medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2025.10.142-144medgen-3267Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTНовая крупная делеция в локусе 1q24.3q25.3 у пациента с дефицитом гормона роста и естественных антикоагулянтовA new large deletion at 1q24.3q25.3 locus in a patient with growth hormone deficiency and natural anticoagulants deficiencyЧереватоваТ. Б.CherevatovaT. B.

115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1 

1, Moskvorechye st, Moscow 115522 

tatiana_milovidova@mail.ruБессоноваЛ. А.BessonovaL. A.

115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1 

1, Moskvorechye st, Moscow 115522 

РыжковаО. П.RyzhkovaO. P.

115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1 

1, Moskvorechye st, Moscow 115522 

ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. БочковаРоссияResearch Centre for Medical GeneticsRussian Federation2025241120252410142144Copyright © Череватова Т.Б., Бессонова Л.А., Рыжкова О.П., 20252025Череватова Т.Б., Бессонова Л.А., Рыжкова О.П.Cherevatova T.B., Bessonova L.A., Ryzhkova O.P.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/3267

Введение. Делеции в локусе 1q23q25 вызывают отличительный фенотип, включающий пропорциональный низкий рост, микроцефалию, брахидактилию, дисморфические черты лица и умственную отсталость. Другие, реже описываемые признаки, включают почечные, сердечные и генитальные пороки развития, краниосиностоз и одинарную ладонную складку.Цель: выявить и охарактеризовать новую делецию в локусе 1q24.3q25.3 у пробанда с дефицитом гормона роста и естественных антикоагулянтов.Методы. Пробанд 7-летняя девочка с пропорциональной задержкой внутриутробного развития, врожденными пороками сердца, а также гиперфибриногенемией и дефицитом антитромбина III. Единственный случай в семье. Дифференциальные диагнозы включали микрохромосомную патологию и акромелическую дисплазию. Было проведено секвенирование полного генома матери и пробанда. Отец отказался от любых исследований.Результаты. У пробанда зарегистрирована делеция в гетерозиготном состоянии в локусе 1q24.3q25.3, которая составляет около 9,232 млн п.н.. Эта делеция включает следующие гены с аутосомно доминантным типом наследования: LHX4, SERPINC1, XPR1, MYOC, FASLG.Заключение. В ходе исследования выявлена уникальная делеция длинного плеча хромосомы 1. Эта новая делеция является первым идентифицированным случаем синдрома делеции в локусе 1q23q25 в России и объясняет причину низкого роста, лицевых дисморфий и тромбофилии у пробанда. Раннее распознавание этого синдрома и проактивное вмешательство могут улучшить качество жизни пациента.

Introduction. Deletions at the 1q23q25 locus cause a distinctive phenotype including proportionate short stature, microcephaly, brachydactyly, dysmorphic facial features, and intellectual disability. Other less commonly reported features include renal, cardiac and genital malformations, craniosynostosis, and single palmar crease.Objective. To identify and characterize a novel deletion at the 1q24.3q25.3 locus in a proband with growth hormone deficiency and natural anticoagulant deficiency.Methods. The proband was a 7-year-old girl with proportionate intrauterine growth retardation, congenital heart defects, hyperfibrinogenemia and antithrombin III deficiency. The only case in the family. Differential diagnoses included microchromosomal pathology and acromelic dysplasia. Whole genome sequencing was performed for the mother and proband. The father is categorically against any research.Results. The proband has a heterozygous deletion at the 1q24.3q25.3 locus, which is about 9.232 Mb. This deletion includes the following genes with an autosomal dominant type of inheritance: LHX4, SERPINC1, XPR1, MYOC, FASLG.Conclusions. The study identified a deletion of the long arm of chromosome 1. This new mutation is the first identified case of a deletion syndrome at the 1q23q25 deletion locus in Russia and is the cause of short stature, facial dysmorphia, and thrombophilia in the proband. Early detection of this syndrome and proactive intervention may improve quality of life.

1q24.3q25.3LHX4дефицит гормона ростаSERPINC1дефицит анитромбина IIIмикроделеционный синдром1q24.3q25.3LHX4growth hormone deficiencySERPINC1anthrombin III deficiencymicrodeletion syndromeИсследование выполнено в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования.The study was carried out on the state assignment of the Ministry of Science and Higher Education.ReferencesRadovick S., Nations M., Du Y. et.al. A mutation in the POUhomeodomain of Pit-1 responsible for combined pituitary hormone deficiency. Science. 1992;257(5073):1115-8. doi: 10.1126/science.257.5073.1115.Radovick S., Nations M., Du Y. et.al. A mutation in the POUhomeodomain of Pit-1 responsible for combined pituitary hormone deficiency. Science. 1992;257(5073):1115-8. doi: 10.1126/science.257.5073.1115.Castinetti F., Saveanu A., Reynaud R. et.al. A novel dysfunctional LHX4 mutation with high phenotypical variability in patients with hypopituitarism. J Clin Endocrinol Metab. 2008;93(7):2790-9. doi: 10.1210/jc.2007-2389.Castinetti F., Saveanu A., Reynaud R. et.al. A novel dysfunctional LHX4 mutation with high phenotypical variability in patients with hypopituitarism. J Clin Endocrinol Metab. 2008;93(7):2790-9. doi: 10.1210/jc.2007-2389.Vishnopolska S.A., Mercogliano M.F., Camilletti M.A. et.al. Comprehensive Identification of Pathogenic Gene Variants in Patients With Neuroendocrine Disorders. J Clin Endocrinol Metab. 2021;106(7):1956-1976. doi: 10.1210/clinem/dgab177.Vishnopolska S.A., Mercogliano M.F., Camilletti M.A. et.al. Comprehensive Identification of Pathogenic Gene Variants in Patients With Neuroendocrine Disorders. J Clin Endocrinol Metab. 2021;106(7):1956-1976. doi: 10.1210/clinem/dgab177.Samarasinghe S.M., Sundralingam T., Hewage A.S. et.al. Novel gross deletion at the LHX4 gene locus in a child with growth hormone deficiency. Growth Horm IGF Res. 2022;62:101443. doi: 10.1016/j.ghir.2021.101443Samarasinghe S.M., Sundralingam T., Hewage A.S. et.al. Novel gross deletion at the LHX4 gene locus in a child with growth hormone deficiency. Growth Horm IGF Res. 2022;62:101443. doi: 10.1016/j.ghir.2021.101443Lefroy H., Fox O., Javaid M.K., et al. 1q24 deletion syndrome. Two cases and new insights into genotype-phenotype correlations. Am J Med Genet A. 2018;176(9):2004-2008. doi: 10.1002/ajmg.a.40426.Lefroy H., Fox O., Javaid M.K., et al. 1q24 deletion syndrome. Two cases and new insights into genotype-phenotype correlations. Am J Med Genet A. 2018;176(9):2004-2008. doi: 10.1002/ajmg.a.40426.Shepherdson J.L., Zheng H., Amarillo I.E., et al. Delineation of the 1q24.3 microdeletion syndrome provides further evidence for the potential role of non-coding RNAs in regulating the skeletal phenotype. Bone. 2021;142:115705. doi: 10.1016/j.bone.2020.115705.Shepherdson J.L., Zheng H., Amarillo I.E., et al. Delineation of the 1q24.3 microdeletion syndrome provides further evidence for the potential role of non-coding RNAs in regulating the skeletal phenotype. Bone. 2021;142:115705. doi: 10.1016/j.bone.2020.115705.Fang Q., George A.S., Brinkmeier M.L. et.al. Genetics of Combined Pituitary Hormone Deficiency: Roadmap into the Genome Era. Endocr Rev. 2016;37(6):636-675. doi: 10.1210/er.2016-1101.Fang Q., George A.S., Brinkmeier M.L. et.al. Genetics of Combined Pituitary Hormone Deficiency: Roadmap into the Genome Era. Endocr Rev. 2016;37(6):636-675. doi: 10.1210/er.2016-1101.Bock S.C., Prochownik E.V. Molecular genetic survey of 16 kindreds with hereditary antithrombin III deficiency. Blood. 1987;70(5):1273-8.Bock S.C., Prochownik E.V. Molecular genetic survey of 16 kindreds with hereditary antithrombin III deficiency. Blood. 1987;70(5):1273-8.Kumar R., Bakeer N., Dawson J. et.al. Impact of SERPINC1 mutation on thrombotic phenotype in children with congenital antithrombin deficiency-first analysis of the International Society on Thrombosis and Haemostasis pediatric antithrombin deficiency database and biorepository. J Thromb Haemost. 2023;21(5):1248- 1257. doi: 10.1016/j.jtha.2023.01.037.Kumar R., Bakeer N., Dawson J. et.al. Impact of SERPINC1 mutation on thrombotic phenotype in children with congenital antithrombin deficiency-first analysis of the International Society on Thrombosis and Haemostasis pediatric antithrombin deficiency database and biorepository. J Thromb Haemost. 2023;21(5):1248- 1257. doi: 10.1016/j.jtha.2023.01.037.Fichera M., Saccuzzo L., Bertuzzo S. et.al. Assigning single clinical features to their disease-locus in large deletions: the example of chromosome 1q23-25 deletion syndrome. J Transl Genet Genom. 2020;4:114-32. http://dx.doi.org/10.20517/jtgg.2020.16Fichera M., Saccuzzo L., Bertuzzo S. et.al. Assigning single clinical features to their disease-locus in large deletions: the example of chromosome 1q23-25 deletion syndrome. J Transl Genet Genom. 2020;4:114-32. http://dx.doi.org/10.20517/jtgg.2020.16

The authors declare that there are no conflicts of interest present.