Бурлаченко Анастасия Сергеевна
197022, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.9, литера А
Burlachenko Anastasia Sergeevna
9A, Professora Popova st., St. Petersburg, 197022
197022, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.9, литера А
199106, г. Санкт-Петербург, Большой пр. Васильевского острова, д.90, корп.2
9A, Professora Popova st., St. Petersburg, 197022
90, bldg. 2, Bolshoy pr. Vasilievsky Island, St. Petersburg, 199106
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
197022, г. Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.9, литера А
199034, г. Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3
628412, Ханты-Мансийский автономный округ – Югра, г. Сургут, пр. Ленина, д. 1
9A, Professora Popova st., St. Petersburg, 197022
3, Mendeleevskaya line, St. Petersburg, 199034
1, Lenina pr., Surgut, Khanty-Mansi Autonomous Okrug – Yugra, 628412
Среди миодистрофий, дебютирующих в раннем детском возрасте и требующих ранней диагностики и лечения, наиболее распространенной и тяжелой формой у пациентов мужского пола остается прогрессирующая мышечная дистрофия Дюшенна/ Беккера (МДД/МДБ, OMIM: 310200). Наиболее перспективным методом современной диагностики как второго этапа генетического скрининга пациентов с подозрением на МДД/МДБ является секвенирование клинического экзома. Данный подход позволяет идентифицировать патогенные и вероятно патогенные варианты не только в гене DMD, но и в генах, ассоциированных с другими формами наследственных нервно-мышечнных заболеваний (ННМЗ).
Цель исследования: провести оценку эффективности использования метода секвенирования клинического экзома как второго этапа генетического скрининга пациентов с подозрением на МДД/МДБ или иной формы ННМЗ в Северо-Западном регионе РФ. Основными критериями включения являлись: предварительно установленный клинический диагноз МДД/МДБ, значительное повышение уровня креатинфосфокиназы (креатинкиназы, КФК: >1000Ед/л), трансаминаз (согласно возрастным рефересным значениям) аланинаминотрансферазы (АЛТ) и аспартатаминотрансферазы (АСТ). На первом этапе пациентам с предполагаемым диагнозом МДД/МДБ было проведено исследование на наличие протяженных делеций и дупликаций в гене DMD методом мультиплексной лигазозависимой амплификации зондов. На втором этапе пациентам, у которых не были обнаружены делеции и дупликации, было проведено секвенирование «клинического» экзома методом NGS, включающее в себя 3332 гена. Всего было обследовано 167 пациентов, средний возраст которых составил 7±2 лет. Патогенные и вероятно патогенные варианты в гене DMD, а также в генах, ассоциированных с другими формами ННМЗ, описанные ранее у пациентов РФ, в нашей когорте были выявлены у 114 пациентов (68,3%). У 11 пациентов (6,6%) были обнаружены варианты в генах, которые не включены в существующие в РФ некоммерческие NGS панели для диагностики МДД/МДБ и других видов мышечных дистрофий, что подчеркивает важность проведения секвенирования экзома для дифференциальной диагностики.
Among myodystrophies that debut in early childhood and require early diagnosis and treatment, progressive Duchenne/Becker muscular dystrophy (DMD/BMD, OMIM: 310200) remains the most common and severe form in male patients. The most promising method of modern diagnostics as the second stage of genetic screening of patients with suspected DMD/BMD is clinical exome sequencing. This approach makes it possible to identify pathogenic and likely pathogenic variants not only in the DMD gene, but also in genes associated with other forms of neuromuscular diseases.
The aim of this study was to evaluate the use of clinical exome sequencing as the second stage of genetic screening of patients with suspected progressive Duchenne/Becker muscular dystrophy or other forms of NMD in the Northwestern region of the Russian Federation. The main inclusion criteria were: a previously established clinical diagnosis of DMD/BMD, as well as a significant increase in the level of creatine phosphokinase (creatine kinase, CPK) (>1000U/L), transaminases (according to age-referenced values) – alanine aminotransferase (ALT) and aspartate aminotransferase (AST). In the first stage of the study, patients with a presumptive diagnosis of DMD/BMD were tested for the presence of extended deletions and duplications in the DMD gene using the multiplex ligase chain reaction method. In a second step, patients in whom deletions and duplications were not detected were sequenced for the “clinical” exome by NGS, which includes 3332 genes. A total of 167 patients were examined, with a mean age of 7±2 years. Pathogenic and likely pathogenic variants in the DMD gene, as well as in genes associated with other forms of inherited neuromuscular diseases described previously in RF patients, were identified in 114 patients (68.3%) in our cohort. In 11 patients (6.6%), variants in genes that are not included in the existing RF noncommercial NGS panels for the diagnosis of DMD/BMD and other types of muscular dystrophies were detected, which emphasizes the importance of exome sequencing in patients with a presumptive diagnosis of DMD/BMD for differential diagnosis.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.