Спектр структурных вариаций генома у больных с ишемической болезнью сердца
https://doi.org/10.25557/2073-7998.2018.03.30-33
Аннотация
Предполагается, что вариации числа копий участков ДНК (copy number variation, CNV) могут вносить вклад в формирование генетической структуры многофакторных заболеваний, тем самым объясняя определенную долю их наследуемости. Вместе с тем, поиск CNV у больных с ишемической болезнью сердца (ИБС) с использованием матричной сравнительной геномной гибридизации (array comparative genome hybridization, aCGH) ранее не проводился. Цель исследования заключалась в оценке спектра и характеристике CNV у больных с ИБС с использованием технологии aCGH. Скрининг CNV выполнен с применением высокоразрешающих микрочипов SurePrint G3 Human CGH+SNP 2x400 K (Agilent Technologies). Тестируемые образцы ДНК получены из лейкоцитов периферической крови мужчин с ИБС (n = 10). В качестве референсной использовалась ДНК мужчины европейского происхождения (Agilent Euro Male, Agilent Technologies). Всего в лейкоцитах идентифицировано 90 CNV, среди них - 72 (80%) содержат гены, белковые продукты которых участвуют в иммуновоспалительном ответе, обеспечивают функционирование обонятельных рецепторов, а также ферментов метаболизма. Гены, картированные в области CNV в хромосомных субсегментах 1p22.2 ( GBP3 ), 1p21.1 ( AMY2B ) и 22q11.23 ( GSTT1, LOC391322 ), ранее были связаны с атеросклерозом и его факторами риска.
Об авторах
А. А. Слепцов
Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
М. С. Назаренко
Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний; Сибирский государственный медицинский университет
Россия
Россия
Н. А. Скрябин
Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
А. Н. Казанцев
Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний
Россия
Россия
О. Л. Барбараш
Научно-исследовательский институт комплексных проблем сердечно-сосудистых заболеваний
Россия
Россия
В. П. Пузырев
Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Сибирский государственный медицинский университет
Россия
Россия
Список литературы
1. Bjоrkegren JLM, Kovacic JC, Dudley JT, Schadt EE. Genome-Wide Significant Loci: How Important Are They? J Am Coll Cardiol. 2015;65(8):830-845. doi:10.1016/j.jacc.2014.12.033.
2. Eichler EE, Flint J, Gibson G, et al. Missing heritability and strategies for finding the underlying causes of complex disease. Nat Rev Genet. 2010;11(6):446-450. doi:10.1038/nrg2809.
3. Pollex RL, Hegele RA. Copy Number Variation in the Human Genome and Its Implications for Cardiovascular Disease. Circulation. 2007;115(24):3130-3138. doi:10.1161/CIRCULATIONAHA.106.677591.
4. Manolio TA, Collins FS, Cox NJ, et al. Finding the missing heritability of complex diseases. Nature. 2009;461(7265):747-753. doi:10.1038/nature08494.
5. Shia W-C, Ku T-H, Tsao Y-M, et al. Genetic copy number variants in myocardial infarction patients with hyperlipidemia. BMC Genomics. 2011;12(Suppl 3):S23. doi:10.1186/1471-2164-12-S3-S23.
6. Costelloe SJ, El-Sayed Moustafa JS, Drenos F, et al. Gene-targeted analysis of copy number variants identifies 3 novel associations with coronary heart disease traits. Circ Cardiovasc Genet. 2012;5(5):555-560. doi:10.1161/CIRCGENETICS.111.961037.
7. Kathiresan S., Voight B.F. et al., Myocardial Infarction Genetics Consortium, Genome-wide association of early-onset myocardial infarction with single nucleotide polymorphisms and copy number variants // Nat. Genet. 2009. V. 41. № 3. P. 334-341. doi: 10.1038/ng.327.
8. R Development Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Found Stat Comput Vienna Austria. 2016;0:{ISBN} 3-900051-07-0. doi:10.1038/sj.hdy.6800737.
9. Olshen AB, Venkatraman ES, Lucito R, Wigler M. Circular binary segmentation for the analysis of array-based DNA copy number data. Biostatistics. 2004;5(4):557-572. doi:10.1093/biostatistics/kxh008.
10. Wang J, Duncan D, Shi Z, Zhang B. WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit (WebGestalt): update 2013. Nucleic Acids Res. 2013;41(Web Server issue):W77-83. doi:10.1093/nar/gkt439.
11. Ionita-Laza I, Rogers AJ, Lange C, Raby BA, Lee C. Genetic association analysis of copy-number variation (CNV) in human disease pathogenesis. Genomics. 2009;93(1):22-26. doi:10.1016/j.ygeno.2008.08.012.
12. Girirajan S, Campbell CD, Eichler EE. Human Copy Number Variation and Complex Genetic Disease. Annu Rev Genet. 2011;45(1):203-226. doi:10.1146/annurev-genet-102209-163544.
13. Han BH. Interferon-gamma and lipopolysaccharide induce mouse guanylate-binding protein 3 (mGBP3) expression in the murine macrophage cell line RAW264.7. Arch Pharm Res. 1999;22(2):130-136. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10230502.
14. Goo YH, Son SH, Yechoor VK, Paul A. Transcriptional profiling of foam cells reveals induction of guanylate-binding proteins following western diet acceleration of atherosclerosis in the absence of global changes in inflammation. J Am Heart Assoc. 2016;5(4). doi:10.1161/JAHA.115.002663.
15. Eslami S, Sahebkar A. Glutathione-S-transferase M1 and T1 null genotypes are associated with hypertension risk: A systematic review and meta-analysis of 12 studies. Curr Hypertens Rep. 2014;16(6). doi:10.1007/s11906-014-0432-1.
16. Song Y, Shan Z, Luo C, et al. Glutathione S-Transferase T1 (GSTT1) Null Polymorphism, Smoking, and Their Interaction in Coronary Heart Disease: A Comprehensive Meta-Analysis. Hear Lung Circ. 2017;26(4):362-370. doi:10.1016/j.hlc.2016.07.005.
17. Schmeisser A, Marquetant R, Illmer T, et al. The expression of macrophage migration inhibitory factor 1alpha (MIF 1alpha) in human atherosclerotic plaques is induced by different proatherogenic stimuli and associated with plaque instability. Atherosclerosis. 2005;178(1):83-94. doi:10.1016/j.atherosclerosis.2004.08.038.
18. Prencipe G, Auriti C, Inglese R, Gallusi G, Dotta A, De Benedetti F. The macrophage migration inhibitory factor -173G/C polymorphism is not significantly associated with necrotizing enterocolitis in preterm infants. J Pediatr Surg. 2013;48(7):1499-1502. doi:10.1016/j.jpedsurg.2013.01.004.
19. Li Y-S, Chen W, Liu S, Zhang Y-Y, Li X-H. Serum macrophage migration inhibitory factor levels are associated with infarct volumes and long-term outcomes in patients with acute ischemic stroke. Int J Neurosci. 2017;127(6):539-546. doi:10.1080/00207454.2016.1211648.
20. Bailey JNC, Lu L, Chou JW, et al. The Role of Copy Number Variation in African Americans with Type 2 Diabetes-Associated End Stage Renal Disease. J Mol Genet Med. 2013;7(2013):61. doi:10.4172/1747-0862.1000061.
21. Nakajima K. Low serum amylase and obesity, diabetes and metabolic syndrome: A novel interpretation. World J Diabetes. 2016;7(6):112. doi:10.4239/wjd.v7.i6.112.
Рецензия
Для цитирования:
Слепцов А.А., Назаренко М.С., Скрябин Н.А., Казанцев А.Н., Барбараш О.Л., Пузырев В.П. Спектр структурных вариаций генома у больных с ишемической болезнью сердца. Медицинская генетика. 2018;17(3):30-33. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2018.03.30-33
For citation:
Sleptsov A.A., Nazarenko M.S., Skryabin N.A., Kazantsev A.N., Barbarash O.L., Puzyrev V.P. Spectrum of structural variations in patients with coronary heart disease. Medical Genetics. 2018;17(3):30-33. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2018.03.30-33
Просмотров: 394
Послать статью по эл. почте 