Взаимоотношения популяций мира по SNP маркерам Х-хромосомы, входящим в состав тест-системы для ДНК-идентификации XSNPid
Аннотация
В статье представлены результаты анализа генетических взаимоотношений популяций по панели 66 X-SNP маркеров Х-хромосомы, входящих в состав тест-системы для ДНК-идентификации XSNPid, а также результаты оценки идентификационного потенциала данной системы для популяций мира. В исследование были включены такие популяции, как: русские, тувинцы, буряты, казахи, хакасы, сибирские татары, ханты, жители штата Юта центрально-европейского происхождения, итальянцы, мексиканцы, японцы, хань, индийцы, афроамериканцы. Анализ показал, что генетические отличия исследованных популяций демонстрируют географическую структурированность, при этом тест-система XSNPid является наиболее информативной для популяций, относящихся к европеоидному расовому типу. Ключевые слова: популяционная генетика, ДНК-идентификация, Х-хромосома, однонуклеотидные полиморфные маркеры, XSNPid
Об авторах
К. В. Вагайцева
НИИ медицинской генетики; ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»
Россия
Россия
В. Н. Харьков
НИИ медицинской генетики; ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»
Россия
Россия
В. А. Степанов
НИИ медицинской генетики; ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»
Россия
Россия
Список литературы
1. Schaffner SF. The X chromosome in population genetics. Nat Rev Genet. 2004; 5(1):43-51
2. Szibor R. X-chromosomal markers: past, present and future. Forensic Sci Int Genet. 2007; 1(2):93-99
3. Petkovski E, Keyser-Tracqui C, Hienne R et al. SNPs and MALDI-TOF MS: tools for DNA typing in forensic paternity testing and anthropology. J. Forensic. Sci. 2005; 50(3):535-541.
4. Lin Y, Li L, Liu Y et al. SNP typing of formalin-fixed tissue in individual identification. Fa. Yi. Xue. Za. Zhi. 2010; 26(6):446-448.
5. Li L, Liu Y, Lin Y et al. Genotyping and linkage disequilibrium analysis of 67 SNP loci on X chromosome.Fa. Yi. Xue. Za. Zhi. 2011; 27(5):337-341.
6. Li Y, Liu Y, Lin Y. Typing of 67 SNP Loci on X Chromosome by PCR and MALDI-TOF MS. Research in Genetics. 2015; Article ID 374688: 9.
7. Butler JM, Coble MD, Vallone PM. STRs vs SNP: thoughts on the future of forensic DNA testing. Forensic. Sci. Med. Pathol. 2007; 3(3):200-205.
8. Степанов ВА, Вагайцева КВ, Харьков ВН и др. Панель однонуклеотидных, сцепленных с Х-хромосомой, полиморфных маркеров для ДНК-идентификации (XSNPid) на основе мультиплексного генотипирования с использованием методов многолокусной ПЦР и масс-спектрометрии MALDI-TOF. Молекулярная биология. 2016; 50(3):1-12.
9. Степанов ВА, Вагайцева КВ, Харьков ВН и др. Вариабельность и идентификационный потенциал
10. X-хромосомных SNPs в двух популяциях коренного населения Сибири. Генетика. 2016; 52(4):493-496.
11. Stepanov V, Vagaitseva K, Kharkov V, et al. Forensic and population genetic characteristics of 62 X chromosome SNPs revealed by multiplex PCR and MALDI-TOF mass spectrometry genotyping in 4 North Eurasian populations. Legal Medicine. 2016; 18:66-71.
12. Степанов В.А., Харьков В.Н., Трифонова Е.А., Марусин А.В. Методы статистического анализа в популяционной и эволюционной генетике человека. Томск. 2014. 99с.
13. Nei M. Molecular evolutionary genetics. New York: Columbia Univ. Press. 1987. 512 p. 13. Вагайцева КВ., Харьков ВН., Черпинская КВ и др. Генетическая вариабельность X-сцепленных STR-маркеров в популяциях Сибири. Молекулярная биология. 2015; 49(2): 305-312.
14. Степанов ВА. Геномы, популяции, болезни: этническая геномика и персонифицированная медицина. Acta Naturae. 2010; 2(4):18-34.
15. Elhaik E, Tatarinova T, Chebotarev et al. Geographic population structure analysis of worldwide human populations infers their biogeographical origins. Nat Commun. 2014; 5:3513.
16. Yunusbayev B, Metspalu M, Jarve M, et al. The Caucasus as an asymmetric semipermeable barrier to ancient human migrations. Mol Biol Evol. 2012; 29(1): 359-65.
Рецензия
Для цитирования:
Вагайцева К.В., Харьков В.Н., Степанов В.А. Взаимоотношения популяций мира по SNP маркерам Х-хромосомы, входящим в состав тест-системы для ДНК-идентификации XSNPid. Медицинская генетика. 2016;15(4):10-13. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-4-10-13
For citation:
Vagaitseva K.V., Kharkov V.N., Stepanov V.A. Relationships of world populations by SNP markers of the X chromosome are part of the test system for DNA-identification XSNPid. Medical Genetics. 2016;15(4):10-13. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-4-10-13
Просмотров: 522
Послать статью по эл. почте 