medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2018.08.32-37medgen-523Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHМедицинская технология комплексной ДНК-диагностики туберозного склерозаMedical technology for comprehensive DNA analysis in tuberous sclerosisАношкинК. И.AnoshkinK. I.anoshkiri@gmail.comКарандашеваК. О.KarandashevaK. O.noemail@neicon.ruТанасА. С.TanasA. S.noemail@neicon.ruБессоноваЛ. А.BessonovaL. A.noemail@neicon.ruДеминаН. А.DeminaN. A.noemail@neicon.ruПетуховаМ. С.PetukhovaM. S.noemail@neicon.ruАнисимоваИ. В.AnisimovaI. V.noemail@neicon.ruЗалетаевД. В.ZaletaevD. V.noemail@neicon.ruСтрельниковВ. В.StrelnikovV. V.noemail@neicon.ruФГБНУ «Медико-генетический научный центр»; ФГБОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской ФедерацииРоссияResearch Centre for Medical Genetics; Pirogov Russian National Research Medical UniversityRussian FederationФГБНУ «Медико-генетический научный центр»РоссияResearch Centre for Medical GeneticsRussian FederationФГБОУ ВО «Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации; ФГБОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Министерства здравоохранения Российской ФедерацииРоссияPirogov Russian National Research Medical University; I.M. Sechenov First Moscow State Medical UniversityRussian Federation2018081020181783237Copyright © Аношкин К.И., Карандашева К.О., Танас А.С., Бессонова Л.А., Демина Н.А., Петухова М.С., Анисимова И.В., Залетаев Д.В., Стрельников В.В., 20182018Аношкин К.И., Карандашева К.О., Танас А.С., Бессонова Л.А., Демина Н.А., Петухова М.С., Анисимова И.В., Залетаев Д.В., Стрельников В.В.Anoshkin K.I., Karandasheva K.O., Tanas A.S., Bessonova L.A., Demina N.A., Petukhova M.S., Anisimova I.V., Zaletaev D.V., Strelnikov V.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/523

Проведено комплексное молекулярно-генетическое обследование 76 больных с туберозным склерозом. Для диагностики заболевания использовалась внедренная в практическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ» новая медицинская технология, которая включает в себя методы таргетного высокопроизводительного параллельного секвенирования (ВПС), мультиплексной амплификации лигированных зондов (MLPA), а также секвенирование ДНК по Сенгеру. Поиск точковых мутаций, а также малых делеций/инсерций в генах TSC1 и TSC2 осуществляли методом ВПС на приборе Ion S5. Для исключения артефактов секвенирования, подтверждения патогенности обнаруженных однонуклеотидных замен и выявления семейных случаев проводили секвенирование по Сенгеру. Для выявления протяженных делеций в генах TSC1 и TSC2 использовали метод MLPA. Патогенные генетические варианты выявлены в 46% случаев, из них 70% - в гене TSC2 , и 30% - в гене TSC1 . Подавляющее большинство мутаций было выявлено методом ВПС - 91,9%; методом MLPA протяженные делеции выявлены в 8,1% информативных образцов.

We performed a comprehensive molecular genetic examination of 76 patients with tuberous sclerosis. For establish molecular diagnosis of the disease, we applied a new medical technology that includes targeted high-throughput parallel DNA sequencing (NGS), multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA), and Sanger sequencing. Search for point mutations and small indels in the TSC1 and TSC2 genes was carried out with next generation sequencing on the Ion S5 instrument. In order to filter out sequencing artifacts, to establish pathogenicity of the detected single nucleotide substitutions, and to identify familial cases, Sanger sequencing was performed. To search for extended deletions, the MLPA method was used. In 46% cases mutations have been detected, 70% in the TSC2 gene, and 30% in the TSC1 gene. Overwhelming majority of mutations were detected by NGS (91.9%), and 8.1% were detected by MLPA.

туберозный склерозген TSC1ген TSC2медицинская технологиявысокопроизводительное параллельное секвенирование ДНКMLPAtuberous sclerosisTSC1 geneTSC2 genemedical technologyNGSMLPAReferencesIslam, M.P. and E.S. Roach, Tuberous sclerosis complex. Handb Clin Neurol, 2015. 132: 97-109.Islam, M.P. and E.S. Roach, Tuberous sclerosis complex. Handb Clin Neurol, 2015. 132: 97-109.Populo, H., J.M. Lopes, and P. Soares, The mTOR signalling pathway in human cancer. Int J Mol Sci, 2012. 13(2):1886-918.Populo, H., J.M. Lopes, and P. Soares, The mTOR signalling pathway in human cancer. Int J Mol Sci, 2012. 13(2):1886-918.Huang, J. and B.D. Manning, The TSC1-TSC2 complex: a molecular switchboard controlling cell growth. Biochem J, 2008. 412(2):179-90.Huang, J. and B.D. Manning, The TSC1-TSC2 complex: a molecular switchboard controlling cell growth. Biochem J, 2008. 412(2):179-90.Fokkema, I.F., et al., LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databases. Hum Mutat, 2011. 32(5):557-63.Fokkema, I.F., et al., LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databases. Hum Mutat, 2011. 32(5):557-63.Stenson, P.D., et al., Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. Hum Mutat, 2003. 21(6):577-81.Stenson, P.D., et al., Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. Hum Mutat, 2003. 21(6):577-81.Landrum, M.J., et al., ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1):D1062-D1067.Landrum, M.J., et al., ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1):D1062-D1067.Lek, M., et al., Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature, 2016. 536(7616):285-91.Lek, M., et al., Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature, 2016. 536(7616):285-91.Wang, K., M. Li, and H. Hakonarson, ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res, 2010. 38(16):e164.Wang, K., M. Li, and H. Hakonarson, ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res, 2010. 38(16):e164.Robinson, J.T., et al., Integrative genomics viewer. Nat Biotechnol, 2011. 29(1):24-6.Robinson, J.T., et al., Integrative genomics viewer. Nat Biotechnol, 2011. 29(1):24-6.Northrup H, K.M., Pearson DA, et al., Tuberous Sclerosis Complex. 2015.Northrup H, K.M., Pearson DA, et al., Tuberous Sclerosis Complex. 2015.Curatolo, P., et al., Genotype/Phenotype Correlations in Tuberous Sclerosis Complex. Semin Pediatr Neurol, 2015. 22(4):259-73.Curatolo, P., et al., Genotype/Phenotype Correlations in Tuberous Sclerosis Complex. Semin Pediatr Neurol, 2015. 22(4):259-73.Sancak, O., et al., Mutational analysis of the TSC1 and TSC2 genes in a diagnostic setting: genotype-phenotype correlations and comparison of diagnostic DNA techniques in Tuberous Sclerosis Complex. Eur J Hum Genet, 2005. 13(6):731-41.Sancak, O., et al., Mutational analysis of the TSC1 and TSC2 genes in a diagnostic setting: genotype-phenotype correlations and comparison of diagnostic DNA techniques in Tuberous Sclerosis Complex. Eur J Hum Genet, 2005. 13(6):731-41.Tyburczy, M.E., et al., Mosaic and Intronic Mutations in TSC1/TSC2 Explain the Majority of TSC Patients with No Mutation Identified by Conventional Testing. PLoS Genet, 2015. 11(11):e1005637.Tyburczy, M.E., et al., Mosaic and Intronic Mutations in TSC1/TSC2 Explain the Majority of TSC Patients with No Mutation Identified by Conventional Testing. PLoS Genet, 2015. 11(11):e1005637.Rosset, C., C.B.O. Netto, and P. Ashton-Prolla, TSC1 and TSC2 gene mutations and their implications for treatment in Tuberous Sclerosis Complex: a review. Genet Mol Biol, 2017. 40(1):69-79.Rosset, C., C.B.O. Netto, and P. Ashton-Prolla, TSC1 and TSC2 gene mutations and their implications for treatment in Tuberous Sclerosis Complex: a review. Genet Mol Biol, 2017. 40(1):69-79.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.