medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLC10.25557/2073-7998.2022.11.62-66medgen-2203Research ArticleКРАТКОЕ СООБЩЕНИЕBRIEF REPORTКомплексный анализ метилирования генов р53-респонзивных микроРНК и мутаций гена ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфомеComplex analysis of p53-responsive microRNA genes methylation and TР53 gene mutations in Diffuse Large B-cell LymphomaВоропаеваЕ. Н.VoropaevaE. N.vena.81@mail.ruПоспеловаТ. И.PospelovaT. I.noemail@neicon.ruЧуркинаМ. И.ChurkinaM. I.noemail@neicon.ruГуражеваА. А.GurazhevaA. A.noemail@neicon.ruВоеводаМ. И.VoevodaM. I.noemail@neicon.ruМаксимовВ. Н.MaximovV. N.noemail@neicon.ruНаучно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины - филиал ФГБНУ «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики СО РАН»РоссияResearch Institute of Internal and Preventive Medicine - Branch of the «Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of Russian Academy of Sciences»Russian FederationФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава РоссииРоссияNovosibirsk State Medical University of the Ministry of Health of the Russian FederationRussian Federation20221301202321116266Copyright © Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Чуркина М.И., Гуражева А.А., Воевода М.И., Максимов В.Н., 20232023Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Чуркина М.И., Гуражева А.А., Воевода М.И., Максимов В.Н.Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Churkina M.I., Gurazheva A.A., Voevoda M.I., Maximov V.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/2203

Актуальность. Сравнение экспрессии микроРНК в опухолевой ткани лимфом и нормальной лимфоидной ткани выявило снижение уровня экспрессии ряда р53-индуцируемых онкосупрессорных молекул, таких как микроРНК-34a, микроРНК-34b/c, микроРНК-129 и микроРНК-203, которое помимо мутаций в гене ТР53 может быть вызвано аберрациями в участках генома, кодирующих сами микроРНК. Цель. Провести комплексный анализ метилирования генов р53-респонзивных микроРНК MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-203 и MIR-129-2 и мутаций гена ТР53 при диффузной В-клеточной крупноклеточной лимфоме (ДВККЛ). Методы. Проанализировано 73 образца ДНК, выделенной из опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ. Методом капиллярного прямого секвенирования по Сэнгеру определена нуклеотидная последовательность ДНК-связывающего домена гена ТР53. Определение статуса метилирования осуществляли методами метил-специфичной ПЦР (для MIR-203 и MIR-129-2) и метил-чувствительного анализа кривых плавления высокого разрешения (для MIR-34А и MIR-34В/С) с применением ДНК, подвергшейся обработке бисульфитом натрия. Результаты. Частота метилирования генов MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-203 и MIR-129-2 и мутации в гене ТР53 составила 27%, 62%, 66%, 67% и 25%, соответственно. Метилирование анализируемых генов р53-респонзивных микроРНК и мутации в гене ТР53 в опухолевой ткани ДВККЛ у большей части пациентов имели тенденцию к взаимному исключению. Показана значимая ассоциация (р<0,05) между метилированием генов MIR-203, MIR-129-2 и MIR-34B/C, а также парой MIR-34B/C и MIR-34A. В 14% случаев имело место метилирование всех 4, а в 47% - 3 проанализированных генов. Выводы. Наряду с мутациями в гене ТР53, аберрантное метилирование может являться самостоятельной причиной снижения экспрессии микроРНК-34a, микроРНК-34b/c, микроРНК-129 и микроРНК-203. Метилирование генов MIR-34А, MIR-34В/С, MIR-203 и MIR-129-2 в опухолевой ткани ДВККЛ в большинстве случаев носит сочетанный характер.

Relevance. Comparison of microRNA expression in lymphoma and normal lymphoid tissue revealed a decrease in the expression level of a number of p53-induced oncosuppressive molecules, such as miR-34a, miR-34b/c, miR-129 and miR-203, which, in addition to mutations in the TP53 gene, can be caused by aberrations in the genome regions encoding the microRNAs themselves. Purpose. To carry out a comprehensive analysis of the p53-responsive microRNAs genes MIR-34A, MIR-34B/C, MIR-203 and MIR-129-2 methylation and mutations of the TP53 gene in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Methods. 73 samples of DNA isolated from tumor tissue of patients with DLBCL were analyzed. The nucleotide sequence of the TP53 gene DNA-binding domain was determined by capillary direct Sanger sequencing. The methylation status was determined by methyl-specific PCR (for MIR-203 and MIR-129-2) and methyl-sensitive analysis of high-resolution melting curves (for MIR-34A and MIR-34B/C) using DNA treated with sodium bisulfite. Results. The frequency of MIR-34A, MIR-34B/C, MIR-203 and MIR-129-2 genes methylation and TP53 gene mutations was 27%, 62%, 66%, 67% and 25%, respectively. Methylation of the analyzed genes of p53-responsive microRNAs and mutations in the TP53 gene in the tumor tissue of DLBCL in the most patients tended to mutual exclusion. A significant association (p < 0.05) was shown between the methylation of the MIR-203, MIR-129-2 and MIR-34B/C genes, as well as the MIR-34B/C and MIR-34A pair. In 14% and 47% of DLBCL cases all four genes and three of the analyzed genes were methylated, respectively. Conclusions. Along with mutations in the TP53 gene aberrant methylation may be an independent cause of decreased miR-34a, miR-34b/c, miR-129 and miR-203 expression. Methylation of the MIR-34A, MIR-34B/C, MIR-203 and MIR-129-2 genes in the tumor tissue of DLBCL in most cases is of a combined nature.

ген ТР53микроРНКметилированиемикроРНК-34aмикроРНК-34b/cмикроРНК-129микроРНК-203лимфомаТР53 genemicroRNAmethylationmiR-34amiR-34b/cmiR-129miR-203lymphomaReferencesArribas A.J., Gómez-Abad C., Sánchez-Beato M. et al. Splenic marginal zone lymphoma: comprehensive analysis of gene expression and miRNA profiling. Mod Pathol. 2013;26(7):889-901.Arribas A.J., Gómez-Abad C., Sánchez-Beato M. et al. Splenic marginal zone lymphoma: comprehensive analysis of gene expression and miRNA profiling. Mod Pathol. 2013;26(7):889-901.Craig V.J., Cogliatti S.B., Rehrauer H. et al. Epigenetic silencing of microRNA-203 dysregulates ABL1 expression and drives Helicobacter-associated gastric lymphomagenesis. Cancer Res. 2011;71(10):3616-24.Craig V.J., Cogliatti S.B., Rehrauer H. et al. Epigenetic silencing of microRNA-203 dysregulates ABL1 expression and drives Helicobacter-associated gastric lymphomagenesis. Cancer Res. 2011;71(10):3616-24.Воропаева Е.Н., Березина О.В., Чуркина М.И. и др. Аберрантная экспрессия и метилирование генов отдельных микроРНК при лимфопролиферативных заболеваниях: обзор литературы. Journal of Siberian Medical Sciences. 2021; 4:108-133.Воропаева Е.Н., Березина О.В., Чуркина М.И. и др. Аберрантная экспрессия и метилирование генов отдельных микроРНК при лимфопролиферативных заболеваниях: обзор литературы. Journal of Siberian Medical Sciences. 2021; 4:108-133.Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Березина О.В. и др. Метилирование генов р53-респонзивных онкосупрессорных микроРНК при гемобластозах. Сибирский онкологический журнал. 2022;21(2):130-142.Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Березина О.В. и др. Метилирование генов р53-респонзивных онкосупрессорных микроРНК при гемобластозах. Сибирский онкологический журнал. 2022;21(2):130-142.Solé C., Larrea E., Di PG. et al. miRNAs in B-cell lymphoma: Molecular mechanisms and biomarker potential. Cancer Lett. 2017; 405: 79-89.Solé C., Larrea E., Di PG. et al. miRNAs in B-cell lymphoma: Molecular mechanisms and biomarker potential. Cancer Lett. 2017; 405: 79-89.Gao J., Aksoy B.A., Dogrusoz U. et al.Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal. Sci Signal. 2013;6(269):pl1.Gao J., Aksoy B.A., Dogrusoz U. et al.Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal. Sci Signal. 2013;6(269):pl1.Piovan C., Palmieri D., Di Leva G. et al. Oncosuppressive role of p53-induced miR-205 in triple negative breast cancer. Mol Oncol. 2012;6(4):458-72.Piovan C., Palmieri D., Di Leva G. et al. Oncosuppressive role of p53-induced miR-205 in triple negative breast cancer. Mol Oncol. 2012;6(4):458-72.Larrabeiti-Etxebarria A., Lopez-Santillan M., Santos-Zorrozua B. et al. A Systematic Review of the Potential of MicroRNAs in Diffuse Large B Cell Lymphoma. Cancers (Basel). 2019;11(2):144.Larrabeiti-Etxebarria A., Lopez-Santillan M., Santos-Zorrozua B. et al. A Systematic Review of the Potential of MicroRNAs in Diffuse Large B Cell Lymphoma. Cancers (Basel). 2019;11(2):144.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.