Preview

Медицинская генетика

Расширенный поиск

Анализ клинического экзома рака желудка

https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-6-25-30

Полный текст:

Аннотация

Идентификация соматических генетических изменений в опухолях несет потенциальную диагностическую и прогностическую информацию о драйверных мутациях и сведения, позволяющие более обоснованно выбрать схему химиотерапевтического лечения для пациентов. Секвенирование клинического экзома уже зарекомендовало себя как высокоэффективный метод поиска мутаций. Проведен анализ соматических опухолевых изменений в клиническом экзоме, включающем 4813 генов, у шести пациентов с раком желудка (РЖ). Двухконцевое секвенирование парных образцов опухоли и нормальной ткани выполнено на приборе Nextseq500 набором «TruSight One Sequencing Panel» (Illumina). Обнаружены 102 различные соматические мутации, все они являлись однонуклеотидными заменами, их них 30 - синонимичными заменами, 66 - несинонимичными и 6 - нонсенс-мутациями. Проанализировано 82 новых мутации, из них 10 мутаций локализованы в генах, участвующих в патогенезе РЖ. Соматическая мутация известной клинической значимости обнаружена у одного пациента, и предположительно драйверные мутации найдены у трех пациентов. Дальнейшие функциональные исследования с последующим длительным наблюдением за пациентами позволят установить значимость найденных мутаций.

Об авторах

Т. В. Кекеева
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


Л. Х. Хашимов
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


В. К. Лядов
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


А. В. Каныгина
ФГОУ ВПО «Московский физико-технический институт (государственный университет)»
Россия


Ю. Ю. Андреева
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


Л. Э. Завалишина
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


И. В. Поддубная
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


В. В. Стрельников
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр»
Россия


Д. В. Залетаев
ФГБНУ «Медико-генетический научный центр»; ГБОУ ВПО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России
Россия


Г. А. Франк
ГБОУ ДПО «Российская медицинская академия последипломного образования»
Россия


Список литературы

1. Bera R., Chiou C., Yu M. et al. Functional genomics identified a novel protein tyrosine phosphatase receptor type F-mediated growth inhibition in hepatocarcinogenesis // Hepatology. - 2014. - Vol. 59. - P. 2238-2250.

2. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma // Nature. - 2014. - Vol. 513. - P. 202-209.

3. Chen K., Yang D., Li X. et al. Mutational landscape of gastric adenocarcinoma in Chinese: implications for prognosis and therapy // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2015. - Vol. 112. - P. 1107-1112.

4. Chia N., Tan P. Molecular Classification of Gastric Cancer // Ann. Oncol. - 2016. - doi: 10.1093/annonc/mdw040.

5. Fiszer-Maliszewska L., Kazanowska B., Padzik J. et al. p53 Tetramerization domain mutations: germline R342X and R342P, and somatic R337G identified in pediatric patients with Li-Fraumeni syndrome and a child with adrenocortical carcinoma // Fam Cancer. - 2009. - Vol. 8. - P. 541-546.

6. Hanazono K., Natsugoe S., Stein H. et al. Distribution of p53 mutations in esophageal and gastric carcinomas and the relationship with p53 expression // Oncol Rep. - 2006. - Vol. 15. - P. 821-824.

7. Jiang Z., Zhang Z., Wang Z. et al. Association of the 463G-A myeloperoxidase gene polymorphism with gastric cancer risk // Hepatogastroenterology. - 2012. - Vol. 59. - P. 757-761.

8. Jinawath N., Furukawa Y., Hasegawa S. et al. Comparison of gene-expression profiles between diffuse- and intestinal-type gastric cancers using a genome-wide cDNA microarray // Oncogene. - 2004. - Vol. 23. - P. 6830-6844.

9. Jones S., Anagnostou V., Lytle K. et al. Personalized genomic analyses for cancer mutation discovery and interpretation // Sci. Transl. Med. - 2015. - Vol. 7. - P. 283ra53.

10. Krishnan V., Ebert P., Ting J. et al. Whole-genome sequencing of Asian lung cancers: second-hand smoke unlikely to be responsible for higher incidence of lung cancer among Asian never-smokers // Cancer Res. - 2014. - Vol. 74. - P. 6071-6081.

11. Lee E., Jin G., Lee S. TP53 Mutations in Korean Patients with Non-small Cell Lung Cancer // J. Korean Med. Sci. - 2010. - Vol. 25. - P. 698-705.

12. Li Q., Liu X., Gibbs R. et al. Gene-specific function prediction for non-synonymous mutations in monogenic diabetes genes // PLoS One. - 2014. - 9 (8). - e104452.

13. Liu J., McCleland M., Stawiski E. et al. Integrated exome and transcriptome sequencing reveals ZAK isoform usage in gastric cancer // Nat. Commun. - 2014. - Vol. 8. - P. 3830.

14. Liu Y., Chen L., Peng S. et al. Role of CD97 and CD55 as molecular markers for prognosis and therapy of gastric carcinoma patients // J. Zhejiang Univ. Sci. B. - 2005. - Vol. 6. - P. 913-918.

15. Parsons D., Roy A., Yang Y. et al. Diagnostic Yield of Clinical Tumor and Germline Whole-Exome Sequencing for Children With Solid Tumors // JAMA Oncol. - 2016. - doi: 10.1001/jamaoncol.2015.5699.

16. Vega A., Medranо C. , Navarrete R. et al. Molecular diagnosis of glycogen storage disease and disorders with overlapping clinical symptoms by massive parallel sequencing // Genetics in medicine. - 2016. - doi:10.1038/gim.2015.217.

17. Wang K., Kan J., Yuen S. et al. Exome sequencing identifies frequent mutation of ARID1A in molecular subtypes of gastric cancer // Nat. Genet. - 2011. - Vol. 43. - P. 1219-1223.

18. Wang Q., Jia P., Li F. et al. Detecting somatic point mutations in cancer genome sequencing data: a comparison of mutation callers // Genome Med. - 2013. - Vol. 5. - P. 91.

19. Wu Q., Li X., Yang H. et al. Extracellular matrix protein 1 is correlated to carcinogenesis and lymphatic metastasis of human gastric cancer // World J. Surg. Oncol. - 2014. - Vol. 12. - P. 132.

20. Wu R., Wang T. and Shih I. The emerging roles of ARID1A in tumor suppression // Cancer Biol. Ther. - 2014. - Vol. 15. - P. 655-664.

21. Yoo T., Ryu B., Lee M., Chi S. CD81 is a candidate tumor suppressor gene in human gastric cancer // Cell Oncol (Dordr). - 2013. - Vol. 36. - P. 141-153.

22. Yu J., Wu W., Li X. et al. Novel recurrently mutated genes and a prognostic mutation signature in colorectal cancer // Gut. - 2015. - Vol. 64. - P. 636-645.

23. Zang Z., Cutcutache I., Poon S. et al. Exome sequencing of gastric adenocarcinoma identifies recurrent somatic mutations in cell adhesion and chromatin remodeling genes // Nat. Genet. - 2012. - Vol. 44. - P. 570-574.

24. Zhou X., Xu G., Yin C. et al. Down-regulation of miR-203 induced by Helicobacter pylori infection promotes the proliferation and invasion of gastric cancer by targeting CASK // Oncotarget. - 2014. - Vol. 5. - P. 11631-11640.


Для цитирования:


Кекеева Т.В., Хашимов Л.Х., Лядов В.К., Каныгина А.В., Андреева Ю.Ю., Завалишина Л.Э., Поддубная И.В., Стрельников В.В., Залетаев Д.В., Франк Г.А. Анализ клинического экзома рака желудка. Медицинская генетика. 2016;15(6):25-30. https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-6-25-30

For citation:


Kekeeva T.V., Khashimov L.K., Lyadov V.K., Kanygina A.V., Andreeva Y.Y., Zavalishina L.E., Poddubnaya I.V., Strelnikov V.V., Zaletaev D.V., Frank G.A. Clinical exome sequencing of gastric cancer. Medical Genetics. 2016;15(6):25-30. (In Russ.) https://doi.org/10.1234/XXXX-XXXX-2016-6-25-30

Просмотров: 212


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-7998 (Print)