Устранение экспериментальных отклонений при количественном анализе профилей метилирования ДНК посредством высокопроизводительного бисульфитного секвенирования и гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах
Аннотация
Ключевые слова
метилирование ДНК,
количественный анализ,
ПЦР-отклонение,
кубическая регрессия,
высокопроизводительное бисульфитное секвенирование,
олигонуклеотидные ДНК-чипы,
DNA methylation,
quantitative analysis,
PCR-bias,
cubic polynomial regression,
next-generation sequencing,
oligonucleotide microarrays
Об авторах
Е. А. Москалев
Институт патологии, Университет Фридриха-Александра в Эрлангене и Нюрнберге; Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
М. Г. Завгородний
Воронежский государственный университет
Россия
Россия
С. П. Майорова
Воронежский государственный технический университет
Россия
Россия
И. Н. Лебедев
Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
Список литературы
1. Пономарева А.А., Рыкова Е.Ю., Чердынцева Н.В. и др. Анализ уровень метилирования гена RARb2 в циркулирующих ДНК крови у больных раком легкого как потенциального прогностического маркера. Вопросы онкологии. 2011;57(3):302-307.
2. Брызгунова О.Е., Лактионов П.П. Формирование пула циркулирующих ДНК крови: источники, особенности строения и циркуляции. Биомедицинская химия. 2015;61(4):409-426.
3. Miettinen M., Lasota J. Gastrointestinal stromal tumors: pathology and prognosis at different sites. Semin Diagn Pathol. 2006;23(2).70-83.
4. Haller F., Zhang J.D., Moskalev E.A. et al. Combined DNA methylation and gene expression profiling in gastrointestinal stromal tumors (GISTs) reveals hypomethylation of SPP1 as an independent prognostic factor. International Journal of Cancer. 2015;136(5):1013-1023.
5. Gausachs M., Pilar M., Corral J. et al. MLH1 promoter hypermethylation in the analytical algorithm of Lynch syndrome& a costsseffectiveness study. Eur J Hum Genet. 2012; 20(7):762-768.
6. Bettstetter M., Dechant S., Ruemmele P. et al. Distinction of hereditary nonpolyposis colorectal cancer and sporadic microsatellite-unstable colorectal cancer through quantification of MLH1 methylation by real-time PCR. Clin Cancer Res. 2007;13:3221-3228.
7. Haller F., Moskalev E.A., Faucz F.R. et al. Aberrant DNA hypermethylation of SDHC: a novel mechanism of tumor development in Carney Triad. Endocrine Related Cancer. 2014;21(4):567-577.
8. Frommer M., McDonald L.E., Millar D.S. et al. A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands. Proc Natl Acad Sci USA. 1992;89(5):1827-1831.
9. Warnecke P.M., Stirzaker C., Melki J.R. et al. Detection and measurement of PCR bias in quantitative methylation analysis of bisulphite-treated DNA. Nucleic Acids Research. 1997;25(21):4422-4426.
10. Moskalev E.A., Zavgorodnij M.G., Majorova S.P. et al. Correction of PCR-bias in quantitative DNA methylation studies by means of cubic polynomial regression. Nucleic Acids Research. 2011;39(11):e77.
11. Shen L., Guo Y., Chen X. et al. Optimizing annealing temperature overcomes bias in bisulfite PCR methylation analysis. BioTechniques. 2007;42(1):48-58.
12. Wojdacz T.K., Hansen L.L., Dobrovic A. A new approach to primer design for the control of PCR bias in methylation studies. BMC Res. Notes. 2008;1:54.
13. Москалев Е.А. Аномальные картины метилирования геномной ДНК при хроническом B-клеточном лимфолейкозе.: дис. канд. биол. наук. Воронежский государственный университет, Воронеж, 2007.
14. Rohde C., Zhang Y., Reinhardt R. et al. BISMA - fast and accurate bisulfite sequencing data analysis of individual clones from unique and repetitive sequences. BMC Bioinformatics. 2010;11:230.
15. Guimil R., Beier M., Scheffler M. et al. Geniom technology - the benchtop array facility. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2003;22(5-8):1721-1723.
16. Mund C., Beier V., Bewerunge P. et al. Array-based analysis of genomic DNA methylation patterns of the tumour suppressor gene p16INK4A promoter in colon carcinoma cell lines. Nucleic Acids Res. 2005;33(8):e73.
Рецензия
Для цитирования:
Москалев Е.А., Завгородний М.Г., Майорова С.П., Лебедев И.Н. Устранение экспериментальных отклонений при количественном анализе профилей метилирования ДНК посредством высокопроизводительного бисульфитного секвенирования и гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах. Медицинская генетика. 2016;15(11):9-16.
For citation:
Moskalev E.A., Zavgorodnij M.G., Majorova S.P., Lebedev I.N. Correction of measurement biases in DNA methylation studies by means of next generation sequencing and hybridisation on oligonucleotide microarrays. Medical Genetics. 2016;15(11):9-16. (In Russ.)
Просмотров: 479
Послать статью по эл. почте 