Preview

Медицинская генетика

Расширенный поиск

Нарушения экспрессии длинных некодирующих РНК в новообразованиях щитовидной железы

https://doi.org/10.25557/2073-7998.2019.07.17-25

Полный текст:

Аннотация

Актуальность. Длинные некодирующие РНК (днРНК) при раке щитовидной железы плохо изучены; не известны днРНК, общие и специфичные для фолликулярного и классического вариантов папиллярного рака, не установлены днРНК, аберрантно экспрессированные при других основных субтипах злокачественных новообразований щитовидной железы, а также при доброкачественных новообразованиях. Цель исследования - определить днРНК, аберрантно экспрессированные при фолликулярной аденоме (ФА), фолликулярном раке (ФРЩЖ), фолликулярном и классическом вариантах папиллярного рака (ПРЩЖ), анапластическом раке (АРЩЖ) щитовидной железы. Методы. Проанализирована экспрессия днРНК по данным исследований на микрочипах (8 независимых экспериментов, доступных в GEO) и секвенирования РНК (PRJEB11591 и TCGA-THCA). Исследованы 246 образцов нормальной ткани щитовидной железы, 26 - ФА, 30 - ФРЩЖ, 181 - фолликулярного варианта ПРЩЖ, 481 - классического варианта ПРЩЖ и 49 - АРЩЖ. Для классического и фолликулярного вариантов ПРЩЖ выполнена валидация дифференциальной экспрессии in silico. Потенциальные биологические функции были оценены в результате анализа обогащения коэкспрессированных генов. Результаты. Определены днРНК, дифференциально экспрессированные при ФА, ФРЩЖ, фолликулярном и классическом вариантах ПРЩЖ и АРЩЖ. Выявлены 8 днРНК, экспрессия которых изменена во всех субтипах новообразований щитовидной железы, 22 - общих для ПРЩЖ, 32 - специфичных для классического варианта ПРЩЖ, 1 - специфичная для фолликулярного варианта ПРЩЖ, и 177 - специфичных для АРЩЖ. Статистически значимо дифференциально экспрессированных днРНК в ФРЩ по сравнению с ФА не выявлено. Ранее известные онкогенные и супрессорные днРНК NR2F1-AS1, LINC00511, SLC26A4-AS1, CRNDE, RMST впервые обнаружены в новообразованиях щитовидной железы. Выявленные днРНК предположительно вовлечены в клеточную адгезию, организацию экстрацеллюлярного матрикса, образование эндодермы, регуляцию клеточного цикла и митоза, полярности клеток, сигнальные пути VEGF и WNT. Выводы. Установлены общие и специфичные паттерны экспрессии днРНК в доброкачественных и злокачественных новообразованиях щитовидной железы.

Об авторах

В. Д. Якушина
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»
Россия


А. С. Танас
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»; ГБОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Россия


А. В. Лавров
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова»; ГБОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Россия


Для цитирования:


Якушина В.Д., Танас А.С., Лавров А.В. Нарушения экспрессии длинных некодирующих РНК в новообразованиях щитовидной железы. Медицинская генетика. 2019;18(7):17-25. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2019.07.17-25

For citation:


Yakushina V.D., Tanas A.S., Lavrov A.V. Aberrant expression of long non-coding RNA in thyroid neoplasms. Medical Genetics. 2019;18(7):17-25. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2019.07.17-25

Просмотров: 73


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-7998 (Print)