Нарушения экспрессии длинных некодирующих РНК в новообразованиях щитовидной железы

Актуальность. Длинные некодирующие РНК (днРНК) при раке щитовидной железы плохо изучены; не известны днРНК, общие и специфичные для фолликулярного и классического вариантов папиллярного рака, не установлены днРНК, аберрантно экспрессированные при других основных субтипах злокачественных новообразований щитовидной железы, а также при доброкачественных новообразованиях. Цель исследования - определить днРНК, аберрантно экспрессированные при фолликулярной аденоме (ФА), фолликулярном раке (ФРЩЖ), фолликулярном и классическом вариантах папиллярного рака (ПРЩЖ), анапластическом раке (АРЩЖ) щитовидной железы. Методы. Проанализирована экспрессия днРНК по данным исследований на микрочипах (8 независимых экспериментов, доступных в GEO) и секвенирования РНК (PRJEB11591 и TCGA-THCA). Исследованы 246 образцов нормальной ткани щитовидной железы, 26 - ФА, 30 - ФРЩЖ, 181 - фолликулярного варианта ПРЩЖ, 481 - классического варианта ПРЩЖ и 49 - АРЩЖ. Для классического и фолликулярного вариантов ПРЩЖ выполнена валидация дифференциальной экспрессии in silico. Потенциальные биологические функции были оценены в результате анализа обогащения коэкспрессированных генов. Результаты. Определены днРНК, дифференциально экспрессированные при ФА, ФРЩЖ, фолликулярном и классическом вариантах ПРЩЖ и АРЩЖ. Выявлены 8 днРНК, экспрессия которых изменена во всех субтипах новообразований щитовидной железы, 22 - общих для ПРЩЖ, 32 - специфичных для классического варианта ПРЩЖ, 1 - специфичная для фолликулярного варианта ПРЩЖ, и 177 - специфичных для АРЩЖ. Статистически значимо дифференциально экспрессированных днРНК в ФРЩ по сравнению с ФА не выявлено. Ранее известные онкогенные и супрессорные днРНК NR2F1-AS1, LINC00511, SLC26A4-AS1, CRNDE, RMST впервые обнаружены в новообразованиях щитовидной железы. Выявленные днРНК предположительно вовлечены в клеточную адгезию, организацию экстрацеллюлярного матрикса, образование эндодермы, регуляцию клеточного цикла и митоза, полярности клеток, сигнальные пути VEGF и WNT. Выводы. Установлены общие и специфичные паттерны экспрессии днРНК в доброкачественных и злокачественных новообразованиях щитовидной железы.

длинные некодирующие РНК, SLC26A4-AS1, TNRC6C-AS1, CRNDE, RMST, рак щитовидной железы, long non-coding RNA, SLC26A4-AS1, TNRC6C-AS1, CRNDE, RMST, follicular thyroid carcinomas, follicular adenoma, papillary thyroid carcinoma, anaplastic thyroid cancer