Полногеномное и полноэкзомное секвенирование имеет общепризнанную клиническую значимость для диагностики орфанных заболеваний. Вследствие развития технологии секвенирования и последующего снижения затрат на тестирование, данные методы все чаще используются не только в клинических целях, но и в качестве инструмента скрининга здоровых индивидов. При проведении исследования по поводу подозрения на генетическое заболевание в семье и при тестировании здорового человека «по желанию» могут быть выявлены «случайные находки» с разной клинической значимостью. Однако в ряде профессиональных руководств появились рекомендации по систематическому поиску клинически значимых вторичных результатов - так называемому оппортунистическому скринингу. В соответствии с этим активно обсуждаются этические проблемы оппортунистического скрининга в контексте соразмерности пользы и рисков для тестируемого человека, информированного согласия и защиты его автономии и справедливости. Этические проблемы в связи с клиническим использованием анализа генома в Российской Федерации мало изучены. В данной обзорной статье описываются упомянутые проблемы и на основе международного опыта.

Задержка психического развития (ЗПР) и умственная отсталость (УО) являются частыми симптомами у пациентов, консультируемых врачом-генетиком. Цель исследования: оценка структуры и разнообразия нозологических форм ЗПР и УО и их динамики среди пациентов, проконсультированных в ФГБНУ МГНЦ. Работа выполнена на материале, извлеченном из медико-генетических карт пациентов, проконсультированных врачами-генетиками консультативного и научно-консультативного отделов в 2006 и 2007 годах и через 10 лет -в 2016 и 2017 годах. Общее число обработанных медико-генетических карт за 4 анализируемых года составило 14301 по всем нозологиям, общее число карт пациентов с ЗПР или УО за 4 года составило 2321 карту. Общее количество пациентов с ЗПР или УО за 4 года составило 2350, при этом доли пациентов с ЗПР или УО, проконсультированных в 2016-2017 годах, достоверно увеличились по сравнению с долями таких пациентов, проконсультированных в 2006-2007 годах. В исследуемые периоды структура ЗПР и УО осталась практически неизменной по таким критериям, как пол и возраст. Доли пациентов с ЗПР и УО, обусловленными факторами окружающей среды и генетическими причинами, также не претерпели изменений. Наблюдается значительное увеличение числа пациентов с ЗПР или УО в 2016 и 2017 гг. с диагнозом, подтвержденным биохимическими, молекулярно-генетическими или цитогенетическими методами. Количество нозологических форм ЗПР и УО, подтвержденных молекулярно-генетическими или цитогенетическими методами, возросло почти в 5 раз за исследуемый десятилетний период. Существенное увеличение числа пациентов с лабораторно верифицированными генетическими формами ЗПР или УО в 2016 и 2017 годах обусловлено значительным прогрессом в области ДНК-диагностики синдромов, включающих ЗПР и УО, а также появлением новых методов исследований: хромосомного микроматричного анализа и секвенирования нового поколения.

Цель исследования - изучение взаимосвязи полиморфизмов генов, кодирующих структуру регуляторных белков синтеза и деградации экстрацеллюлярного матрикса соединительной ткани, с развитием первичной открытоугольной глаукомы (ПОУГ). Обследовано 144 человека (мужчин - 56, женщин - 88), средний возраст 59,3±6,2, не состоящих в родстве, русской национальности. Группу I составили 40 человек с подозрением на глаукому, в группу II вошли 40 человек с диагнозом ПОУГ I-II стадий на одном или обоих глазах. Пациенты обеих групп имели отягощенный семейный анамнез по глаукоме. Группу контроля составили 64 относительно здоровых человека. Всем пациентам проведены стандартные и специальные офтальмологические, а также молекулярно-генетические исследования. Носительство генотипа GT и аллеля Т полиморфизма rs8136803 (TIMP3), генотипа AG и аллеля A полиморфизма rs652438 (MMP12), генотипа GA и аллеля A полиморфизма rs3825942 (LOXL1) ассоциировано с развитием ПОУГ. Ассоциации полиморфизма rs1048661 гена LOXL1 с развитием ПОУГ не выявлено. Проведенное исследование указывает на необходимость формирования алгоритма обследования пациентов с ПОУГ и подозрением на глаукому с включением молекулярно-генетических исследований.

Синдром CBAVD (congenital bilateral aplasia of vas deferens) - двухсторонняя врожденная аплазия семявыносящих протоков, которая является основной генетической причиной мужского бесплодия, связанного с обструктивной азооспермией. CBAVD имеет гетерогенную природу, в большинстве случаев вызван патогенными вариантами в гене CFTR, редкими его причинами могут быть мутации в других генах. Хотя фенотипическая вариабельность врожденной аплазии семявыносящих путей описана, в том числе ее морфологические варианты, влияние генотипа на состояние половых органов и показатели эякулята у пациентов с синдромом CBAVD недостаточно исследовано. Цель: оценить влияние генотипа гена CFTR на сперматологические показатели у пациентов с синдромом CBAVD. Обследована группа из 74 неродственных российских мужчин репродуктивного возраста с синдромом CBAVD. Молекулярно-генетический анализ включал поиск 22 наиболее распространенных патогенных вариантов гена CFTR в РФ, а также полиморфного локуса IVS8-Tn в интроне 8. Всем пациентам проведено спермиологическое исследование. Патогенные варианты гена CFTR обнаружены на 51 из 148 (34,5%) исследованных аллелей. Наличие аллельного варианта IVS-T5 (5Т) выявлено в 43 из 148 (29,1%) аллелей. Проведен сравнительный анализ двух групп пациентов с патогенными вариантами и/или 5Т аллелем гена CFTR (группа I) и без них (группа II). У 62 из 74 (83,7%) пациентов обнаружена азооспермия, у 12 (16,3%) - криптозооспермия/олигозооспермия тяжелой степени. Олигоспермия (объём эякулята менее 1,5 мл) обнаружена в группах I и II у 56 из 61 (91,8%) и 12 из 13 (92,3%) пациентов, соответственно. Повышенная вязкость отмечена в образцах эякулята у 4 (6,6%) пациентов группы I и 5 (38,5%) пациентов группы II. Лейкоспермия обнаружена только в группе II у 3 (4,1%) пациентов. Между этими группами не выявлено статистически значимых различий по объему, вязкости и рН эякулята, количеству сперматозоидов и лейкоцитов. Полученные данные свидетельствуют, что генотип по гену CFTR не оказывает значимого влияния на сперматологические параметры пациентов с синдромом CBAVD.

Болезнь Краббе (БКр) - редкое наследственное аутосомно-рецессивное заболевание, входящее в группу лизосомных болезней накопления. Заболевание обусловлено мутациями в гене GALC, приводящими к дефициту фермента галактозилцерамидазы. Частота БКр оценивается как 1:100 000 живых новорожденных, хотя в некоторых странах регистрируется более высокая частота заболевания. Точная частота БКр в Российской Федерации и в ее регионах неизвестна. Мажорной мутацией, приводящей к развитию БКр, является крупная делеция затрагивающая 11-17 экзоны гена GALC c.1161+6532_polyA+9kbdel (IVS10del30kb). Доля этой мутации в европейской популяции оценивается примерно в 50% от всех мутаций. Для изучения спектра и частот мутаций гена GALC на территории РФ были обследованы пациенты из разных регионов. Частая делеция составила 54% от общего числа выявленных мутаций, что сопоставимо с данными по европейской популяции. Однако в Чеченской Республике данная мутация встречалась гораздо чаще, чем в других регионах. Среди 950 исследованных образцов было выявлено 7 гетерозиготных носителей частой мутации. Учитывая вклад других мутаций, расчётная частота БКр в республике составила 1:51237, что превышает таковую в европейской популяции. Дополнительный анализ всех найденных мутаций гена GALC позволил выявить вариант c.578T>C, p.Ile193Thr, аллельная частота которого составила 8%. Данная замена впервые была описана у пациентов из нашей выборки и встречается только при поздней инфантильной форме заболевания у русских пациентов.

Недостаточная точность дооперационной дифференциальной диагностики путём цитологического исследования материала, полученного при тонкоигольной аспирационной биопсии, и низкая доля случаев злокачественных новообразований, описываемых молекулярно-генетическими маркерами с известной диагностической значимостью, обуславливают актуальность поиска новых молекулярно-генетических маркеров и необходимость оценки их ассоциации с риском рака и клинико-морфологическими характеристиками. Целью работы явилось исследование распространенности расширенного спектра известных и новых предполагаемых драйверных и вторичных мутаций в доброкачественных и злокачественных новообразованиях щитовидной железы. Материал исследования: свежезамороженный хирургический материал злокачественных (64 образца) и доброкачественных (16 образцов) новообразований щитовидной железы. Для поиска точковых вариантов, коротких инсерций/делеций, изменений копийности выполнено таргетное высокопроизводительное секвенирование ДНК по технологии AmpliSeq на платформе NextSeq 550 (Illumina). Поиск перестроек выполнен по наличию транскрипта методом таргетного высокопроизводительного секвенирования по технологии AmpliSeq на платформе MiSeq (Illumina). Мутации в генах BRAF, KRAS, NRAS, HRAS выявлены в 62% случаев рака. В 12% случаев рака выявлены перестройки CCDC6-RET (3 случая) и PAX8-PPARG (2 случая), TPM3-NTRK1, ETV6-NTRK3, STRN-ALK - по одному случаю. Во всех случаях выявленные перестройки были взаимоисключающие с другими известными драйверными мутациями. При доброкачественных новообразованиях перестройки не выявлены. Мутации промотора гена TERT выявлены в 10% случаев рака щитовидной железы и были представлены совместно с известными драйверными мутациями. Известная миссенс мутация EIF1AX выявлена в одном случае доброкачественного новообразования, при злокачественных новообразованиях мутации в гене EIF1AX не выявлены. Предполагаемые драйверные мутации в онкогенах PPM1D, PDGFRA, KDR выявлены в образцах рака щитовидной железы и не выявлены при доброкачественных новообразованиях щитовидной железы. Выводы: дана характеристика распространенности драйверных мутаций с известной диагностической значимостью и мутаций в генах, описанных в литературе без установленной диагностической значимости, при доброкачественных и злокачественных новообразованиях щитовидной железы.