Новая крупная делеция в локусе 1q24.3q25.3 у пациента с дефицитом гормона роста и естественных антикоагулянтов

Введение. Делеции в локусе 1q23q25 вызывают отличительный фенотип, включающий пропорциональный низкий рост, микроцефалию, брахидактилию, дисморфические черты лица и умственную отсталость. Другие, реже описываемые признаки, включают почечные, сердечные и генитальные пороки развития, краниосиностоз и одинарную ладонную складку.
Цель: выявить и охарактеризовать новую делецию в локусе 1q24.3q25.3 у пробанда с дефицитом гормона роста и естественных антикоагулянтов.
Методы. Пробанд 7-летняя девочка с пропорциональной задержкой внутриутробного развития, врожденными пороками сердца, а также гиперфибриногенемией и дефицитом антитромбина III. Единственный случай в семье. Дифференциальные диагнозы включали микрохромосомную патологию и акромелическую дисплазию. Было проведено секвенирование полного генома матери и пробанда. Отец отказался от любых исследований.
Результаты. У пробанда зарегистрирована делеция в гетерозиготном состоянии в локусе 1q24.3q25.3, которая составляет около 9,232 млн п.н.. Эта делеция включает следующие гены с аутосомно доминантным типом наследования: LHX4, SERPINC1, XPR1, MYOC, FASLG.
Заключение. В ходе исследования выявлена уникальная делеция длинного плеча хромосомы 1. Эта новая делеция является первым идентифицированным случаем синдрома делеции в локусе 1q23q25 в России и объясняет причину низкого роста, лицевых дисморфий и тромбофилии у пробанда. Раннее распознавание этого синдрома и проактивное вмешательство могут улучшить качество жизни пациента.

1. Radovick S., Nations M., Du Y. et.al. A mutation in the POUhomeodomain of Pit-1 responsible for combined pituitary hormone deficiency. Science. 1992;257(5073):1115-8. doi: 10.1126/science.257.5073.1115.

2. Castinetti F., Saveanu A., Reynaud R. et.al. A novel dysfunctional LHX4 mutation with high phenotypical variability in patients with hypopituitarism. J Clin Endocrinol Metab. 2008;93(7):2790-9. doi: 10.1210/jc.2007-2389.

3. Vishnopolska S.A., Mercogliano M.F., Camilletti M.A. et.al. Comprehensive Identification of Pathogenic Gene Variants in Patients With Neuroendocrine Disorders. J Clin Endocrinol Metab. 2021;106(7):1956-1976. doi: 10.1210/clinem/dgab177.

4. Samarasinghe S.M., Sundralingam T., Hewage A.S. et.al. Novel gross deletion at the LHX4 gene locus in a child with growth hormone deficiency. Growth Horm IGF Res. 2022;62:101443. doi: 10.1016/j.ghir.2021.101443

5. Lefroy H., Fox O., Javaid M.K., et al. 1q24 deletion syndrome. Two cases and new insights into genotype-phenotype correlations. Am J Med Genet A. 2018;176(9):2004-2008. doi: 10.1002/ajmg.a.40426.

6. Shepherdson J.L., Zheng H., Amarillo I.E., et al. Delineation of the 1q24.3 microdeletion syndrome provides further evidence for the potential role of non-coding RNAs in regulating the skeletal phenotype. Bone. 2021;142:115705. doi: 10.1016/j.bone.2020.115705.

7. Fang Q., George A.S., Brinkmeier M.L. et.al. Genetics of Combined Pituitary Hormone Deficiency: Roadmap into the Genome Era. Endocr Rev. 2016;37(6):636-675. doi: 10.1210/er.2016-1101.

8. Bock S.C., Prochownik E.V. Molecular genetic survey of 16 kindreds with hereditary antithrombin III deficiency. Blood. 1987;70(5):1273-8.

9. Kumar R., Bakeer N., Dawson J. et.al. Impact of SERPINC1 mutation on thrombotic phenotype in children with congenital antithrombin deficiency-first analysis of the International Society on Thrombosis and Haemostasis pediatric antithrombin deficiency database and biorepository. J Thromb Haemost. 2023;21(5):1248- 1257. doi: 10.1016/j.jtha.2023.01.037.

10. Fichera M., Saccuzzo L., Bertuzzo S. et.al. Assigning single clinical features to their disease-locus in large deletions: the example of chromosome 1q23-25 deletion syndrome. J Transl Genet Genom. 2020;4:114-32. http://dx.doi.org/10.20517/jtgg.2020.16