medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2018.03.49-54medgen-407Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHАнализ CNVs при анэмбрионии и неразвивающейся беременностиAnalysis of CNVs in anembrionic pregnancy and missed abortionsСавченкоР. Р.SavchenkoR. R.savchenko_renata@mail.ruКашевароваА. А.KashevarovaA. A.noemail@neicon.ruСкрябинН. А.SkryabinN. A.noemail@neicon.ruЖигалинаД. И.ZhigalinaD. I.noemail@neicon.ruЛопаткинаМ. Е.LopatkinaM. E.noemail@neicon.ruНикитинаТ. В.NikitinaT. V.noemail@neicon.ruВасильевС. А.VasilyevS. A.noemail@neicon.ruЛебедевИ. Н.LebedevI. N.noemail@neicon.ruНИИ медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр РАНРоссияResearch Institute of Medical Genetics, Tomsk NRMCRussian FederationНациональный исследовательский Томский государственный университетРоссияNational Research Tomsk State UniversityRussian Federation2018030420181734954Copyright © Савченко Р.Р., Кашеварова А.А., Скрябин Н.А., Жигалина Д.И., Лопаткина М.Е., Никитина Т.В., Васильев С.А., Лебедев И.Н., 20182018Савченко Р.Р., Кашеварова А.А., Скрябин Н.А., Жигалина Д.И., Лопаткина М.Е., Никитина Т.В., Васильев С.А., Лебедев И.Н.Savchenko R.R., Kashevarova A.A., Skryabin N.A., Zhigalina D.I., Lopatkina M.E., Nikitina T.V., Vasilyev S.A., Lebedev I.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/407

Несмотря на высокую частоту репродуктивных потерь, характерную для человека, вариации числа копий участков ДНК (CNVs) как одна из возможных причин невынашивания беременности остаются малоизученными. В связи с этим целью настоящего исследования являлся анализ CNVs при анэмбрионии и неразвивающейся беременности. Исследовано 29 образцов внезародышевых тканей спонтанных абортусов первого триместра беременности, полученных от женщин с диагнозом анэмбриония , и 18 образцов тканей, полученных от женщин с диагнозом неразвивающаяся беременность . Идентификация CNVs проведена методом матричной сравнительной геномной гибридизации (aCGH) на ДНК-микрочипах высокого разрешения. Выявлено 299 CNVs при анэмбрионии и 132 CNVs при неразвивающейся беременности. Некоторые потенциально патогенетически значимые CNVs были верифицированы методом ПЦР в реальном времени. При анэмбрионии выявлено 19 (54,3%) потенциально патогенетически значимых микроделеций и 16 (45,7%), микродупликаций, в то время как при неразвивающейся беременности в обследованной нами выборке обнаружены исключительно микродупликации хромосомных участков.

Despite the high frequency of early pregnancy losses in human embryo development, copy number variations (CNVs), as one of the possible causes of miscarriage, are insufficiently explored. The present study is aimed to search for copy number variations (CNVs) in euploid anembryonic pregnancies and missed abortions. The 29 samples of extraembryonic tissues from anembryonic pregnancies and 18 samples of extraembryonic mesoderm from missed abortions were analysed using array comparative genomic hybridization (CGH) on high-resolution microarrays. Copy number variations were detected in both experimental groups but their total number in anembryonic pregnancies (299 CNVs) were significantly higher than in the group of missed abortions (132 CNVs). Several CNVs were selectively verified using real-time PCR. The predominance of microdeletions in anembryonic pregnancies is noteworthy. Nineteen (54.3%) potentially pathogenic microdeletions and 16 (45.7%) microduplications were found in anembryonic pregnancies while there were only microduplications in the group of observed missed abortions.

анэмбриониянеразвивающаяся беременностьвариации числа копий участков ДНК (CNV)матричная сравнительная геномная гибридизация (aCGH)anembryonic pregnancymissed abortioncopy number variation (CNV)array comparative genomic hybridization (aCGH)ReferencesMacklon NS, Geraedts JP, Fauser BC. Conception to ongoing pregnancy: the «black box» of early pregnancy loss. Hum. Reprod. Update. 2002;8(4):333-343.Macklon NS, Geraedts JP, Fauser BC. Conception to ongoing pregnancy: the «black box» of early pregnancy loss. Hum. Reprod. Update. 2002;8(4):333-343.Неразвивающаяся беременность. Методические рекомендации МАРС / В.Е. Радзинский. - М.: Редакция журнала StatusPraesens, 2015. - 48 c.Неразвивающаяся беременность. Методические рекомендации МАРС / В.Е. Радзинский. - М.: Редакция журнала StatusPraesens, 2015. - 48 c.Лебедев ИН, Кашеварова АА, Скрябин НА и др. Матричная сравнительная геномная гибридизация (array-CGH) в диагностике хромомсомного дисбаланса и CNV-полиморфизма при анэмбрионии. Материалы II национального конгресса «Дискуссионные вопросы современного акушерства». 2013;LXII (2):117-125.Лебедев ИН, Кашеварова АА, Скрябин НА и др. Матричная сравнительная геномная гибридизация (array-CGH) в диагностике хромомсомного дисбаланса и CNV-полиморфизма при анэмбрионии. Материалы II национального конгресса «Дискуссионные вопросы современного акушерства». 2013;LXII (2):117-125.Griffin DK. The incidence, origin and etiology of aneuploidy. Int. Rev. Cytol. 1996;167:263-295.Griffin DK. The incidence, origin and etiology of aneuploidy. Int. Rev. Cytol. 1996;167:263-295.Bassett AS, Chow EW, Husted J et al. Clinical features of 78 adults with 22q11 Deletion Syndrome. Am J Med Genet A. 2005;138(4):307-313.Bassett AS, Chow EW, Husted J et al. Clinical features of 78 adults with 22q11 Deletion Syndrome. Am J Med Genet A. 2005;138(4):307-313.Blackwood DH, Fordyce A, Walker MT. Schizophrenia and affective disorders-cosegregation with a translocation at chromosome 1q42 that directly disrupts brain-expressed genes: clinical and P300 findings in a family. Am J Med Genet A. 2001;69(2):428-433.Blackwood DH, Fordyce A, Walker MT. Schizophrenia and affective disorders-cosegregation with a translocation at chromosome 1q42 that directly disrupts brain-expressed genes: clinical and P300 findings in a family. Am J Med Genet A. 2001;69(2):428-433.Glessner JT, Wang K, Cai J et al. Autism genome-wide copy number variation reveals ubiquitin and neuronal genes. Nature. 2009;459(7246):569-573.Glessner JT, Wang K, Cai J et al. Autism genome-wide copy number variation reveals ubiquitin and neuronal genes. Nature. 2009;459(7246):569-573.Aitman TJ, Dong R, Vyse TJ et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature. 2006;439(7078):851-855.Aitman TJ, Dong R, Vyse TJ et al. Copy number polymorphism in Fcgr3 predisposes to glomerulonephritis in rats and humans. Nature. 2006;439(7078):851-855.Schaeffer AJ, Chung J, Heretis K et al. Comparative genomic hybridization-array analysis enhances the detection of aneuploidies and submicroscopic imbalances in spontaneous miscarriages. Am. J. Hum. Genet. 2004;74:1168-1174.Schaeffer AJ, Chung J, Heretis K et al. Comparative genomic hybridization-array analysis enhances the detection of aneuploidies and submicroscopic imbalances in spontaneous miscarriages. Am. J. Hum. Genet. 2004;74:1168-1174.Benkhalifa M, Kasakyan S, Clement P et al. Array comparative genomic hybridization profiling of first-trimester spontaneous abortions that fail to grow in vitro. Prenat. Diagn. 2005;25:94-900.Benkhalifa M, Kasakyan S, Clement P et al. Array comparative genomic hybridization profiling of first-trimester spontaneous abortions that fail to grow in vitro. Prenat. Diagn. 2005;25:94-900.Shimokawa O, Harada N, Miyake N et al. Array comparative genomic hybridization analysis in first-trimester spontaneous abortions with «normal» karyotypes. Am. J. Hum. Genet. 2006;140:1931-1935.Shimokawa O, Harada N, Miyake N et al. Array comparative genomic hybridization analysis in first-trimester spontaneous abortions with «normal» karyotypes. Am. J. Hum. Genet. 2006;140:1931-1935.Conrad DF, Andrews TD, Carter NP et al. A high-resolution survey of deletion polymorphism in the human genome. Nat. Genet. 2006;38(1):75-81.Conrad DF, Andrews TD, Carter NP et al. A high-resolution survey of deletion polymorphism in the human genome. Nat. Genet. 2006;38(1):75-81.Menten B, Swerts K, Delle Chiaie B. Array comparative genomic hybridization and flow cytometry analysis of spontaneous abortions and mors in utero samples. BMC Medical Genetics. 2009;10:89-94.Menten B, Swerts K, Delle Chiaie B. Array comparative genomic hybridization and flow cytometry analysis of spontaneous abortions and mors in utero samples. BMC Medical Genetics. 2009;10:89-94.Rajcan-Separovic E, Diego-Alvarez D, Robinson WP et al. Identification of copy number variants in miscarriage from couples with idiopathic recurrent pregnancy loss. Hum. Reprod. 2010;25:2913-2922.Rajcan-Separovic E, Diego-Alvarez D, Robinson WP et al. Identification of copy number variants in miscarriage from couples with idiopathic recurrent pregnancy loss. Hum. Reprod. 2010;25:2913-2922.Rajcan-Separovic E, Qiao Y, Tyson C et al. Genomic changes detected by array CGH in human embryos with developmental defects. Hum. Reprod. 2010;16:125-134.Rajcan-Separovic E, Qiao Y, Tyson C et al. Genomic changes detected by array CGH in human embryos with developmental defects. Hum. Reprod. 2010;16:125-134.Robberecht С, Pexsters A, Deprest J et al. Cytogenetic and morphological analysis of early products of conception following hysteroembryoscopy from couples with recurrent pregnancy loss. Prenat. Diagn. 2012;4:1-10.Robberecht С, Pexsters A, Deprest J et al. Cytogenetic and morphological analysis of early products of conception following hysteroembryoscopy from couples with recurrent pregnancy loss. Prenat. Diagn. 2012;4:1-10.Database of genomic variants. URL: http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home (дата обращения 15.01.2016)Database of genomic variants. URL: http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home (дата обращения 15.01.2016)Database of genomic variation and phenotype in humans using Ensembl Resources URL: https://decipher.sanger.ac.uk/ (дата обращения: 20.01.2016).Database of genomic variation and phenotype in humans using Ensembl Resources URL: https://decipher.sanger.ac.uk/ (дата обращения: 20.01.2016).NCBI Gene. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ (дата обращения: 1.03.2016).NCBI Gene. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ (дата обращения: 1.03.2016).NCBI PubMed. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ (дата обращения: 1.03.2016).NCBI PubMed. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ (дата обращения: 1.03.2016).Genome Browser University of California Santa Cruz. URL: https://genome.ucsc.edu/ (дата обращения 20.03.2016).Genome Browser University of California Santa Cruz. URL: https://genome.ucsc.edu/ (дата обращения 20.03.2016).Genome browser Ensembl. URL: http://www.ensembl.org/index.html/ (дата обращения: 20.03.2016).Genome browser Ensembl. URL: http://www.ensembl.org/index.html/ (дата обращения: 20.03.2016).NCBI BLAST. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ (дата обращения: 20.03.2016).NCBI BLAST. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ (дата обращения: 20.03.2016).Viaggi CD, Cavani S, Malacarne M et al. First-trimester euploid miscarriages analysed by array-CGH. J Appl Genetics. 2013;54(3):353-359.Viaggi CD, Cavani S, Malacarne M et al. First-trimester euploid miscarriages analysed by array-CGH. J Appl Genetics. 2013;54(3):353-359.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.