30090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, д.10,
630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, д. 1
10, Lavrentjev avenue, Novosibirsk, 10630090,
1, Pirogova st., Novosibirsk, 1630090
30090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, д.10,
630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, д. 1
10, Lavrentjev avenue, Novosibirsk, 10630090,
1, Pirogova st., Novosibirsk, 1630090
30090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, д.10,
630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, д. 1
10, Lavrentjev avenue, Novosibirsk, 10630090,
1, Pirogova st., Novosibirsk, 1630090
30090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, д.10,
630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, д. 1
10, Lavrentjev avenue, Novosibirsk, 10630090,
1, Pirogova st., Novosibirsk, 1630090
30090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, д.10,
630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, д. 1
10, Lavrentjev avenue, Novosibirsk, 10630090,
1, Pirogova st., Novosibirsk, 1630090
Ген SLC26A4 является одним из наиболее значимых в этиологии наследственных форм потери слуха во многих популяциях мира. В настоящее время известно около 600 патогенных SLC26A4-вариантов и, по-видимому, не менее чем 25% из них приводят к нарушению сплайсинга. В работе представлены результаты экспериментального in vitro анализа влияния на сплайсинг нескольких редких вариантов гена SLC26A4, выявленных у пациентов с потерей слуха из Республик Тыва и Алтай (Южная Сибирь), с использованием системы минигенов. Выбор этих вариантов обусловлен неоднозначностью оценок, полученных с помощью биоинформатических прогностических программ. Экспериментально подтвержден патогенный эффект интронного варианта c.2034+1G>A, приводящего к аберрантному сплайсингу. Функциональный анализ интронного варианта c.1708-18T>A показал, что нарушение акцепторного сайта и пропуск экзона 16 наблюдался только в небольшой части транскриптов с этим вариантом, а три интронных варианта c.1545-168A>G, c.1708-125T>C, c.1804-31C>T и экзонный вариант c.1545T>G не влияют на процесс сплайсинга в системе in vitro. Полученные данные подчеркивают важность комплексного подхода при оценке эффектов генетических вариантов, сочетающего прогнозы in silico с функциональным анализом in vitro, что необходимо для корректной интерпретации выявленных генетических нарушений и постановки точного молекулярно-генетического диагноза.
The SLC26A4 gene is one of the most significant in the etiology of hereditary forms of hearing loss in many populations of the world. Currently, about 600 pathogenic SLC26A4 variants are known and, apparently, at least 25% of them lead to aberrant splicing. This study presents the results of an experimental in vitro analysis of the effect on splicing of several rare variants of the SLC26A4 gene identified in patients with hearing loss from the Republics of Tyva and Altai (Southern Siberia), using a minigene assay. The choice of these variants is due to the ambiguity of assessments obtained using bioinformatic prognostic programs. The pathogenic effect of the intronic variant c.2034+1G>A, leading to aberrant splicing, was experimentally confirmed. Functional analysis of the intronic variant c.1708- 18T>A showed that the acceptor site disruption and exon 16 skipping were observed only in a small proportion of transcripts with this variant, and three intronic variants c.1545-168A>G, c.1708-125T>C, c.1804-31C>T and the exon variant c.1545T>G did not affect the splicing process in the in vitro system. The obtained data emphasize the importance of an integrated approach to assessing the effects of genetic variants, combining in silico predictions with in vitro functional analysis, which is necessary for the correct interpretation of the identified genetic variations and accurate molecular genetic diagnosis.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.