомного секвенирования необходима для обоснования проведения NGS непосредственно в региональных клинических условиях. Цель: оценить эффективность диагностики генетических заболеваний у детей в ХМАО-Югра методом полноэкзомного секвенирования. Методы. Полноэкзомное секвенирование методом NGS, валидация данных NGS и анализ сегрегации в семье методом секвенирования по Сэнгеру. Результаты. Молекулярные диагнозы были установлены у 27% (27/100) детей, что соответствует данным, опубликованным в других источниках. Наследственные заболевания чаще диагностировались у лиц с аномалиями нервной, костной и дыхательной систем. Были выявлены преимущественно аутосомно-доминантные заболевания, среди которых наиболее частыми были нейрофиброматоз, несовершенный остеогенез, ахондроплазия. Анализ семейной сегрегации патологических вариантов выявил 5 новых вариантов в генах TSC1, KAT6A, ANKRD26, ARID1B, RPGRIP1.

Проведен поиск патогенных изменений в целевых генах у 62 пациентов с несовершенным остеогенезом (НО) из 52 семей из Республики Башкортостан с использованием NGS-технологии. В результате проведенного исследования выявлены 29 мутаций в 4 генах (COL1A1, COL1A2, IFITM5, P3H1), ответственных за развитие НО у 42 пациентов из 32 семей. Дополнительно у 7 пациентов с низкотравматичными переломами были найдены гетерозиготные мутации в генах CLCN7, ALOX12B, PLEKHM1, ERCC4, ARSB, PTH1R, TGFB1, которые не участвуют в патогенезе НО.

Мышечная дистрофия Дюшенна/Беккера (МДД/МДБ) является наиболее частой формой мышечных дистрофий, на которую приходится более 50% всех случаев. С 01.10.2018 года в лаборатории ДНК-диагностики ФГБНУ «МГНЦ» ведется программа селективного скрининга МДД/МДБ, направленная на раннее выявление больных. Основными критериями включения являются: мужской пол, клинически установленный диагноз МДД или МДБ или значительное повышение уровня креатинфосфокиназы (КФК) (>2000 ЕД/л). На первом этапе скрининга пациентам проводится поиск протяженных делеций и дупликаций методом мультиплексной лигазозависимой амплификации проб. Второй этап заключается в поиске малых мутаций с использованием кастомной панели методом массового параллельного секвенирования. В рамках скрининговой программы обследован 1071 неродственный пробанд. Варианты в гене DMD были обнаружены в 818 (75,3%) случаях. Также в 96 (8,9%) случаях были выявлены другие генетические причины прогрессирующих мышечных дистрофий.

Синдром Рубинштейна-Тейби (СРТ) - редкая наследственная патология, характеризующаяся умственной отсталостью и задержкой физического развития в сочетании с определённым комплексом внешних проявлений и аномалиями различных органов и систем. Диагностический алгоритм нацелен на поиск мутаций в двух основных генах: CREBBP и EP300, обнаруживаемых примерно в 60% клинически определённых случаев СРТ. В настоящей работе представлены результаты молекулярно-генетического анализа выборки российских пациентов с СРТ. Несмотря на то, что около 40% пациентов не получают подтверждения клинического диагноза, существуют перспективы для более глубокого понимания патогенеза заболевания и усовершенствования принципов диагностики.

Проведена идентификация спектра и частоты патогенных изменений в гене PIK3CA в препаратах опухолевой ткани 60 женщин с гормонозависимым HER2-отрицательным раком молочной железы из Республики Башкортостан методом аллель-специфической полимеразной цепной реакции. В результате было идентифицировано 32 патогенных варианта в гене PIK3CA: 18 мутаций в экзоне 9 и 14 мутаций в экзоне 20. Наиболее частой оказалась мутация H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), которая составила 21,6%. Второй по частоте была мутация Е545К (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), которая составила 20%. Мутации Е542К (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545А (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) в экзоне 9 и H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) в экзоне 20 были идентифицированы с частотой 8,3%, 1,6% и 1,6% соответственно. Полученные результаты показывают высокую частоту соматических мутаций в гене PIK3CA (50%), что указывает на необходимость выявления патогенных изменений для адекватной терапии рака молочной железы.

Гомозиготные и компаунд-гетерозиготные мутации в гене AP4B1 приводят к спастической параплегии SPG47. Для неё характерны микроцефалия, гипоплазия мозолистого тела, неонатальная мышечная гипотония, сменяющаяся спастичностью, а также тяжелая умственная отсталость. Повторяющийся вариант c.1160_1161del был выявлен у шести пациентов из неродственных неинбредных семей. Был проведен анализ гаплотипов гена AP4B1 у четырех из шести больных на хромосомах с этой мутацией, в результате чего не выявлено единственного гаплотипа, сцепленного с данным вариантом. Таким образом, он может быть, как горячей точкой, так и распространиться в результате эффекта основателя.

В исследовании представлен редкий клинический случай болезни Тея-Сакса (БТС) с поздней манифестацией у 34-летней женщины смешанного этнического происхождения (русского, украинского, мордовского и удмуртского) с клиникой спинальной амиотрофии и спиноцеребеллярной атаксии. Было проведено таргетное секвенирование следующего поколения кодирующих регионов 300 генов, клинически значимых для развития наследственных нервно-мышечных заболеваний, включая ген HEXA. Были идентифицированы 2 патогенных варианта в гене HEXA - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) и c.805G>A (p.Gly269Ser). Присутствие данных вариантов в геноме пациентки было подтверждено при помощи секвенирования по Сэнгеру. Хорошо известно, что мутация Gly269Ser ассоциирована с БТС с поздней манифестацией. Фенотипы пациентов с поздней манифестацией БТС существенно отличаются от младенческой и ювенильной форм, меньше известны клиницистам и хуже диагностируются. Авторы надеются, что описание этого случая дополнит недостающую информацию и поможет в диагностике БТС с поздней манифестацией.

Муковисцидоз является одним из самых распространенных наследственных заболеваний не только в России, но и в мире, значительно снижающих продолжительность и качество жизни при отсутствии эффективного лечения. В эпоху таргетной терапии муковисцидоза подбор эффективного препарата базируется на установлении точного генотипа пациента. Однако далеко не всегда диагностический поиск должен завершаться при детекции двух патогенных вариантов в гене CFTR. В последнее время появляется все больше данных о, так называемых, комплексных аллелях, - присутствии двух и более вариантов нуклеотидной последовательности в цис-положении, которые могут критическим образом влиять на терапевтический ответ. Целью проведенного исследования было определение частоты комплексного аллеля p.[L467F;F508del], влияющего на эффективность терапии лумакафтором/ивакафтором (Оркамби) у российских больных муковисцидозом - гомозигот по мутации F508del.