Активное внедрение высокопроизводительного секвенирования в клиническую практику требует общего подхода к интерпретации обнаруженных генетических вариантов, в частности, вариантов с соматическим статусом. В 2017 году Ассоциация молекулярной патологии США (AMP), Американская коллегия медицинской генетики и геномики (ACMG), Американское общество клинической онкологии (ASCO) и Коллегия американских патологов (CAP) опубликовали руководство по интерпретации соматических генетических вариантов и выдаче заключений по результатам высокопроизводительного секвенирования опухолевой ДНК. Данный обзор посвящен специфике применения руководства AMP/ACMG/ASCO/CAP для интерпретации результатов генетических исследований детских солидных опухолей. В статье приводятся критерии, на которых основана классификация соматических генетических вариантов, обсуждаются проблемы оценки клинической значимости генетических находок и приводятся примеры классификации генетических вариантов, выявленных в различных типах детских солидных опухолей.

Синдром Барде-Бидля - аутосомно-рецессивное заболевание, характеризующееся ожирением, пигментной дегенерацией сетчатки, полидактилией, задержкой психоречевого развития и структурными повреждениями почек. В работе представлены результаты применения МПС-панели, включающей кодирующие последовательности и прилегающие интронные области 21 гена, ассоциированного с синдромом Барде-Бидля. Впервые была проведена молекулярно-генетическая диагностика в группе из сорока российских пациентов с синдромом Барде-Бидля из неродственных семей. В результате исследования удалось подтвердить диагноз молекулярно-генетическим методом у 40% пациентов (n=16). В генах BBS1, BBS7 и BBS10 встретились повторяющиеся варианты. Частота встречаемости патогенных и вероятно патогенных вариантов в генах BBS1 и BBS10 у российских пациентов соответствует зарубежным данным. Варианты в гене BBS7 встретились у пяти человек, у четырех из них был обнаружен патогенный вариант c.1967_1968delTAinsC, не встречающийся в других популяциях. Результаты, представленные в статье, показывают значительный вклад в заболеваемость синдромом Барде-Бидля в российской популяции патогенных вариантов в гене BBS7.

Адренергическая система, наряду с дофаминергической, серотонинергической и глутаматергической системами, играет важную роль в патофизиологии шизофрении и ответе на применяемую фармакотерапию. Тардивная или поздняя дискинезия (ТД) относится к серьезным побочным эффектам и может развиваться у больных шизофренией на фоне длительного использования антипсихотиков. Важная роль в патогенезе ТД принадлежит генетическим факторам. Целью настоящего исследования явился поиск возможных ассоциаций полиморфных вариантов генов ADRβ1 и ADRA1A с развитием ТД у больных шизофренией, получающих антипсихотическую терапию. Выборка составила 449 пациентов из русской популяции Сибирского региона с верифицированным диагнозом шизофрения, из которых 121 пациент соответствовал критериям ТД. Генотипирование полиморфных вариантов rs1801253, rs2036108, rs472865 генов ADRβ1 и ADRA1A проведено методом ПЦР в реальном времени амплификатором QuantStudio 5 с использованием наборов TaqMan. Ассоциативный анализ частот генотипов и аллелей оценивался с помощью критерия χ2 в программе R 3.6.2 с использованием базовых функций и дополнительного пакета SNPassoc. Распределение частот генотипов и аллелей для полиморфного варианта rs2036108 гена ADRA1A значимо отличается в группах пациентов с ТД и без побочного эффекта (для генотипов р = 0,028; для аллелей р = 0,040). Впервые была выявлена ассоциация полиморфного варианта rs2036108 гена ADRA1A с ТД у больных шизофренией. Необходимы дальнейшие исследования роли генов адренергических рецепторов в развитии ТД для разработки фармакогенетических подходов к персонализации терапии.

Миома матки (ММ), или лейомиома, - это наиболее распространенная опухоль репродуктивной системы у женщин. Окислительный стресс является одним из основных патогенетических механизмов развития ММ. Глутатион (GSH) - неферментный антиоксидант, играющий ведущую роль в защите организма от окислительного стресса. Восстановление окисленного глутатиона осуществляется ферментом глутатионредуктазой, кодируемой геном GSR. Целью исследования было изучение ассоциации однонуклеотидного полиморфизма rs2551715 гена GSR с риском развития ММ. В исследование было включено 978 неродственных жителей Центральной России: 590 пациенток с ММ и 388 здоровых женщин соответствующего возраста. Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма rs2551715 гена GSR проводили методом ПЦР в режиме реального времени путем дискриминации аллелей с помощью TaqMan-зондов. Для анализа ассоциаций генотипов с развитием заболевания пользовались лог-аддитивной регрессионной моделью. Все расчеты выполнены относительно минорного аллеля; введены поправки на возраст. Аллель Т rs2551715 GSR (OR=0,81, 95%CI=0,67-0,97; р=0,02) ассоциировался со сниженным риском развития ММ. Анализ частот генотипов показал, что SNP rs2551715 GSR был связан со сниженным риском ММ (OR=0,82, 95% CI=0,69-0,98; р=0,028). Биоинформатический анализ выявил, что транскрипционные факторы, связывающиеся с аллелем Т, участвуют в регуляции сигнального пути гладкомышечных клеток, ответ на фактор роста, регуляции дифференцировки клеток и пролиферации клеточной популяции. Таким образом, впервые установлена ассоциация rs2551715 GSR с предрасположенностью к развитию ММ.

Миодистрофия Ландузи-Дежерина (МЛД) - распространённое наследственное заболевание, вызываемое эктопической экспрессией гена DUX4 в мышечных клетках. Метод подавления экспрессии генов при помощи siРНК зарекомендовал себя как эффективный и безопасный способ генной терапии без вмешательства непосредственно в геном. В данной работе мы продемонстрировали возможность трансфекции миобластов человека целевыми siРНК без ущерба жизнеспособности и дальнейшей дифференцировке этих клеток в миотубы. Также мы показали различия в профиле экспрессии генов-мишеней DUX4 между миобластами, полученными от здоровых людей и от пациентов с МЛД. В дальнейшем эти данные могут помочь при разработке эффективных и специфичных siРНК для терапии МЛД.