|сгенерировать QR код
Открытый доступ
Только для подписчиков
Использование эписигнатуры для диагностики синдрома Сотоса
https://doi.org/10.25557/2073-7998.2024.12.22-29
Аннотация
Мутационные события в генах эпигенетического аппарата влекут за собой изменения в метилировании ДНК. Уникальные паттерны метилирования ДНК (эписигнатуры) являются высокоспецифичными биомаркерами заболеваний и могут использоваться для косвенной диагностики хроматинопатий и для интерпретации вариантов в эпигенах. В этой работе мы провели поиск наиболее значимых CpG-динуклеотидов из широкогеномной эписигнатуры синдрома Сотоса и разработали классифицирующую модель для косвенной диагностики синдрома Сотоса на основании выявленной эписигнатуры. Данная модель применима в качестве теста второй линии при клинической картине синдрома Сотоса и отсутствии молекулярно-генетического диагноза. Наличие эписигнатуры синдрома Сотоса устанавливает диагноз, но заставляет искать другие варианты ДНК в гене NSD1, которые могут приводить к патологии.
При поддержке: Работа выполнена в рамках государственного задания Минобрнауки России для ФГБНУ МГНЦ.
Об авторах
А. В. Ефремова
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
О. А. Земляная
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
А. И. Калинкин
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
Д. В. Залетаев
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
А. С. Танас
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
В. В. Стрельников
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
И. В. Володин
ФГБНУ Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова
Россия
Россия
115522, г. Москва, ул. Москворечье, д. 1
Список литературы
1. Levy M.A., McConkey H., Kerkhof J., et al. Novel diagnostic DNA methylation episignatures expand and refine the epigenetic landscapes of Mendelian disorders. HGG Adv. 2021;3(1):100075.
2. Choufani S., Cytrynbaum C., Chung B.H., et al. NSD1 mutations generate a genome-wide DNA methylation signature. Nat Commun. 2015;6:10207.
3. Aref-Eshghi E., Kerkhof J., Pedro V.P., et al. Evaluation of DNA Methylation Episignatures for Diagnosis and Phenotype Correlations in 42 Mendelian Neurodevelopmental Disorders. Am J Hum Genet. 2020;106(3):356-370.
4. Husson T., Lecoquierre F., Nicolas G. et al. Episignatures in practice: independent evaluation of published episignatures for the molecular diagnostics of ten neurodevelopmental disorders. Eur J Hum Genet. 2024;32:190–199.
5. Tatton-Brown K., Rahman N. Sotos syndrome. Eur J Hum Genet. 2007;15:264–271.
6. Weinberg D.N., Papillon-Cavanagh S., Chen H. et al. The histone mark H3K36me2 recruits DNMT3A and shapes the intergenic DNA methylation landscape. Nature. 2019;573:281–286.
7. Li L.C., Dahiya R. MethPrimer: designing primers for methylation PCRs. Bioinformatics. 2002;18(11):1427-31.
8. Karpenko D.V. A Method Using One Fluorophore Signal in Sanger Read to Determine CpG Methylation in Bisulfite Converted DNA. Russ J Genet. 2023;59(11):1255–1262.
9. Levy M.A., McConkey H., Kerkhof J., et al. Novel diagnostic DNA methylation episignatures expand and refine the epigenetic landscapes of Mendelian disorders. HGG Adv. 2021;3(1):100075.
10. Trajkova S., Kerkhof J., Rossi Sebastiano M., et al. DNA methylation analysis in patients with neurodevelopmental disorders improves variant interpretation and reveals complexity. HGG Adv. 2024;5(3):100309.
11. Coursimault J., Goldenberg A., Nicolas G., et al. Contribution of DNA methylation profiling to the reclassification of a variant of uncertain significance in the KDM5C gene. Eur J Med Genet. 2022;65(9):104556.
12. Sadikovic B., Levy M.A., Aref-Eshghi E. Functional annotation of genomic variation: DNA methylation episignatures in neurodevelopmental Mendelian disorders. Hum Mol Genet. 2020;29(R1):R27-R32.
13. Kerkhof J., Rastin C., Levy M.A., et al. Diagnostic utility and reporting recommendations for clinical DNA methylation episignature testing in genetically undiagnosed rare diseases. Genet Med. 2024;26(5):101075.
14. Durkie M., Cassidy E.-J., Berry I., et al. The Association for Clinical Genomic Science. Best Practice Guidelines for Variant Classification in Rare Disease 2024 https://www.acgs.uk.com/media/12533/uk-practice-guidelines-for-variant-classification-v12-2024.pdf
Рецензия
Для цитирования:
Ефремова А.В., Земляная О.А., Калинкин А.И., Залетаев Д.В., Танас А.С., Стрельников В.В., Володин И.В. Использование эписигнатуры для диагностики синдрома Сотоса. Медицинская генетика. 2024;23(12):22-29. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2024.12.22-29
For citation:
Efremova A.V., Zemlianaia O.A., Kalinkin A.I., Zaletaev D.V., Tanas A.S., Strelnikov V.V., Volodin I.V. Using episignature to diagnose Sotos syndrome. Medical Genetics. 2024;23(12):22-29. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2024.12.22-29
Просмотров:
94
Послать статью по эл. почте 