Разработка методики определения делеции экзона 7 в гене SMN1 с определением количества копий генов SMN1 и SMN2 методом цифровой полимеразной цепной реакции.

Патогенные варианты в гене SMN1 приводят к аутосомно-рецессивной спинальной мышечной атрофии (СМА), включенной в перечень расширенного неонатального скрининга. Диагностика СМА проводится, главным образом, методом ПЦР в режиме реального времени, обладающим рядом ограничений. Цель исследования заключалась в разработке подхода, повышающего точность диагностики патологии за счет применения цифровой ПЦР. В результате разработана методика, позволяющая оценивать делецию экзона 7 гена SMN1 с одновременным подсчетом дозы генов SMN1, SMN2 и RPP30 в качестве референса, используя всего 2 флюоресцентных канала. Материалом послужили обезличенные образцы ДНК новорожденных, полученные из сухих пятен крови по стандартным протоколам, используемым для проведения расширенного неонатального скрининга. В результате исследования разработаны специфичные праймеры, дизайн постановки цифровой ПЦР и методика анализа результатов, в том числе сравнительный анализ с общепризнанным «золотым стандартом» MLPA. Установлено, что предложенная методика, позволяет оценить делецию экзона 7 гена SMN1, а также дозу генов SMN1 и SMN2 с высокой точностью в одной реакции цифровой ПЦР. Данная разработка потенциально может быть использована для диагностики СМА при возникновении спорных случаев в ходе неонатального скрининга.

1. Prior T.W., Nagan N. Spinal Muscular Atrophy: Overview of Molecular Diagnostic Approaches. Curr Protoc Hum Genet. 2016;88:9.27.1-9.27.13. doi: 10.1002/0471142905.hg0927s88