Анализ экспрессии HERV-K (HML2) в образцах колоректального рака

В. С. Обрезаненко; А. С. Макарова; А. А. Примова; А. Д. Кикот; Д. А. Тарасова; Е. С. Болашова; А. А. Ивашечкин; А. В. Махотенко; Е. А. Снигирь; К. С. Грамматикати; С. И. Митрофанов; О. А. Кузнецова; М. Ю. Федянин; А. А. Трякин; В. В. Макаров; В. С. Юдин; А. А. Кескинов

doi:10.25557/2073-7998.2025.09.89-92

Анализ экспрессии HERV-K (HML2) в образцах колоректального рака

В. С. Обрезаненко, А. С. Макарова, А. А. Примова, А. Д. Кикот, Д. А. Тарасова, Е. С. Болашова, А. А. Ивашечкин, А. В. Махотенко, Е. А. Снигирь, К. С. Грамматикати, С. И. Митрофанов, О. А. Кузнецова, М. Ю. Федянин, А. А. Трякин, В. В. Макаров, В. С. Юдин, А. А. Кескинов

https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.09.89-92

Полный текст:

PDF (Rus)

сгенерировать QR код

Аннотация

Эндогенные ретровирусы человека (HERV) – это последствия инфекции ретровирусами, которые интегрировались в геном человека и сохранились в процессе эволюции. Подгруппа HML2 является частью семейства HERV-K и сохраняет активность в определенных типах клеток. Цель данного исследования: оценить экспрессию HML2 в образцах нормальных и опухолевых тканей пациентов с колоректальным раком (КРР) с использованием нескольких биоинформатических инструментов и сравнить их результаты.

Для анализа экспрессии HML2 использовали три биоинформатических инструмента: GeneTEFlow, TECount и Telescope. Дифференциальная экспрессия была оценена с помощью пакета DESeq2. В ходе исследования мы также провели проверку детектированных транспозиций в геномных данных с помощью инструмента MELT. Все локусы, показывающие экспрессию по транскриптомным данным, были подтверждены в геномных данных.

Выявлены локусы с повышенной экспрессией HML2 в образцах КРР: 1q22, 7p22.1, 8p23.1, 10q24.2, 11q12.1, 11p15.4b, 9q34.11, 19q13.41 и 22q11.23. В них находятся энхансеры и гены, регулирующие клеточный метаболизм, воспаление и иммунный ответ. Полученные результаты свидетельствуют о повышенной экспрессии HML2 в образцах КРР, что может указывать на возможное участие данных мобильных генетических элементов в процессах канцерогенеза. Для повышения точности и глубины исследования важно использовать несколько биоинформатических инструментов и анализировать пересекающиеся выходные данные, что позволяет минимизировать возможные ошибки и повысить достоверность результатов.

Ключевые слова

ретротранспорзоны, экспрессия HML2, GeneTEFlow, TECount, Telescope, локусы HML2

Об авторах

В. С. Обрезаненко

ФГБУ Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства
Россия

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. С. Макарова

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. А. Примова

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. Д. Кикот

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

Д. А. Тарасова

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

Е. С. Болашова

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. А. Ивашечкин

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. В. Махотенко

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

Е. А. Снигирь

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

К. С. Грамматикати

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

С. И. Митрофанов

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

О. А. Кузнецова

ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина Минздрава России
Россия

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

М. Ю. Федянин

ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина Минздрава России
Россия

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

А. А. Трякин

ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина Минздрава России
Россия

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

В. В. Макаров

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

В. С. Юдин

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

А. А. Кескинов

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

Список литературы

1. Kang Q., Guo X., Li T., et al. Identification of differentially expressed HERV-K(HML-2) loci in colorectal cancer. Front Microbiol. 2023;14:1192900. doi: 10.3389/fmicb.2023.1192900

2. Jin Y., Tam O.H., Paniagua E., Hammell M. TEtranscripts: A package for including transposable elements in differential expression analysis of RNA-seq datasets. Bioinformatics. 2015;31(22):3593– 3599. doi: 10.1093/bioinformatics/btv422

3. Bendall M.L., De Mulder M., Iñiguez L.P,. et al. Telescope: Characterization of the retrotranscriptome by accurate estimation of transposable element expression. PLoS Comput Biol. 2019;15(9):e1006453. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006453

4. Liu X., Bienkowska J.R., Zhong W. GeneTEFlow: A Nextflow-based pipeline for analysing gene and transposable elements expression from RNA-Seq data. PLoS One. 2020;15(8):e0236805. doi: 10.1371/journal.pone.0232994

5. Karolchik D., Hinricks A.S., Furey T.S., et al. The UCSC table browser data retrieval tool. Nucleic Acids Res. 2004;32(Database issue):D493–D496. doi: 10.1093/nar/gkh103

6. Gardner E.J., Lam V.K., Harris D.N., et al. The mobile element locator tool (MELT): Population-scale mobile element discovery and biology. Genome Res. 2017;27(11):1916–1929. doi: 10.1101/gr.218032.116

7. Anders S., Huber W. Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol. 2010;11(10):R106. doi: 10.1186/gb-2010-11-10-r106

8. White N.M., Zhao S.G., Zhang J., et al. Multi-institutional Analysis Shows that Low PCAT-14 Expression Associates with Poor Outcomes in Prostate Cancer. Eur Urol. 2017;71(2):257-266. doi: 10.1016/j.eururo.2016.07.012

9. Walczak K., Wnorowski A., Turski W.A., Plech T. Kynurenic acid and cancer: facts and controversies. Cell Mol Life Sci. 2019;77(8):1531-1550. doi: 10.1007/s00018-019-03332-w

10. Shelley J.R., Davidson D.J., Dorin J.R. The Dichotomous Responses Driven by β-Defensins. Front Immunol. 2020;11:1176. doi: 10.3389/fimmu.2020.01176

11. Jedlitschky G., Hoffmann U., Kroemer H.K. Structure and function of the MRP2 (ABCC2) protein and its role in drug disposition. Expert Opin Drug Metab Toxicol. 2006;2(3):351-366. doi: 10.1517/17425255.2.3.351

Рецензия

Для цитирования:

Обрезаненко В.С., Макарова А.С., Примова А.А., Кикот А.Д., Тарасова Д.А., Болашова Е.С., Ивашечкин А.А., Махотенко А.В., Снигирь Е.А., Грамматикати К.С., Митрофанов С.И., Кузнецова О.А., Федянин М.Ю., Трякин А.А., Макаров В.В., Юдин В.С., Кескинов А.А. Анализ экспрессии HERV-K (HML2) в образцах колоректального рака. Медицинская генетика. 2025;24(9):89-92. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.09.89-92

For citation:

Obrezanenko V.S., Makarova A.S., Primova A.A., Kikot A.D., Tarasova D.A., Bolashova E.S., Ivashechkin A.A., Makhotenko A.V., Snigir E.A., Grammatikati K.S., Mitrofanov S.I., Kuznetsova O.A., Fedyanin M.Y., Tryakin A.A., Makarov V.V., Yudin V.S., Keskinov A.A. Analysis of HERV-K (HML2) expression in colorectal cancer samples. Medical Genetics. 2025;24(9):89-92. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.09.89-92

ISSN 2073-7998 (Print)

Логин
Пароль
	Запомнить меня
Регистрация нового пользователя Забыли Ваш пароль?

Войти

Медицинская генетика

Анализ экспрессии HERV-K (HML2) в образцах колоректального рака

Полный текст:

Аннотация

Ключевые слова

Об авторах

Список литературы

Рецензия

Для цитирования:

For citation:

Использование куки-файлов