medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2026.04.38-42medgen-3432Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTДискордантность транскриптома опухолей толстой кишки и метастазов: поиск маркеров метастазированияTranscriptome discordance in colon tumors and metastases: a search for metastasis markersБабышкинаН. Н.BabyshkinaN. N.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

34050, г. Томск, Московский тракт, д.2 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

2 Moskovsky tract, Tomsk, 634050 

nbabyshkina@mail.ruДроноваТ. А.DronovaT. A.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

КостромицкийД. Н.KostromitskiyD. N.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

ДобродеевА. Ю.DobrodeevA. Yu.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

ГервасП. А.GervasP. A.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

ЧердынцеваН. В.CherdyntsevaN. V.

634050, г. Томск, пер. Кооперативный, д. 5 

5 Kooperativny st., Tomsk, 634050 

Научно-исследовательский институт онкологии – филиал ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»; Сибирский государственный медицинский университет Министерства здравоохранения Российской ФедерацииРоссияCancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of Sciences; Siberian State Medical UniversityRussian FederationНаучно-исследовательский институт онкологии – филиал ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»РоссияCancer Research Institute, Tomsk National Research Medical Center, Russian Academy of SciencesRussian Federation2026100520262543842Copyright © Бабышкина Н.Н., Дронова Т.А., Костромицкий Д.Н., Добродеев А.Ю., Гервас П.А., Чердынцева Н.В., 20262026Бабышкина Н.Н., Дронова Т.А., Костромицкий Д.Н., Добродеев А.Ю., Гервас П.А., Чердынцева Н.В.Babyshkina N.N., Dronova T.A., Kostromitskiy D.N., Dobrodeev A.Y., Gervas P.A., Cherdyntseva N.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/3432

В кратком сообщении представлены результаты анализа транскриптомного профиля опухолей толстой кишки и метастазов в печень в процессе химиотерапии FOLFOXIRI у больных метастатическим раком толстой кишки (мРТК). Полнотранскриптомное секвенирование проведено на платформе DNBSeq с использованием набора DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit (MGI, China). Продемонстрирована трансформация транскриптома первичных опухолей толстой кишки и метастазов в печень в процессе предоперационной химиотерапии FOLFOXIRI в комбинации с таргетной терапией. Определена потенциальная панель кандидатных генов IL1RN, DUSP1, NAMPT, IL7R, PCSK9, DGAT1, EPS8L2 и FOS, вовлеченных в механизмы метастазирования и ответа на химиотерапию FOLFOXIRI.

This brief report presents the results of a transcriptome profile analysis of colon tumors and liver metastases during FOLFOXIRI chemotherapy in patients with metastatic colon cancer (mCRC). Whole-transcriptome sequencing was performed on the DNBSeq platform using the DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit (MGI, China). Transcriptome transformation of primary colon tumors and liver metastases during preoperative FOLFOXIRI chemotherapy in combination with targeted therapy was demonstrated. A potential panel of candidate genes, such as IL1RN, DUSP1, NAMPT, IL7R, PCSK9, DGAT1, EPS8L2, and FOS that are involved in metastasis and response to FOLFOXIRI was identified.

транскриптомметастатический рак толстой кишкимаркеры метастазированияхимиотерапия FOLFOXIRItranscriptomemetastatic colon cancermetastatic markersFOLFOXIRI chemotherapyРабота выполнена в рамках гранта РНФ № 22-15-00212.This study was supported by Russian Science Foundation grant No. 22-15-00212.ReferencesBenson A.B., Venook A.P., Al-Hawary M.M., et al. Colon Cancer, Version 2.2021, NCCN clinical practice guidelines in oncology. J Natl Compr Canc Netw. 2021; 19(3): 329–359. DOI:10.6004/jnccn.2021.0012.Benson A.B., Venook A.P., Al-Hawary M.M., et al. Colon Cancer, Version 2.2021, NCCN clinical practice guidelines in oncology. J Natl Compr Canc Netw. 2021; 19(3): 329–359. DOI:10.6004/jnccn.2021.0012.Состояние онкологической помощи населению России в 2024 году. Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. − Москва: МНИОИ им. П.А. Герцена − филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2025. − илл. – 275 с.Sostoyanie onkologicheskoj pomoshhi naseleniyu Rossii v 2024 godu. Pod red. A.D. Kaprina, V.V. Starinskogo, A.O. Shaxzadovoj. − Moskva: MNIOI im. P.A. Gercena − filial FGBU «NMICz radiologii» Minzdrava Rossii [The state of oncological care for the population of Russia in 2024. Edited by A.D. Kaprin, V.V. Starinsky, A.O. Shakhzadova. − Moscow: P.A. Herzen Moscow Oncology Research Institute − branch of the National Medical Research Center of Radiology of the Ministry of Health of the Russian Federation] 2025. – 275 p. (In Russ.)Folprecht G., Martinelli E., Mazard T., et al. Triplet chemotherapy in combination with anti-EGFR agents for the treatment of metastatic colorectal cancer: Current evidence, advances, and future perspectives. Cancer Treat Rev. 2022; 102:102301. DOI: 10.1016/j.ctrv.2021.102301.Folprecht G., Martinelli E., Mazard T., et al. Triplet chemotherapy in combination with anti-EGFR agents for the treatment of metastatic colorectal cancer: Current evidence, advances, and future perspectives. Cancer Treat Rev. 2022; 102:102301. DOI: 10.1016/j.ctrv.2021.102301.Zhang W., Zhou H., Jiang J., et al. Neoadjuvant chemotherapy with modified FOLFOXIRI for locally advanced rectal cancer to transform effectively EMVI and MRF from positive to negative: results of a long-term single center phase 2 clinical trial. BMC Cancer. 2023; 23:592. DOI:10.1186/s12885-023-11103-x.Zhang W., Zhou H., Jiang J., et al. Neoadjuvant chemotherapy with modified FOLFOXIRI for locally advanced rectal cancer to transform effectively EMVI and MRF from positive to negative: results of a long-term single center phase 2 clinical trial. BMC Cancer. 2023; 23:592. DOI:10.1186/s12885-023-11103-x.Kumbrink J., Bohlmann L., Mamlouk S., et al. Serial analysis of gene mutations and gene expression during first-line chemotherapy against metastatic colorectal cancer: identification of potentially actionable targets within the multicenter prospective biomarker study REVEAL. Cancers (Basel). 2022; 14(15):3631. DOI: 10.3390/cancers14153631.Kumbrink J., Bohlmann L., Mamlouk S., et al. Serial analysis of gene mutations and gene expression during first-line chemotherapy against metastatic colorectal cancer: identification of potentially actionable targets within the multicenter prospective biomarker study REVEAL. Cancers (Basel). 2022; 14(15):3631. DOI: 10.3390/cancers14153631.Estevez-Garcia P., Rivera F., Molina-Pinelo S., et al. Gene expression profile predictive of response to chemotherapy in metastatic colorectal cancer. Oncotarget. 2015 20; 6(8):6151–6159. DOI: 10.18632/oncotarget.3152.Estevez-Garcia P., Rivera F., Molina-Pinelo S., et al. Gene expression profile predictive of response to chemotherapy in metastatic colorectal cancer. Oncotarget. 2015 20; 6(8):6151–6159. DOI: 10.18632/oncotarget.3152.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.