Цель исследования. Изучить концентрацию IL-10 в сыворотке крови больных псориазом и псориатическим артритом средней степени тяжести, носителей различных генотипов полиморфизма С-597А гена IL10 . Материалы и методы. Объектом исследования были больные псориазом (ПС, n = 39), псориатическим артритом (ПсА, n = 41) и практически здоровые доноры крови (контроль, n = 94), европеоиды в трех поколениях. В исследование включены больные ПС и ПсА средней степени тяжести. Концентрацию IL-10 в сыворотке крови определяли методом ИФА. Полиморфизм С-597А гена IL10 изучен методом ПЦР-ПДРФ-анализа . Результаты. Концентрация IL-10 в сыворотке крови больных ПС, носителей генотипов С/А и A/A, статистически значимо ниже в сравнении с носителями этих генотипов в группах больных ПсА и контроля (р_1,2 = 0,02; р_1,3 = 0,003). Концентрация IL-10 в сыворотке крови больных ПсА, носителей генотипа С/С, статистически значимо ниже в сравнении с носителями этого генотипа контрольной группы (р_2,3 = 0,04) и носителями генотипа С/А и A/A больных ПсА (p = 0,04). Выводы. Выявлен статистически значимо низкий уровень IL-10 в сыворотке крови при ПС и ПсА средней степени тяжести в зависимости от наличия определенного генотипа полиморфизма С-597А гена IL10 : при ПС - у больных, имеющих генотипы С/А и A/A , при ПсА - у больных с генотипом С/С .

Введение. Показано, что патогенные CNV связаны с интеллектуальными нарушениями, психоневрологическими и нервно-мышечными заболеваниями. Тем не менее, до настоящего времени клиническое значение CNV не всегда определяется однозначно. Мы сообщаем о пациенте, 2-летнем мальчике, с фармакорезистентной эпилепсией, у которого была обнаружена микродупликация 12q24.12, унаследованная от здоровой матери. У пациента отмечается ряд фенотипических особенностей, грубая задержка психомоторного развития, генерализованные тонико-клонические судороги, не купирующиеся противосудорожной терапией. Материалы и методы. Микродупликация 12q24.12 размером 125 т.п.н. была диагностирована методом матричной сравнительной геномной гибридизации (8 x 60K, Agilent Technologies). С использованием ПЦР в режиме реального времени было подтверждено ее наличие у пробанда и определено родительское происхождение. Результаты. Затронутая микродупликацией область содержат три гена: ACAD10 , который экспрессируется в головном мозге плода, MAPKAPK5 , участвующий в неврологических процессах, и ALDH2 , который вовлечен в процессы нейродегенерации. Клинические признаки и гены, содержащиеся в области микродупликации, имеют значение для дальнейшего разграничения фенотипа микродупликации 12q24.12.

В статье представлены результаты анализа генетических взаимоотношений популяций по панели 66 X-SNP маркеров Х-хромосомы, входящих в состав тест-системы для ДНК-идентификации XSNPid, а также результаты оценки идентификационного потенциала данной системы для популяций мира. В исследование были включены такие популяции, как: русские, тувинцы, буряты, казахи, хакасы, сибирские татары, ханты, жители штата Юта центрально-европейского происхождения, итальянцы, мексиканцы, японцы, хань, индийцы, афроамериканцы. Анализ показал, что генетические отличия исследованных популяций демонстрируют географическую структурированность, при этом тест-система XSNPid является наиболее информативной для популяций, относящихся к европеоидному расовому типу. Ключевые слова: популяционная генетика, ДНК-идентификация, Х-хромосома, однонуклеотидные полиморфные маркеры, XSNPid

Актуальность. Числовые хромосомные нарушения - одни из наиболее значительных для клетки и организма генетических повреждений. Известно, что анеуплоидия может вызывать хромосомную нестабильность в опухолевых клетках. Однако остается неизвестным, приводит ли наличие числовых хромосомных нарушений в клетке к индукции хромосомной нестабильности в эмбриогенезе. Цель. Настоящая работа направлена на выявление влияния числовых хромосомных нарушений на частоту потерь хромосомных фрагментов и целых хромосом в фибробластах экстраэмбриональной мезодермы спонтанных абортусов I триместра беременности. Материалы и методы. Проведен анализ частоты центромеро-негативных микроядер, содержащих хромосомные фрагменты, и центромеро-позитивных микроядер, образующихся вокруг целых отставших в ходе митоза хромосом, в фибробластах экстраэмбриональной мезодермы 21 спонтанного абортуса с различными кариотипами (9 абортусов с нормальным кариотипом, 7 абортусов с анеуплоидией, и 5 абортусов с триплоидией). В качестве контрольной группы были исследованы 19 медицинских абортусов I триместра. Результаты. Несмотря на повышенную частоту хромосомного отставания в подгруппе спонтанных абортусов с анеуплоидией по сравнению со спонтанными абортусами с нормальным кариотипом и медицинскими абортусами, статистически значимых отличий обнаружено не было. Выводы. Для возникновения хромосомной нестабильности в эмбриогенезе человека недостаточно наличия числовых хромосомных нарушений в клетке, что указывает на существование механизмов поддержания стабильности генома в экстраэмбриональных тканях, нечувствительных к анеуплоидии и полиплоидии.

Актуальность. В текущей версии IARC TP53 mutation database информация о частоте и спектре мутаций в гене ТР53 у больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой (ДВККЛ) российской популяции не представлена. Цель исследования: сравнить частоту и спектр мутаций в гене ТР53 у больных ДВККЛ г.Новосибирска с данными, представленными в IARC TP53 mutation database. Материалы и методы. Методом прямого секвенирования по Сэнгеру выполнен анализ кодирующей последовательности гена ТР53 (с 5 по 10 экзоны) в опухолевой ткани 74 пациентов с впервые установленным диагнозом ДВККЛ. Результаты. В группе исследования у 24,3% пациентов были выявлены мутации в кодирующей последовательности 5-8 экзонов гена ТР53. Множественные мутации имели 4% пациентов. Выявлены случаи потери гетерозиготности в гене ТР53 в опухолевой ткани ДВККЛ. Спектр однонуклеотидных замен в ТР53 в группе исследования значимо не отличается от данных, представленных в IARC TP53 mutation database, вместе с тем, наблюдались отличия по локализации «горячих точек» мутаций. В анализируемой выборке больных ДВККЛ «горячими точками» мутаций являлись кодоны 275, 155, 272 и 212. Выводы. При сравнительном анализе результатов секвенирования в гена ТР53 опухолевой ткани больных г.Новосибирска с данными, представленными в IARC TP53 mutation database, выявлены различия в спектре мутаций. Частота мутаций в гене ТР53 опухолевой ткани в группе исследования согласуется с данными литературы.

Произведена оценка влияния внутриопухолевой морфологической гетерогенности рака молочной железы (РМЖ) на эффективность химиотерапии с учетом различных клинико-патологических параметров опухоли и поиск механизмов её вклада в химиорезистентность заболевания методами полнотранскриптомного и ПЦР анализа генной экспрессии. Показана значительная ассоциация между наличием в опухоли альвеолярных и трабекулярных структур и химиорезистентностью РМЖ, идентифицированы экспрессионные маркеры: NAT1 , ABCA12 , ABCC1 , ABCG1 , PIK3C3 , TXN2 , SLC23A2 , SLC25A13 , SLC1A3 , UBE2S , обусловливающие дифференциальный вклад различных морфологических структур в лекарственную устойчивость.

Атопический дерматит (АД) - хроническое воспалительное заболевание кожи, обычно проявляющееся в раннем детстве и часто предшествующее аллергическим заболеваниям. На сегодняшний день проведено несколько полногеномных анализов, выявивших ряд новых полиморфных локусов, ассоциированных с развитием АД. Нами исследованы полиморфные варианты, локализованные в хромосомной области 11q13.5 (гены C11orf30 и LRRC32 ), а также однонуклеотидные полиморфизмы генов KIF3A, OVOL1 и ACTL9. Показана ассоциация полиморфного локуса rs2508755 гена C11orf30 с развитием АД у татар.

Охарактеризована структура генофонда коренного населения Дагестана, принадлежащего к цезской группе народов нахско-дагестанской языковой семьи, по маркерам Y-хромосомы. Исследованы популяции представляющие цезов, гунзибцев, бежтинцев и гинухцев. Большинство пар сравниваемых выборок демонстрируют отсутствие статистически значимых различий между разными этносами по частотам гаплогрупп Y-хромосомы. Основными чертами генофонда исследованных народов Дагестана по гаплогруппам Y-хромосомы является очень низкое генетическое разнообразие за счет преобладания гаплогруппы J1. В различных популяциях наблюдаются сильные эффекты основателя.

Изучено распределение частот аллелей генов биотрансформации этанола ADH1B*rs1229984, ALDH2*rs671, CYP2E1*rs3813867 в популяциях 7 тюркоязычных народов Западной Сибири. Обследованы 2 группы тоболо-иртышских татар тюменско-туринской подгруппы Тюменской области (татары-бухарцы и ялуторовские татары) и 5 народов Алтайского края и Республики Алтай - южные алтайцы (алтай-кижи, теленгиты) и северные алтайцы (кумандинцы, тубалары, челканцы). Суммарный объем выборки составил 564 человека. Выявлена этническая и территориальная специфика характера распределения частоты аллелей исследованных генов. В группах татар набор аллельных вариантов генов ADH1B*rs1229984, ALDH2*rs671, CYP2E1*rs3813867 представляется более сбалансированным с точки зрения эффективности метаболизма этанола, чем в популяциях коренных алтайских народов. Отмечена значительная межпопуляционная подразделенность исследованных народов (GST=9,4%). Максимальные генетические дистанции показаны для популяции татар-бухарцев (d ̅=0,12).

Актуальность. Поиск ассоциации функциональных полиморфизмов генов цитокинов как потенциальных маркеров заболевания, оказывающих влияние на иммунный ответ и воспалительный процесс, является актуальной задачей в изучении иммуногенетических факторов атопической бронхиальной астмы (АБА). Цель. Провести анализ ассоциации полиморфизмов IL5 (rs2069812), IL12B (rs3212227) , TGFB1 (rs1800469) , IFNG (rs2069705) с АБА в зависимости от степени контроля над заболеванием. Методы. Для генотипирования использовался ПЦР-ПДРФ-анализ. Результаты. Различия между больными АБА и популяционной выборкой по частоте аллелей и генотипов IL5, IL12B, TGFB1, IFNG статистически не значимы. Распределение частот вариантов генов соответствует европеоидному типу. Выводы. В результате исследования ассоциации полиморфизмов IL5, IL12B, TGFB1, IFNG с АБА и уровнем контроля над заболеванием не найдены.

Актуальность: Сравнительный анализ молекулярных кариотипов внеклеточной ДНК из внутриполостной жидкости, внутренней клеточной массы и трофэктодермы бластоцисты позволяет зарегистрировать феномен реципрокных анеуплоидий. Это дает возможность определить источник происхождения числовых хромосомных нарушений, а также предположить механизмы их возникновения, связанные с постзиготическими ошибками сегрегации хромосом. Цель: Оценка частоты реципрокных анеуплоидий у эмбрионов человека на стадии бластоцисты. Материалы и методы: CGH-анализ 14 эмбрионов человека на 5 день развития с разделением на внутреннюю клеточную массу, трофэктодерму и внутриполостную жидкость. Результаты: При сравнении молекулярных кариотипов ДНК из внутриполостной жидкости, внутренней клеточной массы и трофэктодермы обнаружено, что у 64% эмбрионов имелись от 1 до 3 реципрокных анеуплоидий (9/14). В формирование реципрокных аномалий были вовлечены хромосомы 19 (33%), 16 (27%), 17, 21, 22 (по 13%). Частота реципрокных анеуплоидий в расчете на пару гомологичных хромосом, полученная на основе сравнительного анализа молекулярных кариотипов внеклеточной ДНК, внутренней клеточной массы и трофэктодермы, составила 24% (16/67); при сравнении внеклеточной ДНК и внутренней клеточной массы - 21% (14/67), внеклеточной ДНК и трофэктодермы - 3% (2/67), а при сравнении внутренней клеточной массы и трофэктодермы - 10% (7/67). Выводы: Использование внеклеточной ДНК из полости бластоцисты в качестве источника дополнительной информации о хромосомной конституции эмбриона позволяет на 56% повысить вероятность выявления реципрокных анеуплоидий, отражающих интенсивность постзиготических митотических ошибок сегрегации хромосом.

Целью исследования является проверка ассоциации мутации R249Q (rs3218713) гена MYH7 с внезапной сердечной смертью (ВСС). Материалы и методы. Группа ВСС сформирована с использованием критериев ВСС ВОЗ (n = 379, средний возраст 53,2 ± 8,7 года, мужчины - 70,9 %, женщины - 29,1 %), контрольная группа подобрана по полу и возрасту из банка ДНК исследований HAPIEE, MONICA (n = 377, средний возраст 53,1 ± 8,3 года, мужчины - 68,3 %, женщины - 31,7%). ДНК выделена методом фенол-хлороформной экстракции из ткани миокарда лиц, умерших внезапной сердечной смертью, и венозной крови лиц, включенных в контрольную группу. Генотипирование выполнено методом ПЦР с последующим анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов. Результаты. В группе ВСС и контрольной группе не выявлено носителей редкого аллеля А мутации R249Q гена MYH7. Выводы. Мутация R249Q гена MYH7 не связана с развитием ВСС в выборке внезапно умерших жителей г.Новосибирска.

Актуальность. Одной из генетических причин интеллектуальных расстройств (ИР) являются вариации числа копий участков ДНК (CNV). Несмотря на то, что для некоторых вариаций показана связь с известными синдромами, большая их часть является редкими. Как правило, CNVs затрагивают протяженные области, включающие несколько генов. В ряде случаев мутации касаются единичных генов, что дает возможность связать изменение их дозы с наблюдаемыми клиническими аномалиями у пациента. Цель. Настоящая работа направлена на характеристику структурной вариабельности генома человека при ИР и картирование кандидатных генов. Материалы и методы. На микрочипах 44K и 60K (Agilent Technologies) проведено молекулярное кариотипирование 136 детей в возрасте от 3 до 17 лет с задержкой развития и ИР. Результаты. У 87 чел. (64%) кариотип оказался условно нормальным. Молекулярный диагноз поставлен 18 пациентам (13%). У 31 ребенка (23%) выявлены потенциально патогенные мутации. Для синдромов микроделеций 15q24 и 16p11.2 выделены минимальные регионы микроделеции, в которых идентифицированы гены-кандидаты. Впервые обнаружены реципрокные микроделеция и мипродупликация единственного гена CNTN6 , экспрессируюшегося в мозге и ставшего кандидатным для ИР. Выводы. aCGH-анализ является эффективным методом генетической диагностики, который при обнаружении моногенных мутаций является информативным для идентификации новых генов-кандидатов ИР.

Актуальность. Почечно-клеточная карцинома (ПКК) - злокачественное новообразование почки, на долю которого приходится примерно 3% всех онкологических заболеваний. Недавние исследования показали важную роль микроРНК в возникновении и прогрессии онкологических заболеваний. Мы предположили, что генетический полиморфизм сайтов связывания микроРНК может быть ассоциирован с риском развития ПКК. Цель исследования. Поиск ассоциаций полиморфных вариантов сайтов связывания микроРНК rs6773576 гена CDCP1 , rs10982724 гена DEC1 , rs10491534 гена TSC1, являющихся участниками VHL-HIF1a пути, с риском развития ПКК и тяжестью их течения. Материалы и методы. В работе исследовано 255 образцов ДНК больных раком почки и 298 образцов ДНК здоровых индивидов. Генотипирование полиморфных локусов проводили методом ПЦР в режиме реального времени с использованием конкурирующих TaqMan-зондов. Результаты. Выявлено, что аллель rs10491534*C является маркером тяжелого течения рака почки (p = 0,044; OR = 1,72 (CI = 1,012-2,911)). Также обнаружено, что генотип rs10491534 *T/T (p = 0,044; OR = 0,55; (95%CI = 0,31-0,98)) является протективным маркером в отношении развития ПКК тяжелого течения. Показана наиболее значимая ассоциация локуса rs10491534 гена TSC1 с тяжестью течения заболевания в доминантной модели (p = 0,03 (* C/T+*C/C vs *T/T ), OR = 1,82 (95%CI = 1,05-3,15)). Выводы. Обнаруженные маркеры могут быть перспективными для прогноза течения рака почки.