Разработка шкал полигенного риска и их применение для дифференциальной диагностики липидных нарушений

Введение. Разработка шкал генетического риска (ШГР) позволяет оценить вклад полигенного риска в фенотип, в том числе в уровни липидов крови. Однако, оценка применимости ШГР для российской популяции проводилась редко.

Цель: оценить применимость существующих ШГР и разработать собственные ШГР для уровней липидов крови для российской популяции; изучить возможность использования ШГР для дифференциальной диагностики.

Методы. В работе использовались популяционные выборки из Ивановской (n=1673) и Вологодской (n=817) областей из исследования ЭССЕ-РФ, выборка пациентов с клиническим диагнозом семейная гиперхолестеринемия (СГ) (n=353) и выраженной гипертриглицеридемией (ГТГ) (n=148).

Результаты. Показано, что разработка собственных ШГР повышает значения коэффициента детерминации на 2-4% в зависимости от исследуемого фенотипа. Такие ШГР могут применяться для дифференциальной диагностики пациентов с СГ и ГТГ в популяции.

Заключение. ШГР для уровней липидов применимы для жителей европейской части России и могут использоваться для дифференциальной диагностики.

1. Zaicenoka M., Ershova A.I., Kiseleva A.V. et al. Blood Lipid Polygenic Risk Score Development and Application for Atherosclerosis Ultrasound Parameters. Biomedicines. 2024;12(12):2798.

2. Willer C.J., Schmidt E.M., Sengupta S. et al. Discovery and refinement of loci associated with lipid levels. Nat. Genet. 2013;45(11):1274–1283.

3. Xu Y., Ritchie S.C., Liang Y. et al. An atlas of genetic scores to predict multi-omic traits. Nature. 2023;616(7955):123-131.

4. Choi S.W., O’Reilly P.F. PRSice-2: Polygenic Risk Score software for biobank-scale data. Gigascience. 2019;8(7):giz082.

5. Privé F., Arbel J., Vilhjálmsson B.J. LDpred2: Better, faster, stronger. Bioinformatics. 2021;36(22-23): 5424-5431.