сгенерировать QR код
Открытый доступ
Только для подписчиков
Полногеномный поиск SNPs в таргетных сайтах миРНК в 3’нетранслируемой области мРНК, связанных с индивидуальной чувствительностью к лекарствам
https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.07.60-62
Аннотация
Методы. Для анализа были взяты 253 аллель-асимметричных события, возникающие или усиливающиеся в 5 типах клеток человека в ответ на экзогенные соединения, включающие ряд фармакологических препаратов и 5402 eQTLs, выявленных при обработке интерфероном гамма (ИФН-γ) моноцитов периферической крови человека (PBMC). Были выбраны SNPs, локализованные в 3’UTR транскриптов, и выполнен поиск потенциальных сайтов связывания миРНК с использованием базы данных PolymiRTS. Результаты. В 5270 SNPs, проявивших себя как eQTLs, обеспечивающих реакцию PBMC на ИФН-γ, выявлены 307 событий, расположенных в предсказанных сайтах связывания миРНК, аффинность которых хотя бы к одной миРНК менялась в результате нуклеотидной замены. Среди 253 событий ASE 58 совпадали с вариациями, затрагивающими сайты связывания миРНК в 3’UTR различных мРНК. В большинстве случаев снижение экспрессии варианта соответствовало появлению сайта связывания миРНК. Заключение. Как анализ eQTL, так и поиск ASE являются эффективными инструментами выявления SNPs, расположенных в 3’UTR таргетных сайтов миРНК и связанных с индивидуальным ответом на лекарства.
Об авторах
Е. Е. Корболина
Федеральный исследовательский центр «Институт цитологии и генетики СО РАН»
Россия
Россия
Н. И. Ершов
Федеральный исследовательский центр «Институт цитологии и генетики СО РАН»
Россия
Россия
Е. Ю. Рыкова
Федеральный исследовательский центр «Институт цитологии и генетики СО РАН»; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН; Новосибирский государственный технический университет
Россия
Россия
Список литературы
1. Moyerbrailean G.A., Richards A.L., Kurtz D., et al. High-throughput allele-specific expression across 250 environmental conditions. Genome Res. 2016 Dec;26(12):1627-1638.
2. Fairfax B.P., Humburg P., Makino S., et al. Innate immune activity conditions the effect of regulatory variants upon monocyte gene expression. Science. 2014 Mar 7;343(6175):1246949.
3. GTEx Consortium. The GTEx Consortium atlas of genetic regulatory effects across human tissues. Science. 2020 Sep 11; 369 (6509):1318-1330.
4. Cavalli M., Pan G., Nord H., et al. Allele-specific transcription factor binding to common and rare variants associated with disease and gene expression. Hum Genet. 2016 May;135 (5):485-497.
5. Huang Q. Genetic study of complex diseases in the post-GWAS era. J Genet Genomics. 2015 Mar 20;42(3):87-98.
6. Chhichholiya Y., Suryan A.K., Suman P., et al. SNPs in miRNAs and Target Sequences: Role in Cancer and Diabetes. Front Genet. 2021 Dec 1;12:793523.
7. Bhattacharya A., Ziebarth J.D., Cui Y. PolymiRTS Database 3.0: linking polymorphisms in microRNAs and their target sites with human diseases and biological pathways. Nucleic Acids Res. 2014;42 (Database issue):D86-D91.
8. Wang G., Zheng X., Zheng Y., et al. Construction and analysis of the lncRNA-miRNA-mRNA network based on competitive endogenous RNA reveals functional genes in heart failure. Mol Med Rep. 2019 Feb;19 (2):994-1003.
9. Madamsetty V.S., Mohammadinejad R., Uzieliene I., et al. Dexamethasone: Insights into Pharmacological Aspects, Therapeutic Mechanisms, and Delivery Systems. ACS Biomater Sci Eng. 2022 May 9; 8(5):1763-1790.
10. Wang H., Yang L., Deng J., et al. Genetic variant in the 3’-untranslated region of VEGFR1 gene influences chronic obstructive pulmonary disease and lung cancer development in Chinese population. Mutagenesis. 2014 Sep;29(5):311-317.
11. Domínguez-Álvarez E., Rácz B., Marć M.A., et al. Selenium and tellurium in the development of novel small molecules and nanoparticles as cancer multidrug resistance reversal agents. Drug Resist Updat. 2022 May 2;63:100844.
12. Zhou Q., Tian W., Jiang Z., et al. A Positive Feedback Loop of AKR1C3-Mediated Activation of NF-κB and STAT3 Facilitates Proliferation and Metastasis in Hepatocellular Carcinoma. Cancer Res. 2021 Mar 1;81(5):1361-1374.
13. Pamuła-Piłat J., Tęcza K., Kalinowska-Herok M., et al. Genetic 3′UTR variations and clinical factors significantly contribute to survival prediction and clinical response in breast cancer patients. Sci Rep. 2020 Mar 31;10, 5736.
Рецензия
Для цитирования:
Корболина Е.Е., Ершов Н.И., Рыкова Е.Ю. Полногеномный поиск SNPs в таргетных сайтах миРНК в 3’нетранслируемой области мРНК, связанных с индивидуальной чувствительностью к лекарствам. Медицинская генетика. 2022;21(7):60-62. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.07.60-62
For citation:
Korbolina E., Ershov N., Rykova E. The genome-wide search of SNPs in 3’-UTR microRNA target sequences associated with individual drug susceptibility. Medical Genetics. 2022;21(7):60-62. (In Russ.) https://doi.org/10.25557/2073-7998.2022.07.60-62
Просмотров:
253
Послать статью по эл. почте 