В жировой ткани (ЖТ) микроРНК играют важную роль в регуляции таких биологических процессов, как адипогенез, транспорт липидов и сахаров, чувствительность к инсулину, воспаление. Поэтому изменение экспрессии микроРНК в ЖТ может быть связано с развитием сопутствующих ожирению заболеваний. Целью данной работы было оценить уровни микроРНК hsa-miR-551b-3p, hsa-miR-145-5p, hsa-miR-132-3p, hsa-miR-10a-5p, hsa-miR-302d-3p, hsa-miR-1246, hsa-miR-210, hsa-miR-155-5p, hsa-miR-181a в подкожной и висцеральной ЖТ (ПЖТ и ВЖТ) у пациентов с ожирением с/без сахарного диабета 2 типа (СД2). Наше исследование продемонстрировало, что относительный уровень экспрессии микроРНК hsa-miR-132-3p был снижен в ПЖТ у пациентов с ожирением и СД2 по сравнению с пациентами с ожирением без СД2 и контрольной группой. В группе пациентов с ожирением и СД2 уровень экспрессии hsa-miR-132-3p в ЖТ положительно коррелировал с концентрацией глюкозы (r=0,465, p=0,045 для ПЖТ; r=0,563, p=0,006 для ВЖТ) и гликированного гемоглобина в плазме крови (r=0,593, p=0,005 для ВЖТ). У пациентов с ожирением (с/без СД2) наблюдались обратные корреляции уровня экспрессии hsa-miR-551b-3p в ПЖТ и показателей состояния углеводного обмена: инсулин плазмы крови (r=-0,409, p=0,020), С-пептид (r=-0,360, p=0,043), индекс инсулинорезистентности HOMA-IR (r=-0,540, р=0,002). Таким образом, можно предположить, что микроРНК hsa-miR-132-3p и hsa-miR-551b-3p ЖТ принимают участие в развитии инсулинорезистентности и СД2 у лиц с ожирением.

Введение. Изучение раннего эмбриогенеза человека сопряжено с анализом ограниченного количества биологического материала. Большинство методических подходов не дает возможности одновременно проанализировать несколько характеристик бластоцист на одном и том же материале. В данной работе представлены результаты пилотного исследования по секвенированию РНК клеток внутренней клеточной массы (ВКМ) и трофэктодермы (ТЭ) бластоцист человека.

Цель: оценка возможности анализа экспрессии генов и реконструкции кариотипов бластоцист с использованием данных полнотранскриптомного секвенирования.

Методы. Материал – 16 бластоцист человека, которые были получены в рамках циклов экстракорпорального оплодотворения (ЭКО) в ОГАУЗ «Областной перинатальный центр им. И.Д. Евтушенко». Бластоцисты были механически разделены на ВКМ (2 фрагмента) и ТЭ (3 фрагмента). Пробоподготовка библиотек для секвенирования РНК проводилась с помощью коммерческого набора QIAseq FX Single Cell RNA Library Kit (Qiagen, Germany). Секвенирование было произведено на приборе NextSeq 550 с использованием коммерческих наборов NextSeq 500/550 High Output Kit v2.5 sequencing kit и NextSeq 500/550 High Output Kit v2 kit (Illumina, США), а также на приборе NextSeq 2000 (Illumina, США) с использованием коммерческого набора NextSeq 2000 P3 reagents (300 cycles) (Illumina, США). Биоинформатическая обработка данных проводилась с использованием FastQC, multiQC, STAR, R, DESeq2, superFreq. Для реконструкции цифровых кариотипов исследуемых образцов в качестве референсных образцов с подтвержденным нормальным кариотипом были использованы эмбриоидные тельца (ЭТ), полученные из линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК).

 Результаты. В бластоцистах 7 дня развития в сравнении с бластоцистами 5 дня (7vs5) была выделена группа генов, ответственных за рост бластоцист (CTR9, GINS1 и ZNF830). При сравнении 7vs5 и при сравнении 6vs5 было выделено несколько групп генов, ответственных за локализацию белков и трансляцию. Всего выявлено 286 признаков хромосомной нестабильности (signatures of chromosomal instability, CIN). Амплификации, делеции, частичные амплификации и делеции аутосом встречались с частотой 48,3%, 34,3%, 11,2% и 6,3%, соответственно. Наиболее часто выявлялись нарушения числа копий 3, 5, 9, 10, 12, 15, 16, 17, 19, 22 хромосом. Нами была обнаружена обратная статистически значимая корреляция между качеством ТЭ и числом CIN в ВКМ, а также тенденция к уменьшению CIN в ТЭ при изменении качества ТЭ от «C» к «A».

Заключение. Реконструкция кариотипов бластоцист на основе данных полнотранскриптомного анализа возможна и представляет интерес с точки зрения изучения взаимосвязи экспрессионных профилей клеток бластоцист и их хромосомной конституции.

Введение. Пигментный ретинит (ПР) представляет собой группу наследственных дегенеративных заболеваний сетчатки, возникающих в результате прогрессирующей гибели клеток пигментного эпителия, фоторецепторных клеток палочек, а затем колбочек, что приводит к постепенной потере зрения.

Цель: изучить клинический полиморфизм и генетическую гетерогенность изолированных и синдромальных форм ПР в закрытых изолятах Республики Бурятия.

Методы. В выборку включены 74 пациента с предварительным диагнозом изолированный ПР или синдромальный ПР (синдром Ашера). В данном сообщении описана структура наследственных пигментных дистрофий сетчатки в закрытых изолятах Республики Бурятия на основании данных клинических, инструментальных (оптической когерентной томографии, электроретинографии) и молекулярно-генетических методов диагностики (высокопроизводительное секвенирование (NGS), секвенирование по Сэнгеру, мультиплексная лигазная цепная реакция (MLPA)).

Результаты. В обследованной когорте больных выявлены варианты в 13 генах: с наибольшей частотой установлены мутации в генах USH2A (58,8%), CHM (23,5%) и NR2E3(17,6%), с равной частотой 11,8% в генах GUCY2D, SNRNP200, TULP1, CEP290. В единичных случаях (5,9%) выявлены мутации в генах ABCA4, GRK1, MY07A, PDE6A, RP1L1, TTC21B. В 64,7% верифицированные мутации являются патогенными, в 17,6% – вероятно патогенными и еще в 17,6% – мутации с неизвестными клиническими значениями, имеющее возможное отношение к фенотипу. Проанализировав количественное распределение пациентов по определенным типам наследования, установили, что 83,4% больных имеют аутосомно-рецессивное заболевания, 8,3% – аутосомно-доминантное, 8,3% – Х-сцепленное рецессивное. В большинстве случаев верифицированы изменения в гене USH 2A (ашерин), у 10 человек из 17 давших согласие на молекулярно-генетическое исследование, что, в свою очередь, позволило установить клинико-генетический диагноз синдром Ашера 2А типа у 6 пробандов, изолированный ПР 39 типа – 4 пробандов, из них у 3 пациентов с классическим течением ПР, у 1 – с беспигментной формой.

Заключение. Междисциплинарное обследование с учетом данных клинико-инструментальной и молекулярно-генетической диагностики позволило изучить клинический полиморфизм генетически гетерогенной группы заболеваний сетчатки среди староверов, проживающих на территории Республики Бурятия.

Введение. Проблема сохранения здоровья населения северных регионов Евразии имеет приоритетную важность, особенно в отношении малочисленных коренных народов и в связи с интенсификацией антропогенного воздействия на окружающую среду. Жизнеспособность организма во многом зависит от наличия эффективных защитных средств против неблагоприятных факторов. У человека основным элементом одной из таких систем – эксцизионной репарации оснований ДНК – является 8-оксогуанин-ДНК-гликозилаза (OGG1), противостоящая неблагоприятным последствиям оксидативного стресса. В популяциях человека ген OGG1 имеет вариации в кодирующей последовательности, частоты встречаемости которых могут различаться в разных этнических группах. Замена аминокислотного остатка Ser326Cys снижает эффективность репарационной функции и носительство такой мутации, особенно в гомозиготном состоянии, чревато повышенным риском канцерогенеза и некоторыми другими неблагоприятными последствиями для здоровья.

Цель: установление частот встречаемости аллелей и генотипов полиморфизма rs1052133 гена OGG1, связанного с эксцизионной репарацией оснований, в популяции восточных хантов и сопоставление характера распределения с распространенностью в других популяциях Земного шара.

Методы. Выборка восточных хантов состояла из 103 коренных жителей Ханты-Мансийского автономного округа. Генотипирование по полиморфизму Ser326Cys в экзоне 7 гена OGG1 (rs1052133) проводилось методом ARMS-PCR-RFLP .

Результаты. В изученной популяции частота генотипа Ser/Ser составила 47,6%, Ser/Cys – 36,9 % , Cys/Cys – 15,5 %. Частота аллеля OGG1*С (Ser) оказалась равной 0,66, а OGG1*G (Cys) достигла значения 0,34.

Вывод. Результаты исследования представляют новую популяционно-генетическую информацию о распространенности вариантов гена OGG1 в популяции хантов. Частоты аллелей оказались близки к средним относительно мировой вариации.

Мочекаменная болезнь (МКБ) – часто встречаемое заболевание мочевыделительной системы. Актуальной проблемой для пациентов с МКБ является решение вопроса здоровья их будущих детей. В то же время немаловажным аспектом является планирование деторождения и подготовка к вынашиванию беременности при уролитиазе у женщины.

Представлено описание медико-генетического консультирования 37-летней пациентки с цистинурией и нарушением репродуктивной функции при планировании беременности. Женщине и её супругу проведено комплексное лабораторно[1]инструментальное и молекулярно-генетическое исследование. Генетическая диагностика осуществлена методом массового параллельного секвенирования с последующей верификацией обнаруженных находок секвенированием по Сэнгеру.

На этапе обращения на консультацию супружеской паре уже были выполнены некоторые генетические исследования: кариотипирование обоих супругов (результат 46,XX и 46,XY) и генетическое тестирование женщины на наличие полиморфизмов генов F2 и F5, предрасполагающих к развитию тромбофилии. В результате анализа у пациентки выявлен полиморфизм rs1799963 гена F2 в гетерозиготном состоянии. В ходе консультации для определения генетической причины цистинурии ей назначено секвенирование экзома. В гене SLC7A9, ответственном за развитие цистинурии типа В, был выявлен патогенный вариант с.313G>A (p.Gly105Arg) в гомозиготном состоянии, что уточнило причину редкой формы МКБ. Помимо этого, у женщины обнаружены патогенные варианты в генах АВСА4, GPR179, С2, GALC, связанные с рядом наследственных заболеваний. По результатам секвенирования экзома у супруга пациентки патогенных вариантов в генах, ответственных за развитие цистинурии, не выявлено. Совпадений по вариантам в одних и тех же генах других аутосомно-рецессивных заболеваний также не обнаружено. Даны персонализированные рекомендации по подготовке и ведению беременности у пациентки, назначено лечение цистинурии, а также сформулированы рекомендации по профилактике развития осложнений у пациентки в будущем.

Введение. Эпигенетические процессы, такие как метилирование ДНК, играют важную роль в поддержании нормальной беременности и могут нарушаться при самопроизвольном аборте. Ранее нами был обнаружен повышенный уровень метилирования ретротранспозона LINE-1, составляющего около 17% генома человека, в ворсинах хориона спонтанных абортусов.

Цель: анализ уровня метилирования ретротранспозона LINE-1 в ворсинах хориона в эмбрионах из семей со спорадическим и привычным невынашиванием беременности.

Методы. В настоящем исследовании проведен анализ различий уровня метилирования в ворсинах хориона 46 медицинских абортусов (группа сравнения) и спонтанных абортусов из 155 семей со спорадическим и 127 семей с привычным невынашиванием беременности. Уровень метилирования LINE-1 был оценен методом таргетного бисульфитного массового параллельного секвенирования.

Результаты. Не было обнаружено значимых различий уровня метилирования LINE-1 между группами с привычным и спорадическим невынашиванием беременности (p>0,05). Однако уровень метилирования LINE-1 был значимо выше по сравнению с медицинскими абортусами (40,2 ± 2,2%) у спонтанных абортусов с моносомией X из семей с привычным (42,0 ± 4,5%, p=0,04) и спорадическим невынашиванием беременности (43,1 ± 5,2%, p=0,03) и у спонтанных абортусов с трисомией 16 из семей со спорадическим невынашиванием беременности (43,1 ± 3,9%, p<0,001).

Заключение. Нарушение уровня метилирования LINE-1 может быть маркером гибели части эмбрионов как при спорадическом, так и при привычном невынашивании беременности.

Существует целый ряд патологических состояний, сопровождаемых сниженными показателями Т- и В-лимфоцитов. Оценка этих показателей является жизненно важной для новорожденных, так как без своевременной диагностики и терапии нарушение иммунитета может привести к инфекционным заболеваниям с тяжелым течением, инвалидизации и высокой летальности. Цель исследования заключалась в разработке высокочувствительного и прецизионного метода для подсчета количества наивных Т- и В-лимфоцитов на основе определения эксцизионных кольцевых молекул ДНК TREC и KREC методом цифровой ПЦР. В результате был разработан специфический набор праймеров и проб, позволяющий с высокой точностью определять количество молекул TREC и KREC, а также проводить подсчет количества ядросодержащих клеток. Предложенная методика демонстрирует высокую диагностическую специфичность и чувствительность. Методика может быть применена как скрининговая диагностика иммунодефицитных состояний новорожденных, так и для оценки иммунного статуса у взрослого населения при различных иммунопатологических состояниях.