Поиск генов риска ишемического инсульта путем анализа сингулярных матриц неравновесия по сцеплению на импутированных генотипических данных

В полногеномных ассоциативных исследованиях различают одномаркерные и многомаркерные подходы. При использовании одномаркерных методов анализируют каждый однонуклеотидный полиморфизм (SNP) отдельно, что позволяет быстро выявлять генетические маркеры, связанные с фенотипом. Многомаркерные методы учитывают комбинации SNP, что повышает мощность тестов и общую информативность анализа, хотя и увеличивает объём вычислений. Ранее мы предложили разбивать матрицу неравновесия по сцеплению на сингулярные подматрицы, используя определитель матрицы как меру корреляции SNP в группе. Применив этот подход к генотипам представителей Западной Европы (4929 больных ишемическим инсультом, 652 индивида контрольной группы, 883749 SNP), мы идентифицировали гены-кандидаты заболевания, которые не были выявлены одномаркерными методами. В данной работе мы повторно применили этот метод к той же выборке индивидов, но с использованием в 10 раз большего количества SNP, полученных путем обогащения исходных панелей маркеров с помощью импутации. Результаты исследования показали применимость метода определителя для анализа больших наборов SNP, в том числе полученных с помощью импутации, и позволили предположить возможную роль нейрогенеза в развитии ишемического инсульта.

1. Khvorykh G., Khrunin A. Determinant-based grouping of SNPs and its application for detecting disease-associated genomic loci. NAR Genomics Bioinforma. 2025;7(1). https://doi.org/10.1093/nargab/lqaf024

2. Khvorykh G.V., Sapozhnikov N.A., Limborska S.A. et al. Evaluation of Density-Based Spatial Clustering for Identifying Genomic Loci Associated with Ischemic Stroke in Genome-Wide Data. Int J Mol Sci. 2023;24(20):15355. doi: 10.3390/ijms242015355

3. Browning B.L., Zhou Y., Browning S.R. A One-Penny Imputed Genome from Next-Generation Reference Panels. Am J Hum Genet. 2018;103(3):338–348. doi: 10.1016/j.ajhg.2018.07.015

4. Chang C.C., Chow C.C., Tellier L. et al. Second-generation PLINK: Rising to the challenge of larger and richer datasets. Gigascience. 2015;4(1):1–16. doi: 10.1186/s13742-015-0047-8

5. Sherman B.T., Hao M., Qiu J. et al. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update). Nucleic Acids Res. 2022;50(W1):W216–W221. doi: 10.1093/nar/gkac194