Разработка технологии диагностики наследственных генетических вариантов, определяющих чувствительность к варфарину, методом однонуклеотидного удлинения праймеров
Аннотация
Варфарин назначается большому количеству пациентов при различных заболеваниях, однако существуют 20-кратные межиндивидуальные различия требуемой дозировки; превышение же необходимой дозы чревато осложнениями в виде кровотечений различной локализации, вплоть до развития жизнеугрожающих состояний. Известны генетические факторы, оказывающие существенное влияние на метаболизм варфарина в организме. Цель настоящего исследования заключалась в разработке набора олигонуклеотидов и методики генотипирования генетических полиморфизмов, влияющих на эффективность действия варфарина. Разработанная мультиплексная панель включает 6 полиморфных вариантов в генах биотрансформации, сочетания генотипов которых определяют подбор правильной дозы варфарина: CYP2C9 (rs1799853, rs1057910), VKORC1 (rs9923231, rs8050894), CYP4F2 (rs2108622) и GGCX (rs11676382). Для разработки набора проб были проанализированы тип генотипируемых замен, и характеристики ДНК в регионе данных SNP; возможность мультиплексирования проверяли на основании результатов реакции с набором Primer Focus Kit. Проведено мультиплексное генотипирование контрольных образцов ДНК с известными генотипами. Генотипы, определенные методом SNaPshot-анализа соответствовали полученным стандартными методами. Таким образом, разработана и верифицирована панель проб для мультиплексного генотипирования шести SNP, связанных с индивидуальной чувствительностью к варфарину. Использование в клинической практике результатов данного анализа позволит повысить эффективность антикоагулянтной терапии и снизить частоту проявления побочных эффектов.
Об авторах
Н. П. Бабушкина
«Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук» Научно-исследовательский институт медицинской генетики
Россия
Россия
И. А. Гончарова
«Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук» Научно-исследовательский институт медицинской генетики
Россия
Россия
М. В. Голубенко
«Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук» Научно-исследовательский институт медицинской генетики
Россия
Россия
Список литературы
1. Anderson JL, Horne BD, Stevens SM et al. Randomized Trial of Genotype-Guided Versus Standard Warfarin Dosing in Patients Initiating Oral Anticoagulation. Circulation. 2007. V. 116. P.2563-2570.
2. The International Warfarin Pharmacogenetics Consortium*Estimation of the Warfarin Dose with Clinical and Pharmacogenetic Data. N Engl J Med 2009. V. 60. P.753-64.
3. Roth JA, Bradley K, Thummel KE et al. Alcohol misuse, genetics, and major bleeding among warfarin therapy patients in a community setting. Pharmacoepidemiology and drug safety. 2015. V.24. P. 619-627. DOI: 10.1002/pds.3769
4. King CR, Deych E, Milligan P et al. Gamma-glutamyl carboxylase and its influence on warfarin dose. Thromb Haemost. 2010. V.104(4). P. 750-754. doi:10.1160/TH09-11-0763.
5. Kamali X, Wulasihan M, Yang Y-C et al. Association of GGCX gene polymorphism with warfarin dose in atrial fibrillation population in Xinjiang. Lipids in Health and Disease. 2013. V. 12. P. 149-153. http://www.lipidworld.com/content/12/1/149
6. Kumar DK, Shewade DG, Loriot M-A et al. Effect of CYP2C9, VKORC1 , CYP4F2 and GGCX genetic variants on warfarin maintenance dose and explicating a new pharmacogenetic algorithm in South Indian population. Eur J Clin Pharmacol. 2014. V.70. P. 47-56. DOI 10.1007/s00228-013-1581-x
7. Li S, Zou Y, Wang X et al. Warfarin Dosage Response Related Pharmacogenetics in Chinese Population. PLoS ONE. 2015. V.10(1). e0116463. doi:10.1371/journal.
8. Rozen S., and Skaletsky H.J. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000. P. 365-386.
9. Lu G, Moriyama EN. Vector NTI, a balanced all-in-one sequence analysis suite. Brief Bioinform. 2004;5(4):378-388.
10. Takeuchi F, McGinnis R, Bourgeois S, Barnes C, Eriksson N, et al. A Genome-Wide Association Study Confirms VKORC1, CYP2C9, and CYP4F2 as Principal Genetic Determinants of Warfarin Dose. PLoS Genet. 2009. V. 5(3): e1000433. doi:10.1371/journal.pgen.1000433
11. Cen H-J, Zeng W-T, Leng X-Y et al. CYP4F2 rs2108622: a minor significant genetic factor of warfarin dose in Han Chinese patients with mechanical heart valve replacement. Br J Clin Pharmacol. V. 70 (2). P. 234-240. DOI:10.1111/j.1365-2125.2010.03698.x
12. Ferder NS, Eby CS, Deych E et al. Ability of VKORC1 and CYP2C9 to predict therapeutic warfarin dose during the initial weeks of therapy. J Thromb Haemost. 2010. V. 8. P. 95-100. DOI: 10.1111/j.1538-7836.2009.03677.x
13. Moreau C, Bajolle F, Siguret V et al. Vitamin K antagonists in children with heart disease: height and VKORC1 genotype are the main determinants of the warfarin dose requirement. Blood. 2012. V.119 (3). DOI 10.1182/blood-2011-07-365502.
14. Tian L, Zhang J, Xiao S et al. Impact of polymorphisms of the GGCX gene on maintenancewarfarin dose in Chinese populations: Systematic review and meta-analysis. Meta Gene. 2015. V. 5. P.43-5. http://dx.doi.org/10.1016/j.mgene.2015.05.003
15. Sun X 2, Yu W?Y, Ma W?L et al. Impact of the CYP4F2 gene polymorphisms on the warfarin maintenance dose: A systematic review and meta-analysis. Biomedical Reports. 2016. V. 4. P.498-506. DOI: 10.3892/br.2016.599
Рецензия
Для цитирования:
Бабушкина Н.П., Гончарова И.А., Голубенко М.В. Разработка технологии диагностики наследственных генетических вариантов, определяющих чувствительность к варфарину, методом однонуклеотидного удлинения праймеров. Медицинская генетика. 2017;16(11):27-31.
For citation:
Babushkina N.P., Goncharova I.A., Golubenko M.V. The developing of technology for diagnostics of genetic variants, that determine the sensitivity to warfarin, using the single nucleotide primer extension method. Medical Genetics. 2017;16(11):27-31. (In Russ.)
Просмотров: 463
Послать статью по эл. почте 