Preview

Медицинская генетика

Расширенный поиск

Разработка таргетной панели для молекулярно-генетической диагностики рака щитовидной железы

https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-9-44-48

Полный текст:

Аннотация

Рак щитовидной железы (РЩЖ) является самым распространенным злокачественным заболеванием эндокринной системы. Ключевой метод диагностики РЩЖ - цитологическое исследование клеток щитовидной железы, получаемых в результате тонкоигольной аспирационной биопсии (ТАБ). В 20-30% случаев ТАБ выявляет атипию неопределенного значения, что не позволяет клиницисту определить тактику ведения пациента: оперировать или лечить консервативно. В рамках научных исследований в большинстве случаев РЩЖ удается выявить драйверные мутации или иные генетические маркеры. Их определение может повысить точность диагностики РЩЖ. Цель данной работы - разработка метода молекулярно-генетической диагностики РЩЖ с применением высокопроизводительного параллельного секвенирования. Был проведен анализ литературы, базы данных (БД) COSMIC, а также результатов исследования проекта The Cancer Genome Atlas, в ходе которого было отобрано 456 точковых соматических мутаций в 25 генах, 23 генные транслокации, а также 3 мутации типа изменения числа копий гена (copy number variations, CNV), характерные для РЩЖ. Для детекции точковых мутаций, коротких инсерций/делеций и CNV в инструменте AmpliSeq Designer был создан дизайн панели, содержащий 221 пару праймеров (в 2 пулах), покрывающий 99,59% выбранных таргетных регионов. В дизайн также были включены регионы гена RET , несущие герминативные мутации для детекции наследственного медуллярного РЩЖ. С помощью инструмента RNA Gene Fusion designs был разработан дизайн панели для детекции 23 перестроек.

Об авторах

В. Д. Якушина
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Медико-генетический научный центр»
Россия


М. А. Зайцева
Компания Парсек Лаб
Россия


А. Е. Павлов
Компания Парсек Лаб
Россия


Л. В. Лернер
ООО «ПреМед» Научно-клинический центр ПреМед - Европейские технологии
Россия


А. В. Лавров
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Медико-генетический научный центр»; ГБОУ ВПО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Россия


Список литературы

1. Hsiao SJ, Nikiforov YE. Molecular approaches to thyroid cancer diagnosis. Endocr Relat Cancer. 2014;21(5):T301-T313. doi:10.1530/ERC-14-0166.

2. Bongiovanni M, Spitale A, Faquin WC, Mazzucchelli L, Baloch ZW. The Bethesda system for reporting thyroid cytopathology: A meta-analysis. Acta Cytol. 2012;56(4):333-339. doi:10.1159/000339959.

3. Forbes SA, Beare D, Gunasekaran P, et al. COSMIC: Exploring the world’s knowledge of somatic mutations in human cancer. Nucleic Acids Res. 2015;43(D1):D805-D811. doi:10.1093/nar/gku1075.

4. Cerami E, Gao J, Dogrusoz U, et al. The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data. Cancer Discov. 2012;2(5):401-404. doi:10.1158/2159-8290.CD-12-0095.

5. Gao J, Aksoy BA, Dogrusoz U, et al. Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal. Sci Signal. 2013;6(269):pl1-pl1. doi:10.1126/scisignal.2004088.

6. Cancer Genome Atlas Research Network N, Akbani R, Aksoy BA, et al. Integrated genomic characterization of papillary thyroid carcinoma. Cell. 2014;159(3):676-690. doi:10.1016/j.cell.2014.09.050.

7. Hall, R.D., & Kudchadkar, R.R. (2014). BRAF Mutations: Signaling, Epidemiology, and Clinical Experience in Multiple Malignancies. Cancer Control, 21(221). Retrieved from www.henrydomke.com.

8. Landa I, Ibrahimpasic T, Boucai L, et al. Genomic and transcriptomic hallmarks of poorly differentiated and anaplastic thyroid cancers. J Clin Invest. 2016;126(3):1052-1066. doi:10.1172/JCI85271.

9. Xing M, Pylayeva-Gupta Y, Grabocka E, et al. Clinical utility of RAS mutations in thyroid cancer: a blurred picture now emerging clearer. BMC Med. 2016;14(1):12. doi:10.1186/s12916-016-0559-9.

10. Lazzereschi D, Nardi F, Turco A, et al. A complex pattern of mutations and abnormal splicing of Smad4 is present in thyroid tumours. Oncogene. 2005;24(34):5344-5354. doi:10.1038/sj.onc.1208603.

11. D’Inzeo S, Nicolussi A, Donini CF, et al. A novel human Smad4 mutation is involved in papillary thyroid carcinoma progression. Endocr Relat Cancer. 2012;19(1):39-55. doi:10.1530/ERC-11-0233.

12. Figlioli G, Landi S, Romei C, Elisei R, Gemignani F. Medullary thyroid carcinoma (MTC) and RET proto-oncogene: Mutation spectrum in the familial cases and a meta-analysis of studies on the sporadic form. Mutat Res - Rev Mutat Res. 2013;752(1):36-44. doi:10.1016/j.mrrev.2012.09.002.

13. Karunamurthy A, Panebianco F, Hsiao S, et al. Prevalence and phenotypic characteristics of EIF1AX mutations in thyroid nodules. Endocr Relat Cancer. 2016;(February):ERC - 16-0043 -. doi:10.1530/ERC-16-0043.

14. Ciampi R, Knauf JA, Kerler R, et al. Oncogenic AKAP9-BRAF fusion is a novel mechanism of MAPK pathway activation in thyroid cancer. J Clin Invest. 2005;115(1):94-101. doi:10.1172/JCI200523237.

15. Marotta V, Guerra A, Sapio MR, Vitale M. RET/PTC rearrangement in benign and malignant thyroid diseases: a clinical standpoint. Eur J Endocrinol. 2011;165(4):499-507. doi:10.1530/eje-11-0499.

16. Eberhardt NL, Grebe SKG, McIver B, Reddi H V. The role of the PAX8/PPARgamma fusion oncogene in the pathogenesis of follicular thyroid cancer. Mol Cell Endocrinol. 2010;321(1):50-56. doi:10.1155/2008/672829.

17. Duan J, Zhang J-G, Deng H-W, Wang Y-P. Comparative Studies of Copy Number Variation Detection Methods for Next-Generation Sequencing Technologies. Salamin N, ed. PLoS ONE. 2013;8(3):e59128. doi:10.1371/journal.pone.0059128.


Для цитирования:


Якушина В.Д., Зайцева М.А., Павлов А.Е., Лернер Л.В., Лавров А.В. Разработка таргетной панели для молекулярно-генетической диагностики рака щитовидной железы. Медицинская генетика. 2016;15(9):44-48. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-9-44-48

For citation:


Yakushina V.D., Zaytseva M.A., Pavlov A.E., Lerner L.V., Lavrov A.V. Design of targeted gene panel for molecular diagnostics of thyroid cancer. Medical Genetics. 2016;15(9):44-48. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-9-44-48

Просмотров: 480


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-7998 (Print)