medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2025.09.89-92medgen-3185Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTАнализ экспрессии HERV-K (HML2) в образцах колоректального ракаAnalysis of HERV-K (HML2) expression in colorectal cancer samplesОбрезаненкоВ. С.ObrezanenkoV. S.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

vobrezanenko@cspfmba.ruМакароваА. С.MakarovaA. S.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ПримоваА. А.PrimovaA. A.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

КикотА. Д.KikotA. D.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ТарасоваД. А.TarasovaD. A.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

БолашоваЕ. С.BolashovaE. S.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ИвашечкинА. А.IvashechkinA. A.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

МахотенкоА. В.MakhotenkoA. V.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

СнигирьЕ. А.SnigirE. A.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ГрамматикатиК. С.GrammatikatiK. S.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

МитрофановС. И.MitrofanovS. I.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

КузнецоваО. А.KuznetsovaO. A.

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

24, Kashirskoe shosse, Moscow, 115522

ФедянинМ. Ю.FedyaninM. Y.

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

24, Kashirskoe shosse, Moscow, 115522

ТрякинА. А.TryakinA. A.

115522, г. Москва, Каширское шоссе, д. 24

24, Kashirskoe shosse, Moscow, 115522

МакаровВ. В.MakarovV. V.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ЮдинВ. С.YudinV. S.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1 

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

КескиновА. А.KeskinovA. A.

119121, г. Москва, ул. Погодинская, д. 10, стр. 1

10, building 1, Pogodinskaya st., Moscow, 119121

ФГБУ Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентстваРоссияCentre for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks of the Federal medical and biological agencyRussian FederationФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина Минздрава РоссииРоссияN.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology оf the Ministry of Health of the Russian FederationRussian Federation2025131120252498992Copyright © Обрезаненко В.С., Макарова А.С., Примова А.А., Кикот А.Д., Тарасова Д.А., Болашова Е.С., Ивашечкин А.А., Махотенко А.В., Снигирь Е.А., Грамматикати К.С., Митрофанов С.И., Кузнецова О.А., Федянин М.Ю., Трякин А.А., Макаров В.В., Юдин В.С., Кескинов А.А., 20252025Обрезаненко В.С., Макарова А.С., Примова А.А., Кикот А.Д., Тарасова Д.А., Болашова Е.С., Ивашечкин А.А., Махотенко А.В., Снигирь Е.А., Грамматикати К.С., Митрофанов С.И., Кузнецова О.А., Федянин М.Ю., Трякин А.А., Макаров В.В., Юдин В.С., Кескинов А.А.Obrezanenko V.S., Makarova A.S., Primova A.A., Kikot A.D., Tarasova D.A., Bolashova E.S., Ivashechkin A.A., Makhotenko A.V., Snigir E.A., Grammatikati K.S., Mitrofanov S.I., Kuznetsova O.A., Fedyanin M.Y., Tryakin A.A., Makarov V.V., Yudin V.S., Keskinov A.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/3185

Эндогенные ретровирусы человека (HERV) – это последствия инфекции ретровирусами, которые интегрировались в геном человека и сохранились в процессе эволюции. Подгруппа HML2 является частью семейства HERV-K и сохраняет активность в определенных типах клеток. Цель данного исследования: оценить экспрессию HML2 в образцах нормальных и опухолевых тканей пациентов с колоректальным раком (КРР) с использованием нескольких биоинформатических инструментов и сравнить их результаты.

Для анализа экспрессии HML2 использовали три биоинформатических инструмента: GeneTEFlow, TECount и Telescope. Дифференциальная экспрессия была оценена с помощью пакета DESeq2. В ходе исследования мы также провели проверку детектированных транспозиций в геномных данных с помощью инструмента MELT. Все локусы, показывающие экспрессию по транскриптомным данным, были подтверждены в геномных данных.

Выявлены локусы с повышенной экспрессией HML2 в образцах КРР: 1q22, 7p22.1, 8p23.1, 10q24.2, 11q12.1, 11p15.4b, 9q34.11, 19q13.41 и 22q11.23. В них находятся энхансеры и гены, регулирующие клеточный метаболизм, воспаление и иммунный ответ. Полученные результаты свидетельствуют о повышенной экспрессии HML2 в образцах КРР, что может указывать на возможное участие данных мобильных генетических элементов в процессах канцерогенеза. Для повышения точности и глубины исследования важно использовать несколько биоинформатических инструментов и анализировать пересекающиеся выходные данные, что позволяет минимизировать возможные ошибки и повысить достоверность результатов.

Human endogenous retroviruses (HERVs) are the consequences of retrovirus infections that have integrated into the human genome and have been preserved throughout evolution. The HML2 subgroup is a part of the HERV-K family and maintains activity in certain types of cells. The aim of the study is to assess the expression of HML2 in samples of normal and tumor tissues of patients with colorectal cancer (CRC) using several bioinformatics tools and compare the results.

The study analyzed RNA-Seq data from 48 samples obtained from 12 patients diagnosed with CRC. Three bioinformatics tools were used for the analysis of HML2 expression: GeneTEFlow, TECount, and Telescope. Differential expression was assessed using the DESeq2 package. In our study, we also performed verification of detected transpositions in genomic data using the MELT tool. All loci showing expression based on transcriptomic data were confirmed in the genomic data.

Loci with increased HML2 expression were identified in CRC samples: 1q22, 7p22.1, 8p23.1, 10q24.2, 11q12.1, 11p15.4b, 9q34.11, 19q13.41, and 22q11.23. These loci contain enhancers and genes that regulate cellular metabolism, inflammation, and immune response. The results indicate increased HML2 expression in CRC samples, which may suggest the involvement of these mobile genetic elements in carcinogenesis. To improve the accuracy and depth of the study, it is important to use several bioinformatics tools and analyze overlapping output data, which allows to minimize potential errors and increases the reliability of the results.

ретротранспорзоныэкспрессия HML2GeneTEFlowTECountTelescopeлокусы HML2retrotransposonsHML2 expressionGeneTEFlowTECountTelescopeHML2 lociИсследование проведено без спонсорской поддержки.The study was conducted without sponsorship.ReferencesKang Q., Guo X., Li T., et al. Identification of differentially expressed HERV-K(HML-2) loci in colorectal cancer. Front Microbiol. 2023;14:1192900. doi: 10.3389/fmicb.2023.1192900Kang Q., Guo X., Li T., et al. Identification of differentially expressed HERV-K(HML-2) loci in colorectal cancer. Front Microbiol. 2023;14:1192900. doi: 10.3389/fmicb.2023.1192900Jin Y., Tam O.H., Paniagua E., Hammell M. TEtranscripts: A package for including transposable elements in differential expression analysis of RNA-seq datasets. Bioinformatics. 2015;31(22):3593– 3599. doi: 10.1093/bioinformatics/btv422Jin Y., Tam O.H., Paniagua E., Hammell M. TEtranscripts: A package for including transposable elements in differential expression analysis of RNA-seq datasets. Bioinformatics. 2015;31(22):3593– 3599. doi: 10.1093/bioinformatics/btv422Bendall M.L., De Mulder M., Iñiguez L.P,. et al. Telescope: Characterization of the retrotranscriptome by accurate estimation of transposable element expression. PLoS Comput Biol. 2019;15(9):e1006453. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006453Bendall M.L., De Mulder M., Iñiguez L.P,. et al. Telescope: Characterization of the retrotranscriptome by accurate estimation of transposable element expression. PLoS Comput Biol. 2019;15(9):e1006453. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006453Liu X., Bienkowska J.R., Zhong W. GeneTEFlow: A Nextflow-based pipeline for analysing gene and transposable elements expression from RNA-Seq data. PLoS One. 2020;15(8):e0236805. doi: 10.1371/journal.pone.0232994Liu X., Bienkowska J.R., Zhong W. GeneTEFlow: A Nextflow-based pipeline for analysing gene and transposable elements expression from RNA-Seq data. PLoS One. 2020;15(8):e0236805. doi: 10.1371/journal.pone.0232994Karolchik D., Hinricks A.S., Furey T.S., et al. The UCSC table browser data retrieval tool. Nucleic Acids Res. 2004;32(Database issue):D493–D496. doi: 10.1093/nar/gkh103Karolchik D., Hinricks A.S., Furey T.S., et al. The UCSC table browser data retrieval tool. Nucleic Acids Res. 2004;32(Database issue):D493–D496. doi: 10.1093/nar/gkh103Gardner E.J., Lam V.K., Harris D.N., et al. The mobile element locator tool (MELT): Population-scale mobile element discovery and biology. Genome Res. 2017;27(11):1916–1929. doi: 10.1101/gr.218032.116Gardner E.J., Lam V.K., Harris D.N., et al. The mobile element locator tool (MELT): Population-scale mobile element discovery and biology. Genome Res. 2017;27(11):1916–1929. doi: 10.1101/gr.218032.116Anders S., Huber W. Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol. 2010;11(10):R106. doi: 10.1186/gb-2010-11-10-r106Anders S., Huber W. Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol. 2010;11(10):R106. doi: 10.1186/gb-2010-11-10-r106White N.M., Zhao S.G., Zhang J., et al. Multi-institutional Analysis Shows that Low PCAT-14 Expression Associates with Poor Outcomes in Prostate Cancer. Eur Urol. 2017;71(2):257-266. doi: 10.1016/j.eururo.2016.07.012White N.M., Zhao S.G., Zhang J., et al. Multi-institutional Analysis Shows that Low PCAT-14 Expression Associates with Poor Outcomes in Prostate Cancer. Eur Urol. 2017;71(2):257-266. doi: 10.1016/j.eururo.2016.07.012Walczak K., Wnorowski A., Turski W.A., Plech T. Kynurenic acid and cancer: facts and controversies. Cell Mol Life Sci. 2019;77(8):1531-1550. doi: 10.1007/s00018-019-03332-wWalczak K., Wnorowski A., Turski W.A., Plech T. Kynurenic acid and cancer: facts and controversies. Cell Mol Life Sci. 2019;77(8):1531-1550. doi: 10.1007/s00018-019-03332-wShelley J.R., Davidson D.J., Dorin J.R. The Dichotomous Responses Driven by β-Defensins. Front Immunol. 2020;11:1176. doi: 10.3389/fimmu.2020.01176Shelley J.R., Davidson D.J., Dorin J.R. The Dichotomous Responses Driven by β-Defensins. Front Immunol. 2020;11:1176. doi: 10.3389/fimmu.2020.01176Jedlitschky G., Hoffmann U., Kroemer H.K. Structure and function of the MRP2 (ABCC2) protein and its role in drug disposition. Expert Opin Drug Metab Toxicol. 2006;2(3):351-366. doi: 10.1517/17425255.2.3.351Jedlitschky G., Hoffmann U., Kroemer H.K. Structure and function of the MRP2 (ABCC2) protein and its role in drug disposition. Expert Opin Drug Metab Toxicol. 2006;2(3):351-366. doi: 10.1517/17425255.2.3.351

The authors declare that there are no conflicts of interest present.