Белок-вариант-фенотипическое исследование NBAS в контексте белков нонсенс-опосредованного распада РНК инструментом AlphaFold

Аннотация

Патогенные варианты в гене NBAS вызывают мультисистемные патологии, включая SOPH-синдром и ILFS2. NBAS выполняет разнообразные функции в клетке, что обуславливает сложность клинических проявлений при его патогенных вариантах. Ранее нами был разработан белок-вариант-фенотипический подход, основанный на AlphaFold, анализирующий сайты связывания белка и их влияние на фенотип. В данной работе мы использовали AlphaFold3 для изучения взаимодействия NBAS с белками NMDкомплекса SMG с целью объяснения мультисистемного фенотипа через нарушение белковых взаимодействий. Удалось выявить консенсусные сайты связывания NBAS с SMG9, в регионе С-конца, ассоциированного с фенотипом атрофии зрительного нерва. Полученные результаты позволяют предположить альтернативный механизм участия NBAS в NMD через вспомогательные белки SMG, а также впервые связать его с определенным фенотипическим признаком, что может лечь в основу подходов к лечению.