Мультиплексное генотипирование SNP-маркеров наследственной тромбофилии методом SNaPshot
Аннотация
Актуальность. Тестирование наследственной предрасположенности к тромбозам является одной из актуальных задач медико-генетического консультирования. Информация о повышенном риске нарушений свертываемости крови является важной для предупреждения осложнений беременности, тромбоза, тромбоэмболии и других жизнеугрожающих состояний. Цель. Разработать панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования методом SNaPshot основных SNP, связанных с наследственной тромбофилией. Материалы и методы. В список генотипируемых полиморфизмов вошли rs6025, rs6027, rs1800595 ( F5 ); rs1799963 ( F2 ); rs5918 ( ITGB3 ). Для разработки проб и ПЦР-праймеров использовали программы Vector NTI и Primer3. Результаты. После подбора последовательности проб для генотипирования различной длины была проведена пробная реакция с набором Primer Focus kit, подтвердившая возможность мультиплексирования данных полиморфизмов. Осуществлено генотипирование контрольных образцов ДНК с известными генотипами. Определенные методом SNaPshot генотипы во всех случаях соответствовали генотипам, полученным другими методами. Выводы. Разработана и верифицирована панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования пяти полиморфизмов в генах факторов свертывания крови II, V и тромбоцитарного рецептора фибриногена (rs1799963, rs6025, rs6027, rs1800595, rs5918). Разработанная методика позволяет ускорить и автоматизировать процесс генотипирования.
Об авторах
М. В. Голубенко
Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
Н. П. Бабушкина
Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
И. А. Гончарова
Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук
Россия
Россия
Список литературы
1. Phillippe HM, Hornsby LB, Treadway S, et al. Inherited Thrombophilia. Journal of Pharmacy Practice. 2014;27(3):227-233.
2. Yilmaz S, Gunaydin S. Inherited risk factors in low-risk venous thromboembolism in patients under 45 years. Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery. 2015;20:21-23.
3. Moussaoui S, Saussoy P, Ambroise J, et al. Genetic Risk Factors of Venous Thromboembolism in the East Algerian Population. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2015; DOI: 10.1177/1076029615600789
4. Ahmad F, Kannan M, Vinita Yadav V, et al. Impact of Thrombogenic Mutations on Clinical Phenotypes of von Willebrand Disease. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2010; 16(3):281-287.
5. Rozen S., and Skaletsky H.J. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000. P. 365-386.
6. Lu G, Moriyama EN. Vector NTI, a balanced all-in-one sequence analysis suite. Brief Bioinform. 2004;5(4):378-388.
Рецензия
Для цитирования:
Голубенко М.В., Бабушкина Н.П., Гончарова И.А. Мультиплексное генотипирование SNP-маркеров наследственной тромбофилии методом SNaPshot. Медицинская генетика. 2016;15(11):46-48.
For citation:
Golubenko M.V., Babushkina N.P., Goncharova I.A. Multiplex genotyping of hereditary thrombophilia SNPs by SNaPshot technique. Medical Genetics. 2016;15(11):46-48. (In Russ.)
Просмотров:
848
Послать статью по эл. почте 