Preview

Медицинская генетика

Расширенный поиск
Том 15, № 11 (2016)

НАУЧНЫЕ ОБЗОРЫ

3-8 332
Аннотация
Центромера - фундаментальная структура, необходимая для поддержания стабильности генома. Центромерные районы хромосом характеризуются наличием альфа-сателлитной ДНК и белков центромерного комплекса, включая центромерный протеин A - CENP-A (centromere protein-A), которые, в свою очередь, определяют сборку кинетохора. Неоцентромеры - это новые, эктопические, сайты формирования функционально активного кинетохора в районах хромосом, не содержащих высокоповторенную ДНК, возникающие вследствие хромосомных перестроек. Феномен репозиции центромеры и сохранения неоцентромер в популяции является важным механизмом в видообразовании. В обзоре обсуждается значимость неоцентромер в цитогенетике целовека и эволюции хромосом.

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

9-16 123
Аннотация
Количественный анализ профилей метилирования ДНК является неотъемлемым аспектом исследований в области эпигенетических механизмов онкогенеза. Кроме того, детекция опухолеспецифичных эпигенетических аномалий обладает высоким диагностическим потенциалом. При анализе генов-кандидатов, как правило, используют ПЦР-амплификацию модифицированных бисульфитом генных областей. Поскольку измерение степени метилирования CpG-динуклеотидов происходит в ампликонах, ПЦР определяет точность всего анализа. Избирательная амплификация форм ДНК, различающихся характером метилирования, может затруднять интерпретацию результатов. Дополнительные экспериментальные искажения могут быть связаны с особенностями технологий детекции метилированных оснований, например специфичностью олигонуклеотидных зондов ДНК-чипов. Целью работы было исследование применимости предложенного нами ранее алгоритма для устранения экспериментальных искажений из количественных данных метилирования ДНК, которые получены методами высокопроизводительного бисульфитного секвенирования и гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах. Материалы и методы. Для количественной характеристики профилей метилирования ДНК вблизи точек начала транскрипции генов-кандидатов использованы методы высокопроизводительного бисульфитного секвенирования по технологии 454 и гибридизации на ДНК-чипах «Febit Biotech». Регрессионный анализ полученных величин метилирования ДНК проводили посредством кубических полиномиальных кривых. Результаты. Для анализа были выбраны гены, аномальное гиперметилирование которых обнаруживается в злокачественных новообразованиях: кодирующие субъединицы фермента сукцинатдегидрогеназы SDH , а также онкосупрессоры CDKN2B , DAPK1 и TP53 . Анализируемые регионы амплифицировали в контрольных пробах ДНК известной степени метилирования. Амплификация и последующее секвенирование ампликонов SDHB и SDHD выявили значительные отклонения от ожидаемых величин метилирования. Аналогично индексы метилирования рассмотренных CpG-динуклеотидов в генах CDKN2B и DAPK1 существенно искажались при гибридизации на ДНК-чипе. С помощью уравнений полученных кубических регрессионных кривых была проведена корректировка исходных данных с практически полным устранением артефактов. Выводы. Применение кубической полиномиальной регрессии для корректировки экспериментальных искажений в двух разных типах количественных данных метилирования ДНК - полученных высокопроизводительным бисульфитным секвенированием и гибридизацией на олигонуклеотидных ДНК-чипах - продемонстрировало практически полное устранение артефактов, и, следовательно, универсальность метода.
17-23 245
Аннотация
Математика с каждым годом приобретает все большее значение в современном обществе. Она широко используется в физике, астрономии, биологии, инженерном деле, организации производства и многих других областях теоретической и прикладной деятельности. Однако многие люди намеренно избегают выбора специальностей, связанных с математикой. Это отчасти может быть объяснено математической тревожностью (МТ), выражающейся в чувстве сильного беспокойства и неловкости, связанном со сложностями в манипулировании числами как в академических, так и в бытовых ситуациях. Белки, кодируемые генами нейрексина 1 ( NRXN1 ) и контактин-ассоциированного белка ( CNTNAP2 ), вовлечены в регуляцию синаптической пластичности, являющейся одним из механизмов формирования рабочей памяти, а значит, способности справиться со стрессовой ситуацией. Целью данной работы являлась оценка вовлеченности полиморфных вариантов генов NRXN1 (rs4971648, rs1045881) и CNTNAP2 (rs2710102, rs2530310) в развитие МТ. В исследовании приняли участие 523 здоровых индивида из Республики Башкортостан (средний возраст 20,3 ± 3,87 года), прошедшие оценку МТ с использованием опросника MARS-E. Генотипирование проводили методом ПЦР-ПДРФ. Статистический анализ был осуществлен с использованием программы Plink v.1.07. Анализ ген-средовых взаимодействий позволил установить, что индивиды, родившиеся не вторыми в семье (b = -6,77; Р = 0,021) и/или воспитанные в семье менее чем с тремя детьми (b = -10,37; Р = 0,012) при наличии у них аллеля rs2530310*А в гене CNTNAP2 демонстрировали повышение МТ. Полученные данные указывают на модифицирующий эффект таких средовых факторов, как «порядок рождения» индивида и «число детей в семье» на ассоциации гена CNTNAP2 с различиями в уровне МТ.
24-28 430
Аннотация
Проведено комплексное молекулярно-генетическое обследование больных с клиническим диагнозом «нейрофиброматоз». Для диагностики нейрофиброматоза 1-го и 2-го типов использовался внедренный в практическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ» комплекс новых медицинских технологий, включающий методы таргетного высокопроизводительного параллельного секвенирования ДНК и мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA). Поиск точковых мутаций, небольших инсерций/делеций/дупликаций в генах NF1 и NF2 осуществлялся с применением секвенирования нового поколения на приборе Ion Torrent PGM. Для выявления протяженных делеций в генах NF1 и NF2 использовали метод MLPA. В выборке из 200 больных мутации в генах NF1 и NF2 обнаружены в 48,5% случаев. Методом MLPA у 14 из 100 больных определены делеции в гене NF1 . В случае выявления мутации у больного с нейрофиброматозом возможны исключение или подтверждение носительства мутации у близких родственников и ранняя диагностика.

МАТЕРИАЛЫ ДЛЯ ОБСУЖДЕНИЯ

29-45 1198
Аннотация
Представлены результаты работы группы генетиков ФГБНУ «МГНЦ» и экспертов национального консенсуса «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия». Решение о старте проекта было принято 06.02.2013 на заседании научного совета Общероссийской общественной организации «Всероссийская организация для больных муковисцидозом». Представленный раздел является одним из определяющих в диагностике муковисцидоза (МВ) и основой для таргетной терапии заболевания с использованием фармакогенетических тестов. Консенсус представляет обобщенный российский и международный опыт по генетической диагностике МВ и состояний, ассоциированных с геном CFTR . Представлены современная классификация мутаций гена CFTR , их клиническое значение, подходы к анализу патогенности. Дан анализ многообразия мутаций гена CFTR в Российской Федерации на основе данных Национального регистра за 2014 год, представлены особенности спектра мутаций гена CFTR у представителей различных национальностей. Описаны российские и зарубежные панели для выявления наиболее частых мутаций и рекомендации по проведению ДНК-диагностики. Впервые представлены сведения по пренатальной и преимплатационной диагностике заболевания, единые требования к бланку генетического заключения.
46-48 250
Аннотация
Актуальность. Тестирование наследственной предрасположенности к тромбозам является одной из актуальных задач медико-генетического консультирования. Информация о повышенном риске нарушений свертываемости крови является важной для предупреждения осложнений беременности, тромбоза, тромбоэмболии и других жизнеугрожающих состояний. Цель. Разработать панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования методом SNaPshot основных SNP, связанных с наследственной тромбофилией. Материалы и методы. В список генотипируемых полиморфизмов вошли rs6025, rs6027, rs1800595 ( F5 ); rs1799963 ( F2 ); rs5918 ( ITGB3 ). Для разработки проб и ПЦР-праймеров использовали программы Vector NTI и Primer3. Результаты. После подбора последовательности проб для генотипирования различной длины была проведена пробная реакция с набором Primer Focus kit, подтвердившая возможность мультиплексирования данных полиморфизмов. Осуществлено генотипирование контрольных образцов ДНК с известными генотипами. Определенные методом SNaPshot генотипы во всех случаях соответствовали генотипам, полученным другими методами. Выводы. Разработана и верифицирована панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования пяти полиморфизмов в генах факторов свертывания крови II, V и тромбоцитарного рецептора фибриногена (rs1799963, rs6025, rs6027, rs1800595, rs5918). Разработанная методика позволяет ускорить и автоматизировать процесс генотипирования.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-7998 (Print)