medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2025.08.32-34medgen-3113Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTНаследственные нарушения копийности локусов BRCA1/2 у больных раком молочной железы и яичникаHereditary copy number variations of BRCA1/2 in breast and ovarian cancersАлексахинаС. Н.AleksakhinaS. N.

197758; ул. Ленинградская, д. 68; Песочный-2; Санкт-Петербург

197758; 68, Leningradskaya st.; Pesochny-2; Saint Petersburg

ПреображенскаяЕ. В.PreobrazhenskayaE. V.

197758; ул. Ленинградская, д. 68; Песочный-2; 194100; ул. Литовская, д. 2; Санкт-Петербург

197758; 68, Leningradskaya st.; Pesochny-2; 194100; 2, Litovskaya st.; Saint Petersburg

chekmarevaev@mail.ruСеминаМ. В.SyominaM. V.

197758; ул. Ленинградская, д. 68; Песочный-2; Санкт-Петербург

197758; 68, Leningradskaya st.; Pesochny-2; Saint Petersburg

БеляеваЕ. О.BelyaevaE. O.

197758; ул. Ленинградская, д. 68; Песочный-2; Санкт-Петербург

197758; 68, Leningradskaya st.; Pesochny-2; Saint Petersburg

ИмянитовЕ. Н.ImyanitovE. N.

197758; ул. Ленинградская, д. 68; Песочный-2; 194100; ул. Литовская, д. 2; Санкт-Петербург

197758; 68, Leningradskaya st.; Pesochny-2; 194100; 2, Litovskaya st.; Saint Petersburg

ФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н. Н. Петрова Минздрава РоссииРоссияN.N. Petrov Institute of OncologyRussian FederationФГБУ Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н. Н. Петрова Минздрава России; ФГБОУ ВО Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет Минздрава РоссииРоссияN.N. Petrov Institute of Oncology; St.-Petersburg State Pediatric Medical UniversityRussian Federation2025191020252483234Copyright © Алексахина С.Н., Преображенская Е.В., Семина М.В., Беляева Е.О., Имянитов Е.Н., 20252025Алексахина С.Н., Преображенская Е.В., Семина М.В., Беляева Е.О., Имянитов Е.Н.Aleksakhina S.N., Preobrazhenskaya E.V., Syomina M.V., Belyaeva E.O., Imyanitov E.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/3113

   Тестирование наследственных патогенных вариантов в генах BRCA1/2 сегодня стандартный компонент обследования пациенток с раком молочной железы и яичника. Как правило, ДНК-тестирование ограничивается идентификацией точковых мутаций и микроделеций/инсерций и практически не учитывает другие виды аберраций. Анализ CNV на данных таргетного NGS-исследования образцов ДНК больных раком молочной железы (n = 3925) и яичников (n = 1175) проводили инструментом gCNV GATK. Последующая верификация биоинформатически предсказанных нарушений копийности экзонов генов BRCA1/2 проводилась методом цифровой капельной ПЦР. В результате было обнаружено 35/5149 (0,7%) случаев с наследственными крупными перестройками в генах BRCA1 (n = 31) и BRCA2 (n = 4). Самым частым вариантом оказался BRCA1 exon 1-2 del (n = 11). Молодой возраст постановки диагноза, как и для микромутаций в этих генах, значительно повышает вероятность обнаружения CNV-мутаций (рак молочной железы: 21/2294 (0,9%) vs 6/1631 (0,4%) p = 0,0247; рак яичников 6/328 (1,8 %) vs 2/847 (0,2 %) p = 0,0062). CNV составляют 5,6 % от всех патогенных вариантов в генах BRCA1/2, что определяет необходимость интеграции анализа CNV в рутинную диагностику наследственных опухолевых синдромов.

   Testing of hereditary pathogenic variants in the BRCA1/2 genes is standard component of the evaluation of patients with breast cancer and ovarian cancer. Routine DNA testing is limited to the identification of point mutations and microdeletions/insertions, and practically does not take into account other types of aberrations. CNV analysis based on data from a targeted NGS study of DNA samples from patients with breast cancer (n = 3925) and breast cancer (n = 1175) was performed with the gCNV GATK tool. The subsequent verification of bioinformatically predicted CNV of BRCA1/2 exons was carried out by digital droplet PCR. We detected 35/5149 (0.7%) cases with hereditary large rearrangements in the BRCA1 (n = 31) and BRCA2 (n = 4). The most frequent CNV was BRCA1 exon 1-2 del (n = 11). The young age of diagnosis significantly increases the probability of detecting CNV mutations (breast cancer: 21/2294 (0.9 %) vs 6/1631 (0.4 %) p = 0.0247; ovarian cancer: 6/328 (1.8 %) vs 2/847 (0.2 %) p = 0.0062), similarly micromutations in these genes. CNVs account for approximately 5.6 % of all pathogenic variants in the BRCA1 and BRCA2 genes. This indicates the need for integrating CNV analysis into routine diagnosis of hereditary cancer syndromes.

BRCA1/2нарушение копийности локусов (CNV)NGSddPCRрак молочной железырак яичниковBRCA1/2copy number variation (CNV)NGSddPCRbreast cancerovarian cancerИсследование проводилось при поддержке гранта РНФ 24-45-10007The study was supported by the Russian Science Foundation grant 24-45-10007ReferencesHan S.A., Kim S.W. BRCA and Breast Cancer-Related High-Penetrance Genes. Adv Exp Med Biol. 2021;1187:473-490. doi: 10.1007/978-981-32-9620-6_25.Han S.A., Kim S.W. BRCA and Breast Cancer-Related High-Penetrance Genes. Adv Exp Med Biol. 2021;1187:473-490. doi: 10.1007/978-981-32-9620-6_25.Barnard M.E., Meeks H., Jarboe E.A., et al. Familial risk of epithelial ovarian cancer after accounting for gynaecological surgery: a population-based study. J Med Genet. 2023;60(2):119-127. doi: 10.1136/jmedgenet-2021-108402.Barnard M.E., Meeks H., Jarboe E.A., et al. Familial risk of epithelial ovarian cancer after accounting for gynaecological surgery: a population-based study. J Med Genet. 2023;60(2):119-127. doi: 10.1136/jmedgenet-2021-108402.Easton D.F. How many more breast cancer predisposition genes are there? Breast Cancer Res. 1999;1(1):14-7. doi: 10.1186/bcr6.Easton D.F. How many more breast cancer predisposition genes are there? Breast Cancer Res. 1999;1(1):14-7. doi: 10.1186/bcr6.Caputo S.M., Telly D., Briaux A., et al. 5’ Region Large Genomic Rearrangements in the BRCA1 Gene in French Families: Identification of a Tandem Triplication and Nine Distinct Deletions with Five Recurrent Breakpoints. Cancers (Basel). 2021;13(13):3171. doi: 10.3390/cancers13133171.Caputo S.M., Telly D., Briaux A., et al. 5’ Region Large Genomic Rearrangements in the BRCA1 Gene in French Families: Identification of a Tandem Triplication and Nine Distinct Deletions with Five Recurrent Breakpoints. Cancers (Basel). 2021;13(13):3171. doi: 10.3390/cancers13133171.Chandrasekaran D., Sobocan M., Blyuss O., et al. Implementation of Multigene Germline and Parallel Somatic Genetic Testing in Epithelial Ovarian Cancer: SIGNPOST Study. Cancers (Basel). 2021;13(17):4344. doi: 10.3390/cancers13174344.Chandrasekaran D., Sobocan M., Blyuss O., et al. Implementation of Multigene Germline and Parallel Somatic Genetic Testing in Epithelial Ovarian Cancer: SIGNPOST Study. Cancers (Basel). 2021;13(17):4344. doi: 10.3390/cancers13174344.Sokolenko A.P., Sokolova T.N., Ni V.I., et al. Frequency and spectrum of founder and non-founder BRCA1 and BRCA2 mutations in a large series of Russian breast cancer and ovarian cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2020;184(1):229-235. doi: 10.1007/s10549-020-05827-8.Sokolenko A.P., Sokolova T.N., Ni V.I., et al. Frequency and spectrum of founder and non-founder BRCA1 and BRCA2 mutations in a large series of Russian breast cancer and ovarian cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2020;184(1):229-235. doi: 10.1007/s10549-020-05827-8.Preobrazhenskaya E.V., Bizin I.V., Kuligina E.S., et al. Detection of BRCA1 gross rearrangements by droplet digital PCR. Breast Cancer Res Treat. 2017;165(3):765-770. doi: 10.1007/s10549-017-4357-7.Preobrazhenskaya E.V., Bizin I.V., Kuligina E.S., et al. Detection of BRCA1 gross rearrangements by droplet digital PCR. Breast Cancer Res Treat. 2017;165(3):765-770. doi: 10.1007/s10549-017-4357-7.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.