medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2025.11.67-69medgen-3303Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTБелок-вариант-фенотипическое исследование NBAS в контексте белков нонсенс-опосредованного распада РНК инструментом AlphaFoldProtein-Variant-Phenotype study of NBAS in the context of nonsense-mediated RNA decay proteins using AlphaFoldЖожиковЛ. Р.ZhozhikovL. R.

677000, Якутск, Республика Саха (Якутия), ул. Белинского, д. 58; 677000, Якутск, Республика Саха (Якутия), ул. Петровского, д. 2

58, Belinsky st., Yakutsk, Republic of Sakha (Yakutia), 677000; 2, Petrovsky st., Yakutsk, Republic of Sakha (Yakutia), 677000

lr.zhozhikov@s-vfu.ruСеверо-Восточный федеральный университет имени М. К. Аммосова; Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наукРоссияNorth-Eastern Federal University in Yakutsk; Yakut Scientific Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian Federation20252412202524116769Copyright © Жожиков Л.Р., 20252025Жожиков Л.Р.Zhozhikov L.R.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/3303

Патогенные варианты в гене NBAS вызывают мультисистемные патологии, включая SOPH-синдром и ILFS2. NBAS выполняет разнообразные функции в клетке, что обуславливает сложность клинических проявлений при его патогенных вариантах. Ранее нами был разработан белок-вариант-фенотипический подход, основанный на AlphaFold, анализирующий сайты связывания белка и их влияние на фенотип. В данной работе мы использовали AlphaFold3 для изучения взаимодействия NBAS с белками NMDкомплекса SMG с целью объяснения мультисистемного фенотипа через нарушение белковых взаимодействий. Удалось выявить консенсусные сайты связывания NBAS с SMG9, в регионе С-конца, ассоциированного с фенотипом атрофии зрительного нерва. Полученные результаты позволяют предположить альтернативный механизм участия NBAS в NMD через вспомогательные белки SMG, а также впервые связать его с определенным фенотипическим признаком, что может лечь в основу подходов к лечению.

Pathogenic variants in the NBAS cause multisystem disorders, including SOPH syndrome and ILFS2. NBAS performs multiple cellular functions, which may explain the complexity of its clinical manifestations. Previously, we developed the Protein-Variant-Phenotype (PVP) approach using AlphaFold to analyze binding sites and their impact on phenotype. In this study, we used AlphaFold3 to investigate NBAS interactions with SMG proteins of the NMD complex to explore the potential contribution of disrupted protein interactions to the multisystem phenotype. We identified consensus binding sites between NBAS and SMG9 in the C-terminal region, which is associated with optic nerve atrophy. These findings suggest an alternative mechanism for NBAS involvement in NMD through auxiliary SMG proteins. Furthermore, this study is the first to associate C-terminal of NBAS with a specific phenotypic trait and cellular mechanism, providing a foundation for potential therapeutic approaches.

NBASSOPH-синдромнонсенс-опосредованный распад РНКAlphaFoldSMGNBASSOPH syndromenonsense-mediated RNA decayAlphaFoldSMGГеномика Арктики: диагностика, профилактика и лечение (№ FSRG-2024–0001)Diagnostics, Prevention and Treatment (No. FSRG-2024–0001)ReferencesЖожиков Л.Р., Васильев Ф.Ф., Максимова Н.Р. Литературный обзор NBAS-ассоциированных патологий. Все ли найдены? Генетика. 2023;59(4):371–380.Zhozhikov L.R., Vasilev F.F., Maksimova N.R. The Function of the NBAS Has Been Revealed: What about Its Multisystem Pathologies?. Russ J Genet. 2023; 59: 317–324.Zhozhikov L., Sukhomyasova A., Gurinova E. et al. Origins of SOPH syndrome: A study of 93 Yakut patients with review of C-terminal phenotype. Clinical Genetics. 2023;103(6):625–635.Zhozhikov L., Sukhomyasova A., Gurinova E. et al. Origins of SOPH syndrome: A study of 93 Yakut patients with review of C-terminal phenotype. Clinical Genetics. 2023;103(6):625–635.Zhozhikov L., Vasilev F., Maksimova N. Protein-Variant-Phenotype Study of NBAS Using AlphaFold in the Aspect of SOPH Syndrome. Proteins. 2025; 93(4):871–884.Zhozhikov L., Vasilev F., Maksimova N. Protein-Variant-Phenotype Study of NBAS Using AlphaFold in the Aspect of SOPH Syndrome. Proteins. 2025; 93(4):871–884.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.