сгенерировать QR код
Открытый доступ
Только для подписчиков
Клиническое значение вариантов в некодирующих участках генома, обнаруженных при полноэкзомном секвенировании у 691 пациента
https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.05.65-68
Аннотация
Введение. Анализ некодирующих областей генома, достаточно покрываемых в данных полноэкзомного секвенирования (WES), может улучшить диагностику наследственных заболеваний.
Цель: оценить частоту и спектр клинически значимых вариантов в интронных и других некодирующих участках, выявляемых в данных WES, и пересмотреть диагнозы пациентов.
Методы. В исследование был включен 691 пациент. ДНК выделяли из венозной крови, проводили WES с использованием зондов Agilent All Exon v8 и платформы G-400 (MGI Tech). Анализ данных включал контроль качества, обработку прочтений, коллинг вариантов и их аннотацию. Отбирались только клинически значимые некодирующие варианты.
Результаты. Было обнаружено 18 уникальных вариантов в 17 генах у 31 пациента (4,49%), все в гетерозиготном состоянии, чаще представленные в SPTA1, HGD и GAA. Диагноз был обновлен у одного (0,145%) пациента с вариантами POLR3A: гипомиелинизирующая лейкодистрофия 7 типа с олигодонтией и/или гонадотропным гипогонадизмом.
Заключение. Клинически значимые варианты в некодирующих регионах (вне канонических ±1-2 сайтов сплайсинга) должны учитываться при интерпретации данных WES.
При поддержке: Исследование выполнено в рамках госзадания №123021500064-0.
Об авторах
А. А. Буянова
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
О. П. Паршина
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
М. Ю. Кузнецов
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
А. О. Шмитко
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
А. Ф, Самитова
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
Ю. А. Василиадис
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
О. Н. Сучалко
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
В. В. Черанев
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
Г. А. Ильина
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
А. А. Кузнецова
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
И. В. Козырева
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
А. А. Кретова
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
М. А. Сидорчук
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
В. А. Белова
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
Д. О. Коростин
ФГАОУ ВО Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
117997, г. Москва, ул. Островитянова, д. 1
Список литературы
1. Lord J., Gallone G., Short P.J. et al. Pathogenicity and selective constraint on variation near splice sites. Genome Res. 2019;29(2):159-170.
2. Belova V., Shmitko A., Pavlova A. et al. Performance comparison of Agilent new SureSelect All Exon v8 probes with v7 probes for exome sequencing. BMC Genomics. 2022;23(1):582.
3. Buianova A.A., Bazanova M.V., Belova V.A. et al. Heterogeneous Group of Genetically Determined Auditory Neuropathy Spectrum Disorders. Int. J. Mol. Sci. 2024; 25(23):12554.
4. Richards S., Aziz N., Bale S. et al. Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17(5):405-24.
5. Zanette V., Reyes A., Johnson M. et al. Neurodevelopmental regression, severe generalized dystonia, and metabolic acidosis caused by POLR3A mutations. Neurol Genet. 2020;6(6):e521.
6. База данных популяционных частот генетических вариантов населения Российской Федерации. ФМБА России. Версия приложения 1.1.2 от 06.03.2025. Версия базы 59.1 от 03.10.2024. Режим доступа: https://gdbpop.nir.cspfmba.ru/
7. Turro E., Astle W.J., Megy K., et al. Whole-genome sequencing of patients with rare diseases in a national health system. Nature. 2020;583(7814):96-102.
8. Zhang L., Shen M., Shu X. et al. Intronic position +9 and -9 are potentially splicing sites boundary from intronic variants analysis of whole exome sequencing data. BMC Med Genomics. 2023;16:146.
Рецензия
Для цитирования:
Буянова А.А., Паршина О.П., Кузнецов М.Ю., Шмитко А.О., Самитова А.Ф., Василиадис Ю.А., Сучалко О.Н., Черанев В.В., Ильина Г.А., Кузнецова А.А., Козырева И.В., Кретова А.А., Сидорчук М.А., Белова В.А., Коростин Д.О. Клиническое значение вариантов в некодирующих участках генома, обнаруженных при полноэкзомном секвенировании у 691 пациента. Медицинская генетика. 2025;24(5):65-68. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.05.65-68
For citation:
Buianova A.A., Parshina O.P., Kuznetsov M.I., Shmitko A.O., Samitova A.F., Vasiliadis I.A., Suchalko O.N., Cheranev V.V., Ilyina G.A., Kuznetsova A.A., Kozyreva I.V., Kretova A.A., Sidorchuk M.A., Belova V.A., Korostin D.O. Clinical significance of non-coding variants identified by whole exome sequencing in 691 patients. Medical Genetics. 2025;24(5):65-68. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2025.05.65-68
Просмотров:
11
Послать статью по эл. почте 