Психические расстройства являются одним из важнейших вызовов для современной медицины. Несмотря на то, что психические заболевания не вносят значительного вклада в смертность населения, они оказывают важное влияние на качество жизни пациентов, а также на общественное здоровье и экономику. Согласно данным статистических исследований около 40% населения России имеют симптомы психических расстройств, а 5% нуждаются в лечении.  По мере развития психиатрической геномики продолжают развиваться и модели прогнозирования риска заболеваний. Накопление и статистический анализ больших данных, включающих результаты глубокого фенотипирования, картирования траекторий развития,   генотипирования большого количества индивидуумов будут способствовать пониманию факторов, которые, в конечном счете, играют важную роль в определении психического здоровья. Полигенные и полиэпигенетические показатели сами по себе, как и любой другой маркер, обладают ограниченной способностью прогнозировать состояние, для которого они были сгенерированы. Следует однако отметить, что оптимальный отбор генетических вариантов и других геномных маркеров, а также агрегирование связанных с ними весовых коэффициентов являются активными областями исследований. Постоянное совершенствование технологии (увеличение размера выборки GWAS и включение различных родословных, более высокое разрешение генотипирования и т.д.) влечет за собой постоянный пересмотр руководящих принципов для их расчета и интерпретации. Из-за недавнего появления нескольких методов, обсуждаемых в этом обзоре, доказательств их клинической полезности по-прежнему недостаточно, но поскольку технологии, лежащие в основе подходов функциональной геномики, продолжают совершенствоваться, необходимы дальнейшие исследования, посвященные оценке клинической полезности в психиатрии. Можно предположить, что некоторые из описанных здесь методов будут заменены более новыми подходами. Однако основная идея заключается в том, чтобы искать функциональные аспекты, а не руководствоваться исключительно подходами, основанными на данных.

Синдром гетеротаксии, как правило, сопровождается врожденными пороками сердца, которые преимущественно определяют тяжесть состояния пациента и высокую летальность, доходящую до 80% на первом году жизни. В ряде случаев гетеротаксия обусловлена хромосомной и генной патологией, которая активно изучается последние десятки лет. По данным литературы, встречаемость патогенных вариаций числа копий (pCNVs) при этой аномалии оценивается в 15-20%, а моногенных вариантов – 10-20%. Целью данного исследования является анализ работ последних 10 лет, где представлены результаты генетических исследований пациентов с нарушениями латеральности, и суммирование найденных находок для выявления наиболее перспективных методов диагностики. Был проведен электронный поиск по базам данных PubMed и E-library работ, где применялись кариотипирование, определение CNV и секвенирование экзома. Суммарно из 1357 пациентов с гетеротаксией, обследованных различными методами в обозреваемых работах, предполагаемая генетическая причина определена у 278 человек, что составило 20,5%. Кариотипирование 56 пациентов не выявило случаев анеуплоидии. Поиск pCNV проводился у 154 человек, преимущественно методом хромосомного микроматричного анализа (ХМА), что привело к выявлению анеуплоидий у 4,5% обследованных и микроструктурных патологических перестроек у 6,5%. Секвенирование экзома применялось у 1147 пациентов с гетеротаксией, и в 22,8% случаев были определены патогенные или вероятно патогенные генетические варианты. Более предпочтительным методом диагностики является ХМА, в связи с более тяжелой клиникой гетеротаксического синдрома, сочетающегося с микроструктурными хромосомными повреждениями, и возможностью его применения на пренатальном этапе. Секвенирование экзома рекомендовано в качестве второго этапа для заключения о риске повторения гетеротаксии при дальнейшем деторождении.

Использование генетических полиморфизмов при определении патогенеза заболевания повышает эффективность ранней диагностики и профилактики тяжелой формы коронавирусной инфекции. COVID-19 и его осложнения пневмонией являются потенциальным фактором риска для беременных и могут иметь негативные последствия как для матери, так и для плода. В настоящее время особое внимание уделяется изучению роли генетических факторов в возникновении вспышки коронавируса. Цель исследования: определить роль полиморфизма I/D Alu-элемента гена  ACE  в патогенезе COVID-19. По результатам молекулярно-генетического обследования и статистического анализа частоты аллелей и генотипов полиморфизма I/D гена ACE  у беременных, инфицированных коронавирусом, не имели достоверных отличий от таковых в контрольной группе (р=0,05) и, таким образом, этот полиморфизм не ассоциирован с развитием COVID-19 и его осложнений.

Введение.  Метод секвенирования по Сэнгеру в последние годы активно используется для валидации выявленных методом высокопроизводительного параллельного секвенирования (NGS) вариантов. Использование метода Сэнгера необходимо, когда выявленный вариант локализуется в гене, имеющем некоторое количество псевдогенов. Наличие псевдогенов осложняет поиск патогенных вариантов в белок-кодирующих участках. Ген PMS2, ассоциированный с синдромом Линча, имеет большое число псевдогенов  PMS2P1-PMS2P14 и  PMS2CL, поэтому для верификации выявленных патогенных вариантов требуются дополнительные методические подходы.

Цель:  отработать протокол валидации выявленных патогенных вариантов в гене PMS2 с учетом большого количества псевдогенов, имеющих высокий процент гомологии с участками, на которых расположены валидируемые варианты.

Методы. В статье представлены два случая с выявленными патогенными герминальными вариантами гена PMS2: chr7:5982823C>T (rs267608172) и chr7:6003716del (hg38).

Результаты. Для валидации варианта chr7:5982823C>T (экзон 12 гена  PMS2), выявленного методом полногеномного секвенирования, разработана схема с использованием ПЦР с вложенными праймерами. В первом раунде проведена амплификация длинного фрагмента, содержащего 9-12 экзоны, во втором раунде – амплификация целевого фрагмента, пригодного для секвенирования методом Сэнгера. Для валидации варианта chr7:6003716del (экзон 4 гена  PMS2) праймеры подобраны так, чтобы различия нуклеотидной последовательности гена и псевдогена располагались на 3’-конце прямого праймера. В результате для дальнейшего секвенирования методом Сэнгера используется целевой фрагмент без примеси псевдогена.  Таким образом, чтобы избежать ошибок при анализе  PMS2  методом секвенирования по Сэнгеру необходимо использовать специфические методические подходы, чтобы высокогомологичные последовательности псевдогенов не мешали прочтению последовательности функционального гена.

Y-aутосомные транслокации – редкие структурные аномалии хромосом, которые оказывают различное влияние на развитие половой системы, гаметогенез и фертильность. В статье представлены результаты генетического и сперматологического обследования группы из 14 мужчин с Y-аутосомными транслокациями. Выполняли цитогенетическое, молекулярно-цитогенетическое (FISH), молекулярно-генетическое и комплексное сперматологическое (стандартный спермиологический анализ и количественный кариологический анализ незрелых половых клеток из осадка эякулята – ККА НПК) исследования. У всех пациентов выявлены немозаичные Y-аутосомные перестройки: 10 сбалансированных транслокаций (с аутосомами 1; 8; 13-16; 20; 21) и 4 несбалансированные перестройки (с аутосомами 5, 13, 22). Пациенты являлись фенотипически нормальными мужчинами, без аномалий формирования пола, пороков развития, нарушения роста, физического развития, умственной отсталости. По результатам молекулярного анализа Y-хромосомы ген SRY  выявлен у13 пациентов, патогенные микроделеции в локусе Yq11.2 (AZFa+b+c, AZFb+c) обнаружены у двух пациентов. У одного пациента молекулярный анализ не проводился. По данным сперматологического анализа у 11 пациентов обнаружена азооспермия, у одного – олигозооспермия тяжелой степени, у одного – олигоастенозооспермия, у одного – нормозооспермия. Признаки полного или частичного блока сперматогенеза в профазе I мейоза выявлены у 3 из 7 пациентов, которым выполнен ККА ПНК.

Сочетание инвертированной дупликации с терминальной делецией 8р (invdupdel(8p)) – редкая хромосомная перестройка, проявляющаяся задержкой нейропсихического развития, умственной отсталостью, пороками сердца и аномалиями мозга. Известно, что полиморфная парацентрическая инверсия в структуре хромосомы 8 матери может привести к перестройке invdupdel(8р) у ее ребенка. Нами создана система зондов для поиска FISH-методом скрытой инверсии в хромосоме 8 матери пациента с задержкой развития, гипотонией, черепно-лицевыми аномалиями и кольцевой хромосомой 8, обусловленной invdupdel(8р). Инверсия в структуре хромосомы 8 у женщины выявлена, что указывает на необходимость проведения пренатальной диагностики при наступлении беременности.