Preview

Медицинская генетика

Расширенный поиск
Том 18, № 7 (2019)

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

3-9 211
Аннотация
Актуальность. Миодистрофия Ландузи-Дежерина (МЛД) является одной из наиболее часто встречающихся мышечных дистрофий. В 95% случаев заболевание связано с частичной делецией массива повторов D4Z4 на одном из аллелей 4-й хромосомы. Существующие диагностические методики гибридизации по Саузерну и молекулярного комбинга являются ресурсо- и времязатратными. В настоящее время в Российской Федерации молекулярно-генетическая диагностика МЛД не проводится. Цель. Поиск новых подходов к диагностике МЛД для использования в молекулярно-генетических лабораториях. Методы. ДНК выделялась в агарозных блоках и подвергалась обработке эндонуклеазой EcoRI. Полученные фрагменты ДНК разделялись методом пульс-электрофореза в агарозном геле, после этого агарозный гель фрагментировался согласно маркеру молекулярного веса и использовался в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции (ПЦР). Принадлежность полученных ПЦР-продуктов к последовательностям повторов D4Z4 4-й хромосомы подтверждалась секвенированием по Сэнгеру. Результаты. Протокол пульс-электрофореза оптимизирован таким образом, что после всех этапов ДНК в агарозном геле пригодна для использования в качестве матрицы для ПЦР. Разработана ПЦР-система специфичной амплификации контрольных ДНК-матриц 4-й хромосомы и подтверждена секвенированием принадлежность получаемых ПЦР-продуктов к последовательности повторов D4Z4 4-й хромосомы. Выводы. Показана возможность использования ДНК в агарозном геле после пульс-электрофореза в качестве матрицы для детекции повторов D4Z4 методом ПЦР. Представленная ПЦР-система специфично амплифицирует последовательности D4Z4 4-й хромосомы. Используя данную ПЦР-систему и геномную ДНК пациента с известной длиной массива повторов D4Z4 проведена успешная диагностика МЛД. Таким образом разработан новый подход к диагностике МЛД для использования в молекулярно-генетических лабораториях.
10-16 85
Аннотация
Известно, что дефицит гомологичной рекомбинации в опухолевых клетках, обусловленный, в основном, дефектом генов BRCA1/2, связан с высокой эффективностью лечения и благоприятным прогнозом заболевания. Однако наличие других альтернативных путей репарации ДНК, таких как активация генов NF-κB или PARP1, может оказывать дополнительный негативный эффект. Таким образом, целью работы явилась оценка связи аберраций числа копий ДНК генов BRCA1, NF-κB, PARP1 в опухолевой ткани молочной железы с эффектом химиотерапии и прогнозом заболевания. Материалы и методы. В исследование было включено 85 больных раком молочной железы IIA-IIIB стадии. ДНК выделяли из биопсийных образцов опухолевой ткани с использованием набора QIAamp DNA mini Kit (Qiagen, Germany). Было проведено микроматричное исследование всех образцов опухоли на ДНК-чипах высокой плотности фирмы Affymetrix CytoScanTM HD Array. Для оценки аберраций числа копий ДНК использовали программу «Chromosome Analysis Suite 3.3». Результаты. Было установлено, что наибольшая частота делеций наблюдается в гене BRCA1 (28%, 24 случая из 85), и это статистически значимо сопряжено с объективным ответом на неоадъювантную химиотерапии (p=0,02). Частота амплификации гена PARP1 в исследуемой группе больных составляет 62%, что также определяет хороший ответ на неоадъювантную химиотерапию вне зависимости от наличия аберраций других исследуемых генов. При анализе прогностической значимости аберраций генов было показано, что амплификация гена PARP1 является неблагоприятным маркером безметастатической выживаемости (log-rank test, p=0,02). Выводы. На основании полученных данных можно полагать, что аберрантное состояние генов BRCA1 и PARP1 в опухоли молочной железы, может также являться перспективным маркером эффективности химиотерапии и прогноза заболевания, что подтверждает актуальность исследования, но и требует дальнейшего детального изучения.
17-25 107
Аннотация
Актуальность. Длинные некодирующие РНК (днРНК) при раке щитовидной железы плохо изучены; не известны днРНК, общие и специфичные для фолликулярного и классического вариантов папиллярного рака, не установлены днРНК, аберрантно экспрессированные при других основных субтипах злокачественных новообразований щитовидной железы, а также при доброкачественных новообразованиях. Цель исследования - определить днРНК, аберрантно экспрессированные при фолликулярной аденоме (ФА), фолликулярном раке (ФРЩЖ), фолликулярном и классическом вариантах папиллярного рака (ПРЩЖ), анапластическом раке (АРЩЖ) щитовидной железы. Методы. Проанализирована экспрессия днРНК по данным исследований на микрочипах (8 независимых экспериментов, доступных в GEO) и секвенирования РНК (PRJEB11591 и TCGA-THCA). Исследованы 246 образцов нормальной ткани щитовидной железы, 26 - ФА, 30 - ФРЩЖ, 181 - фолликулярного варианта ПРЩЖ, 481 - классического варианта ПРЩЖ и 49 - АРЩЖ. Для классического и фолликулярного вариантов ПРЩЖ выполнена валидация дифференциальной экспрессии in silico. Потенциальные биологические функции были оценены в результате анализа обогащения коэкспрессированных генов. Результаты. Определены днРНК, дифференциально экспрессированные при ФА, ФРЩЖ, фолликулярном и классическом вариантах ПРЩЖ и АРЩЖ. Выявлены 8 днРНК, экспрессия которых изменена во всех субтипах новообразований щитовидной железы, 22 - общих для ПРЩЖ, 32 - специфичных для классического варианта ПРЩЖ, 1 - специфичная для фолликулярного варианта ПРЩЖ, и 177 - специфичных для АРЩЖ. Статистически значимо дифференциально экспрессированных днРНК в ФРЩ по сравнению с ФА не выявлено. Ранее известные онкогенные и супрессорные днРНК NR2F1-AS1, LINC00511, SLC26A4-AS1, CRNDE, RMST впервые обнаружены в новообразованиях щитовидной железы. Выявленные днРНК предположительно вовлечены в клеточную адгезию, организацию экстрацеллюлярного матрикса, образование эндодермы, регуляцию клеточного цикла и митоза, полярности клеток, сигнальные пути VEGF и WNT. Выводы. Установлены общие и специфичные паттерны экспрессии днРНК в доброкачественных и злокачественных новообразованиях щитовидной железы.
26-33 101
Аннотация
Цель - оценить ассоциацию генов TР53 (rs1042522) и XRCC1 (rs25487, rs1799782) со статусом по вирусу папилломы человека (ВПЧ) и уровнем онкомаркеров у женщин киргизской национальности с раком шейки матки (РШМ). Материалы и методы. Исследование проведено по типу «случай-контроль» и включало 103 женщин с гистологически верифицированным диагнозом РШМ и 102 женщин без онкологической патологии в анамнезе. Генотипирование пациентов осуществлялось методом ПЦР-ПДРФ. Проведено типировование ВПЧ 16 и 18 типов, в сыворотке крови определены уровни ракового эмбрионального антигена (РЭА) и SCC (squamous cell carcinoma antigen). Результаты. Генотипы Pro/Pro и Arg/Pro полиморфизма p.Arg72Pro гена ТР53 были ассоциированы с наличием у женщин с РШМ ВПЧ 16 типа - ОШ=1,98 (95% ДИ=1,01-3,86, p=0,04), а генотип Pro/Pro полиморфизма p.Arg72Pro гена ТР53 - с ВПЧ 18 типа - ОШ=9,15 (95% ДИ=1,78-46,96, p=0,002). Высокие уровни онкомаркеров РЭА и SCC чаще встречаются у пациентов с РШМ, имеющих размер первичного опухолевого узла более 4 см. Патологически высокие уровни РЭА и SCC ассоциированы преимущественно с ВПЧ 16 типа. Заключение. Наличие аллеля Pro (генотипов Pro/Pro и Pro/Arg) по ОНП p.Arg72Pro (ген ТР53) у женщин с РШМ ассоциировано с положительным статусом по высокоонкогенным ВПЧ 16 и 18 типов.
34-39 96
Аннотация
Установлено, что полиморфизмы генов медиаторов воспаления, тканевых матричных белков и ростовых факторов вовлечены в аутоиммунные и фибротические процессы при системной склеродермии (ССД). Хемокин CCL2 является ключевым воспалительным белком, присутствующим в циркулирующей крови и в очагах повреждения кожи больных ССД. Цель настоящего исследования состояла в изучении связи полиморфизма -2518 A/G гена CCL2 с уровнем С-реактивного белка (СРБ) у больных с разными клиническими и серологическими фенотипами ССД. В общей группе пациентов носители генотипа -2518АА имели статистически значимо более высокий средний уровень СРБ по сравнению с носителями аллеля -2518G (AG+GG генотипы) (р=0,032). Сходные различия уровней СРБ были получены у пациентов с диффузной формой ССД и у пациентов с позитивными титрами антител к топоизомеразе I (р=0,041 и р=0,042 соответственно). Выводы. Носительство генотипа -2518AА ассоциировано с высоким уровнем СРБ у больных с плохим прогнозом ССД (диффузная форма и позитивные титры аутоантител к топоизомеразе I) по сравнению с носительством аллеля -2518G. Полиморфизм -2518A/G гена CCL2 может быть использован в качестве генетического маркера тяжести и неблагоприятного прогноза ССД.

КЛИНИЧЕСКИЕ СЛУЧАИ

40-47 199
Аннотация
Введение. Тетрасомия дистального района длинного плеча хромосомы 15 является довольно редким событием. В электронной базе данных по сверхчисленным маркерным хромосомам имеются сведения о 24 зарегистрированных случаях с инвертированной дупликацией дистального района длинного плеча хромосомы 15. Частичная тетрасомия 15q может наблюдаться вследствие появления сверхчисленной анальфоидной маркерной хромосомы, состоящей из инвертированной дупликации дистальной части длинного плеча хромосомы 15. Представлен случай мозаичной тетрасомии 15q25.3-qter, у пациента со множественными признаками дизэмбриогенеза. Цель. Молекулярно-цитогенетическая диагностика мозаичного случая инвертированной дупликации 15q25.3→qter у пациента с множественными врожденными аномалиями развития и обзор аналогичных случаев. Методы. Для идентификации малой сверхчисленной маркерной хромосомы и определения уровня мозаицизма использовали комплексную молекулярно-цитогенетическую диагностику, включающую хромосомный микроматричный анализ и FISH-исследование. Результаты. При стандартном цитогенетическом исследовании обнаружена сверхчисленная маркерная хромосома в мозаичном состоянии: 47,ХХ,+mar[8]/46,XX[23]. Для идентификации геномного дисбаланса использовали хромосомный микроматричный анализ, выявивший дупликацию участка длинного плеча хромосомы 15 размером 16,4 млн п.н. FISH-исследование позволило установить, что сверхчисленная маркерная хромосома представлена инвертированной дупликацией района q25.3→qter хромосомы 15 с неоцентромерой, и помогло уточнить уровень мозаицизма, который составил 35%. Заключение. Идентификация структуры и происхождения сверхчисленных маркерных хромосом у пациентов с множественными врожденными аномалиями развития является важной задачей цитогенетической лаборатории. Современные молекулярно-цитогенетические методы диагностики хромосомных аномалий позволяют выявить и охарактеризовать любой случай неоцентромерной формации.

ИНФОРМАЦИЯ



ISSN 2073-7998 (Print)