Biascorrector и Methcorrector: веб-приложения для устранения всех типов экспериментальных отклонений при количественном анализе метилирования ДНК с помощью разных технологий
Аннотация
Высокоточный количественный анализ профилей метилирования ДНК в опухолях лежит в основе эпигенетической диагностики, а также необходим для более полного и адекватного понимания молекулярных механизмов опухолеобразования. Тем не менее, результаты анализа метилирования ДНК часто содержат экспериментальные отклонения разного происхождения. Ранее мы предложили алгоритм для эффективной корректировки данных, содержащих экспериментальное искажение, однако, решение данных уравнений вручную или с использованием электронных таблиц не является оптимальным подходом. В данной работе мы представляем приложения BiasCorrector и MethCorrector, имплементирующие алгоритм в виде R-пакета и программы на языке Ruby, соответственно. Разработанные программы обеспечивают детекцию, анализ и устранение экспериментальных отклонений для каждого CpG-динуклеотида. Функционирование приложений было протестировано с использованием данных метилирования ДНК, полученных с помощью трёх разных технологий анализа: бисульфитного пиросеквенирования, высокопроизводительного бисульфитного секвенирования и гибридизационного анализа на олигонуклеотидных ДНК-чипах. Обе программы способны эффективно устранять экспериментальные отклонения безотносительно к исследуемому региону, числу CpG-динуклеотидов, методу эпигенетического анализа, а также природе искажений.
Ключевые слова
BiasCorrector,
MethCorrector,
метилирование ДНК,
опухоли,
экспериментальные отклонения,
ПЦР-отклонение,
пост-ПЦР-отклонение,
корректировка,
гиперболическая регрессия,
кубическая полиномиальная регрессия,
бисульфитное пиросеквенирование,
высокопроизводительное бисульфитное секвенирование,
олигонуклеотидные ДНК-чипы
Об авторах
Л. А. Капснер
Медицинский центр информационных технологий, Университетская клиника, Университет Фридриха-Александра в Эрлангене и Нюрнберге
Россия
Россия
М. Г. Завгородний
Воронежский государственный университет
Россия
Россия
С. П. Майорова
Воронежский государственный технический университет
Россия
Россия
Ф. . Халлер
Институт патологии, Университетская клиника, Университет Фридриха-Александра в Эрлангене и Нюрнберге
Россия
Россия
И. Н. Лебедев
НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ
Россия
Россия
Е. А. Москалев
Институт патологии, Университетская клиника, Университет Фридриха-Александра в Эрлангене и Нюрнберге
Россия
Россия
Список литературы
1. Moskalev E.A., Zavgorodnij M.G., Majorova S.P. et al. Correction of PCR-bias in quantitative DNA methylation studies by means of cubic polynomial regression. Nucleic acids research 2011; (39): e77.
2. Москалев Е.А., Завгородний М.Г., Майорова С.П., Лебедев И.Н. Устранение экспериментальных отклонений при количественном анализе профилей метилирования ДНК посредством высокопроизводительного бисульфитного секвенирования и гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах. Медицинская генетика 2016; (15): 9-16.
Рецензия
Для цитирования:
Капснер Л.А., Завгородний М.Г., Майорова С.П., Халлер Ф..., Лебедев И.Н., Москалев Е.А. Biascorrector и Methcorrector: веб-приложения для устранения всех типов экспериментальных отклонений при количественном анализе метилирования ДНК с помощью разных технологий. Медицинская генетика. 2020;19(12):61-63.
For citation:
Kapsner L.A., Zavgorodnij M.G., Majorova S.P., Haller F..., Lebedev I.N., Moskalev E.A. Biascorrector and Methcorrector: web-applications for correcting all types of experimental biases in quantitative DNA methylation data derived by different technologies. Medical Genetics. 2020;19(12):61-63. (In Russ.)
Просмотров: 197
Послать статью по эл. почте 