Молекулярное кариотипирование при недифференцированных формах интеллектуальных расстройств: от хромосомных мутаций к идентификации патогенетически значимых генов
Аннотация
Актуальность. Одной из генетических причин интеллектуальных расстройств (ИР) являются вариации числа копий участков ДНК (CNV). Несмотря на то, что для некоторых вариаций показана связь с известными синдромами, большая их часть является редкими. Как правило, CNVs затрагивают протяженные области, включающие несколько генов. В ряде случаев мутации касаются единичных генов, что дает возможность связать изменение их дозы с наблюдаемыми клиническими аномалиями у пациента. Цель. Настоящая работа направлена на характеристику структурной вариабельности генома человека при ИР и картирование кандидатных генов. Материалы и методы. На микрочипах 44K и 60K (Agilent Technologies) проведено молекулярное кариотипирование 136 детей в возрасте от 3 до 17 лет с задержкой развития и ИР. Результаты. У 87 чел. (64%) кариотип оказался условно нормальным. Молекулярный диагноз поставлен 18 пациентам (13%). У 31 ребенка (23%) выявлены потенциально патогенные мутации. Для синдромов микроделеций 15q24 и 16p11.2 выделены минимальные регионы микроделеции, в которых идентифицированы гены-кандидаты. Впервые обнаружены реципрокные микроделеция и мипродупликация единственного гена CNTN6 , экспрессируюшегося в мозге и ставшего кандидатным для ИР. Выводы. aCGH-анализ является эффективным методом генетической диагностики, который при обнаружении моногенных мутаций является информативным для идентификации новых генов-кандидатов ИР.
Об авторах
А. А. Кашеварова
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ; Национальный исследовательский Томский государственный университет
Россия
Россия
Н. А. Скрябин
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ; Национальный исследовательский Томский государственный университет
Россия
Россия
М. Е. Лопаткина
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ
Россия
Россия
О. А. Салюкова
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ; Сибирский государственный медицинский университет
Россия
Россия
М. Н. Филимонова
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ
Россия
Россия
О. В. Лежнина
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ
Россия
Россия
А. Р. Шорина
Государственный Новосибирский областной клинический диагностический центр; Государственный Новосибирский областной детский психоневрологический центр
Россия
Россия
А. Б. Масленников
Государственный Новосибирский областной клинический диагностический центр
Россия
Россия
Л. П. Назаренко
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ; Сибирский государственный медицинский университет
Россия
Россия
V. . Culic
Сплит, Хорватия
Россия
Россия
И. Н. Лебедев
НИИ медицинской генетики, Томский НИМЦ; Национальный исследовательский Томский государственный университет; Сибирский государственный медицинский университет
Россия
Россия
Список литературы
1. Gilissen C, Hehir-Kwa JY, Thung DT et al. Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability. Nature. 2014; 511(7509):344-347.
2. Vissers LE, Gilissen C, Veltman JA. Genetic studies in intellectual disability and related disorders. Nat Rev Genet. 2016; 17(1):9-18.
3. Nevado J, Mergener R, Palomares-Bralo M et al. New microdeletion and microduplication syndromes: A comprehensive review. Genet Mol Biol. 2014; 37(1):210-219.
4. Кашеварова А.А., Лебедев И.Н. Геномная архитектура хромосомных болезней человека. Генетика. 2016; 52(5):447-462.
5. Протокол aCGH для микрочипов Agilent Technologies - http://www.chem-agilent.com/pdf/G4410-90020v3_1_CGH_ULS_Protocol.pdf
6. База данных геномных вариантов - http://projects.tcag.ca/variation/?source=hg18
7. База данных «Ген» - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
8. Программа для подбора праймеров Primer3 - http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/
9. Kashevarova AA, Nazarenko LP, Schultz-Pedersen S et al. Single gene microdeletions and microduplication of 3p26.3 in three unrelated families: CNTN6 as a new candidate gene for intellectual disability. Mol Cytogenet. 2014; 7(1):97.
Для цитирования:
Кашеварова А.А., Скрябин Н.А., Лопаткина М.Е., Салюкова О.А., Филимонова М.Н., Лежнина О.В., Шорина А.Р., Масленников А.Б., Назаренко Л.П., Culic V..., Лебедев И.Н. Молекулярное кариотипирование при недифференцированных формах интеллектуальных расстройств: от хромосомных мутаций к идентификации патогенетически значимых генов. Медицинская генетика. 2016;15(4):46-49. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-4-46-49
For citation:
Kashevarova A.A., Skryabin N.A., Lopatkina M.E., Salyukova O.A., Filimonova M.N., Lezhnina O.V., Shorina A.R., Maslennikov A.B., Nazarenko L.P., Culic V..., Lebedev I.N. The molecular karyotyping of undifferentiated forms of intellectual disabilities: from chromosomal mutations to identification of pathogenic genes. Medical Genetics. 2016;15(4):46-49. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-4-46-49
Просмотров: 149
Послать статью по эл. почте 