medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLCmedgen-193Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHГенетические маркеры фиброгенеза при хроническом вирусном гепатите СGenetic markers of fibrogenesis in determining susceptibility to chronic hepatitis C virus infectionГончароваИ. А.GoncharovaI. A.irina.goncharova@medgenetics.ruНазаренкоМ. С.NazarenkoM. S.noemail@neicon.ruТарасенкоН. В.TarasenkoN. V.noemail@neicon.ruМарковА. В.MarkovA. V.noemail@neicon.ruБелобородоваЕ. В.BeloborodovaE. V.noemail@neicon.ruПузыревВ. П.PuzyrevV. P.noemail@neicon.ruТомский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияResearch Institute of Medical GeneticsRussian FederationТомский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Сибирский государственный медицинский университетРоссияResearch Institute of Medical Genetics; Siberian State Medical UniversityRussian FederationСибирский государственный медицинский университетРоссияSiberian State Medical UniversityRussian FederationТомский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук; Сибирский государственный медицинский университетРоссияResearch Institute of Medical GeneticsRussian Federation20162601201715122936Copyright © Гончарова И.А., Назаренко М.С., Тарасенко Н.В., Марков А.В., Белобородова Е.В., Пузырев В.П., 20172017Гончарова И.А., Назаренко М.С., Тарасенко Н.В., Марков А.В., Белобородова Е.В., Пузырев В.П.Goncharova I.A., Nazarenko M.S., Tarasenko N.V., Markov A.V., Beloborodova E.V., Puzyrev V.P.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/193

В исследование включены больные хроническим вирусным гепатитом С (ХВГС) (n = 184) и популяционная выборка жителей г.Томска (n = 285). Генотипирование 58 полиморфных вариантов выполнено методом масс-спектрометрии на приборе Sequenom MassARRAY® (США). Статистическая обработка данных проводилась в программной среде R с помощью стандартного пакета «stats» (версия 3.0.3) [http://www.R-project.org/]. Больные ХВГС характеризуются более высокой частотой аллелей «А» rs679620 гена MMP3 (OR = 1,74, 95%CI: 1,25-2,42; p = 0,0001) и «С» rs3739998 гена KIAA1462 (OR = 1,33, 95%CI: 1,01-1,75; р = 0,044) и более низкой частотой аллелей «Т» rs20579 гена LIG1 (OR = 0,55, 95%CI: 0,36-0,84; р = 0,004), «G» rs3765124 гена ADAMDEC1 (OR = 0,68, 95%CI: 0,51-0,84; р = 0,006) и «С» rs1007856 гена ITGB5 (OR = 0,75, 95%CI: 0,57-0,99; p = 0,045), по сравнению с контрольной группой. Предрасполагающими к развитию ХВГС являются генотипы «СС» rs10087305 (OR = 5,83, 95%CI: 1,74-19,02; р = 0,002) и «АА» rs3765124 (OR = 1,78, 95%CI: 1,16-8,46; р = 0,008) гена ADAMDEC1 ; «АА» rs679620 гена MMP3 (OR = 2,40, 95%CI: 1,40-4,12; р = 0,001); «TT» rs1007856 гена ITGB5 (OR = 1,74, 95%CI: 1,10-2,73; р = 0,015); «СС» rs20579 гена LIG1 (OR = 1,92, 95%CI: 1,18-3,12; р = 0,007); «СС» rs3739998 гена KIAA1462 (OR = 1,89, 95%CI: 1,16-3,10; р = 0,009). Таким образом, в предрасположенность ХВГС вносят вклад гены регуляции метаболизма экстрацеллюлярного матрикса ( ADAMDEC1 ; MMP3; ITGB5 ), непосредственно влияющие на процессы фиброгенеза, а также гены, ответственные за функционирование эндотелия ( KIAA1462 ) и репарацию ДНК ( LIG1 ).

The study included patients with chronic viral hepatitis C (chronic HCV) (n = 184) and a population-based sample of Tomsk residents (n = 285). Genotyping of 58 polymorphic variants was performed using mass spectrometry on the Sequenom MassARRAY ® (USA). Statistical data processing was carried out in the software environment R. Patients with chronic HCV have higher frequency of ‘A’ allele of the MMP3 gene variant rs650108 (OR = 1,74, 95%CI: 1,25-2,42; p = 0,0001), and ‘C’ allele of the KIAA1462 gene variant rs3739998 (OR = 1,33, 95%CI: 1,01-1,75; p = 0,044) and a lower frequency of ‘T’ allele of the LIG1 gene variant rs20579 (OR = 0,55, 95%CI: 0,36-0,84; p = 0,004), ‘G’ allele of the ADAMDEC1 gene variant rs3765124 (OR = 0,68, 95%CI: 0,51-0,84; p = 0,006) and ‘C’ allele of the ITGB5 gene variant rs1007856 (OR = 0,75, 95%CI: 0,57-0,99; p = 0,045) compared with the controls. The following genotypes are predisposing to the development of chronic HCV: ‘CC’ of the rs10087305 variant (OR = 5,83, 95%CI: 1,74-19,02; p = 0,002) and ‘AA’ of the rs3765124 variant (OR = 1,78, 95%CI: 1,16-8,46; p = 0,008) of the ADAMDEC1 gene; ‘AA’ of the MMP3 gene variant rs679620 (OR = 2,40, 95%CI: 1,40-4,12; p = 0,001); ‘TT’ of the ITGB5 gene variant rs1007856 (OR = 1,74, 95%CI: 1,10-2,73; р = 0,015); ‘CC’ of the LIG1 gene variant rs20579 (OR = 1,92, 95%CI: 1,18-3,12; p = 0,007); ‘CC’ of the KIAA1462 gene variant rs3739998 (OR = 1,89, 95%CI: 1,16-3,10; p = 0,009). Therefore, in susceptibility to chronic HCV contribute genes of extracellular matrix metabolism regulation ( ADAMDEC1; MMP3; ITGB5 ), directly affecting the processes of fibrogenesis, as well as genes responsible for the endothelial function ( KIAA1462 ) and DNA repair ( LIG1 ).

хронический вирусный гепатит С (ХВГС)гены ADAM-подобного дицеклина 1 (ADAMDEC1)металлопротеазы 3 (ММР3)интегрина бета 5 (ITGB5)лигазы 1 (LIG1)KIAA146chronic viral hepatitis C (chronic HCV)ADAM-Like Decysin 1 gene (ADAMDEC1)metalloprotease 3 gene (ММР3)integrin beta 5 gene (ITGB5)ligase 1 gene (LIG1)KIAA1462ReferencesГончарова И.А., Кучер А.Н., Тарасенко Н.В., и др. Разработка панели генетических маркеров фиброгенеза и оценка ее информативности для русского населения г.Томска // Медицинская генетика. - 2015. - №8. - С.7-12.Гончарова И.А., Кучер А.Н., Тарасенко Н.В., и др. Разработка панели генетических маркеров фиброгенеза и оценка ее информативности для русского населения г.Томска // Медицинская генетика. - 2015. - №8. - С.7-12.Гончарова И.А., Макеева О.А., Голубенко М.В., и др. Гены фиброгенеза в детерминации предрасположенности к инфаркту миокарда // Молекулярная биология. - 2016. - Т. 50, № 1. - С. 94-105.Гончарова И.А., Макеева О.А., Голубенко М.В., и др. Гены фиброгенеза в детерминации предрасположенности к инфаркту миокарда // Молекулярная биология. - 2016. - Т. 50, № 1. - С. 94-105.Гончарова И.А., Тарасенко Н.В., Макеева О.А., и др. Полиморфизм гена ADAMDEC1 и его вклад в развитие заболеваний, характеризующихся процессами фиброгенеза // Медицинская генетика.- 2015. - №9. - С.24-30.Гончарова И.А., Тарасенко Н.В., Макеева О.А., и др. Полиморфизм гена ADAMDEC1 и его вклад в развитие заболеваний, характеризующихся процессами фиброгенеза // Медицинская генетика.- 2015. - №9. - С.24-30.Емельянова А.Н., Витковский Ю.А. Полиморфизм генов цитокинов ИЛ2 (T330G), ИЛ10 (C819T) и ил10 (G1082A) при хроническом вирусном гепатите C // Молекулярная медицина. - 2013. - №3. - С. 41-44.Емельянова А.Н., Витковский Ю.А. Полиморфизм генов цитокинов ИЛ2 (T330G), ИЛ10 (C819T) и ил10 (G1082A) при хроническом вирусном гепатите C // Молекулярная медицина. - 2013. - №3. - С. 41-44.Лукманова Л.И., Давлетшин Р.А., Юлдашев В.Л. и др. Поиск ассоциаций полиморфных вариантов генов XRCC1, XPD и XRCC3 с повышенным риском развития алкогольного гепатита // Медицинская генетика. - 2011. - № 9. - С. 31-35.Лукманова Л.И., Давлетшин Р.А., Юлдашев В.Л. и др. Поиск ассоциаций полиморфных вариантов генов XRCC1, XPD и XRCC3 с повышенным риском развития алкогольного гепатита // Медицинская генетика. - 2011. - № 9. - С. 31-35.Щёкотова А.П., Котельникова Л.П., Мугатаров И.Н., Федачук Н.Н. Эндотелиальная дисфункция, воспаление и фиброз при гепатобилиарной патологии // Фундаментальные исследования. - 2013. - № 5. - С. 451-455.Щёкотова А.П., Котельникова Л.П., Мугатаров И.Н., Федачук Н.Н. Эндотелиальная дисфункция, воспаление и фиброз при гепатобилиарной патологии // Фундаментальные исследования. - 2013. - № 5. - С. 451-455.Azizian-Farsani F., Rafiei G., Saadat M. Impact of Sodium Arsenite on Chromosomal Aberrations With Respect to Polymorphisms of Detoxification and DNA Repair Genes // International Journal of Toxicology. - 2014. - Vol. 33, №6. - P. 518-522.Azizian-Farsani F., Rafiei G., Saadat M. Impact of Sodium Arsenite on Chromosomal Aberrations With Respect to Polymorphisms of Detoxification and DNA Repair Genes // International Journal of Toxicology. - 2014. - Vol. 33, №6. - P. 518-522.Boyd J., Luo B., Peri S.,et al. Whole exome sequence analysis of serous borderline tumors of the ovary // Gynecol Oncol. - 2013. - Vol. 130, №3. - P. 560-564.Boyd J., Luo B., Peri S.,et al. Whole exome sequence analysis of serous borderline tumors of the ovary // Gynecol Oncol. - 2013. - Vol. 130, №3. - P. 560-564.Buch S.C., Diergaarde B., Nukui T., Day R.S., et al. Genetic variability in DNA repair and cell cycle control pathway genes and risk of smoking-related lung cancer // Mol. Carcinog. - 2012. - Vol. 51. - P. 11-20.Buch S.C., Diergaarde B., Nukui T., Day R.S., et al. Genetic variability in DNA repair and cell cycle control pathway genes and risk of smoking-related lung cancer // Mol. Carcinog. - 2012. - Vol. 51. - P. 11-20.Chen Y., Nixon N. B., Dawes P. T., Mattey D. L. Influence of variations across the MMP-1 and -3 genes on the serum levels of MMP-1 and -3 and disease activity in rheumatoid arthritis // Genes and Immunity. - 2012. - V.13. - P. 29-37.Chen Y., Nixon N. B., Dawes P. T., Mattey D. L. Influence of variations across the MMP-1 and -3 genes on the serum levels of MMP-1 and -3 and disease activity in rheumatoid arthritis // Genes and Immunity. - 2012. - V.13. - P. 29-37.Claerhout S., Lim J.Y., Choi W., et al. Gene Expression Signature Analysis Identifies Vorinostat as a Candidate Therapy for Gastric Cancer // PLoS ONE. - 2011. - Vol. 6, №9. e24662.Claerhout S., Lim J.Y., Choi W., et al. Gene Expression Signature Analysis Identifies Vorinostat as a Candidate Therapy for Gastric Cancer // PLoS ONE. - 2011. - Vol. 6, №9. e24662.de Bruyn M., Machiels K., Vandooren J. et al. Infliximab restores the dysfunctional matrix remodeling protein and growth factor gene expression in patients with inflammatory bowel disease // Inflamm. Bowel Dis. - 2014. - Vol. 20, №2. - P. 339-352.de Bruyn M., Machiels K., Vandooren J. et al. Infliximab restores the dysfunctional matrix remodeling protein and growth factor gene expression in patients with inflammatory bowel disease // Inflamm. Bowel Dis. - 2014. - Vol. 20, №2. - P. 339-352.de Chassey B., Navratil V., Tafforeau L., et al. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. - 2008. Vol. 4, №230. Р. 1-12.de Chassey B., Navratil V., Tafforeau L., et al. Hepatitis C virus infection protein network // Molecular Systems Biology. - 2008. Vol. 4, №230. Р. 1-12.Erdmann J., Willenborg C., Nahrstaedt J., Preuss M., et al. Genome-wide association study identifies a new locus for coronary artery disease on chromosome 10p11.23 // Eur. Heart J. - 2011. - Vol. 32. - P. 158-168.Erdmann J., Willenborg C., Nahrstaedt J., Preuss M., et al. Genome-wide association study identifies a new locus for coronary artery disease on chromosome 10p11.23 // Eur. Heart J. - 2011. - Vol. 32. - P. 158-168.Gaymes T.J., Mohamedali A.M., Patterson M., et al. Microsatellite instability induced mutations in DNA repair genes CtIP and MRE11 confer hypersensitivity to poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors in myeloid malignancies // Haematologica. - 2013. - Vol. 98, №9. - P. 1397-1406.Gaymes T.J., Mohamedali A.M., Patterson M., et al. Microsatellite instability induced mutations in DNA repair genes CtIP and MRE11 confer hypersensitivity to poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors in myeloid malignancies // Haematologica. - 2013. - Vol. 98, №9. - P. 1397-1406.Jung S.W., Park N.H., Shin J.W., et al. Polymorphisms of DNA repair genes in Korean hepatocellular carcinoma patients with chronic hepatitis B: Possible implications on survival // Journal of Hepatology. - 2012. - Vol. 57. - P. 621-627.Jung S.W., Park N.H., Shin J.W., et al. Polymorphisms of DNA repair genes in Korean hepatocellular carcinoma patients with chronic hepatitis B: Possible implications on survival // Journal of Hepatology. - 2012. - Vol. 57. - P. 621-627.Kim H.S., Kim S.C., Kim S.J., et al. Identification of a radiosensitivity signature using integrative metaanalysis of published microarray data for NCI-60 cancer cells // BMC Genomics. - 2012. - V.13. - P. 348.Kim H.S., Kim S.C., Kim S.J., et al. Identification of a radiosensitivity signature using integrative metaanalysis of published microarray data for NCI-60 cancer cells // BMC Genomics. - 2012. - V.13. - P. 348.Kim S.K , Kang S.W., Kim D.H., et al. Matrix Metalloproteinase-3 Gene Polymorphisms Are Associated with Ischemic Stroke // Journal of Interferon & Cytokine Research. - 2012. - Vol. 32, №2. - P. 81-86.Kim S.K , Kang S.W., Kim D.H., et al. Matrix Metalloproteinase-3 Gene Polymorphisms Are Associated with Ischemic Stroke // Journal of Interferon & Cytokine Research. - 2012. - Vol. 32, №2. - P. 81-86.Letra A., Silva R.M., Rylands R.J., Silveira E.M., et al. MMP3 and TIMP1 variants contribute to chronic periodontitis and may be implicated in disease progression // J Clin Periodontol. - 2012. - Vol. 39. - P. 707-716.Letra A., Silva R.M., Rylands R.J., Silveira E.M., et al. MMP3 and TIMP1 variants contribute to chronic periodontitis and may be implicated in disease progression // J Clin Periodontol. - 2012. - Vol. 39. - P. 707-716.Li Y., Zhang Q., Liu Y. et al. Hepatitis C virus activates Bcl-2 and MMP-2 expression through multiple cellular signaling pathways // Journal of Virology. - 2012 - Vol. 86, №23. - P. 12531-12543.Li Y., Zhang Q., Liu Y. et al. Hepatitis C virus activates Bcl-2 and MMP-2 expression through multiple cellular signaling pathways // Journal of Virology. - 2012 - Vol. 86, №23. - P. 12531-12543.Machida K., McNamara G., Cheng K., et al. Hepatitis C Virus Inhibits DNA Damage Repair through Reactive Oxygen and Nitrogen Species and by Interfering with the ATM-NBS1/Mre11/Rad50 DNA Repair Pathway in Monocytes and Hepatocytes // J Immunol. -2010. - Vol. 185. - P. 6985-6998.Machida K., McNamara G., Cheng K., et al. Hepatitis C Virus Inhibits DNA Damage Repair through Reactive Oxygen and Nitrogen Species and by Interfering with the ATM-NBS1/Mre11/Rad50 DNA Repair Pathway in Monocytes and Hepatocytes // J Immunol. -2010. - Vol. 185. - P. 6985-6998.Mangia A., Santoro R., Piattelli M., et al. IL-10 haplotypes as possible predictors of spontaneous clearance of HCV infection // Cytokine. - 2004. - Vol. 25, № 3. - P. 103-109.Mangia A., Santoro R., Piattelli M., et al. IL-10 haplotypes as possible predictors of spontaneous clearance of HCV infection // Cytokine. - 2004. - Vol. 25, № 3. - P. 103-109.Nunez O., Fernandez-Martэnez A., Majano P. L. et al. Increased intrahepatic cyclooxygenase 2, matrix metalloproteinase 2, and matrix metalloproteinase 9 expression is associated with progressive liver disease in chronic hepatitis C virus infection: role of viral core and NS5A proteins // Gut. - 2004. - Vol. 53, №11. - P. 1665-1672.Nunez O., Fernandez-Martэnez A., Majano P. L. et al. Increased intrahepatic cyclooxygenase 2, matrix metalloproteinase 2, and matrix metalloproteinase 9 expression is associated with progressive liver disease in chronic hepatitis C virus infection: role of viral core and NS5A proteins // Gut. - 2004. - Vol. 53, №11. - P. 1665-1672.Okamoto K., Ishida C., Ikebuchi Y., et al. The genotypes of IL-1 beta and MMP-3 are associated with the prognosis of HCV-related hepatocellular carcinoma // Intern Med. - 2010. - Vol. 49, №10. - P. 887-895.Okamoto K., Ishida C., Ikebuchi Y., et al. The genotypes of IL-1 beta and MMP-3 are associated with the prognosis of HCV-related hepatocellular carcinoma // Intern Med. - 2010. - Vol. 49, №10. - P. 887-895.Pal S., Polyak S.J., Bano N., et al. Hepatitis C virus induces oxidative stress, DNA damage and modulates the DNA repair enzyme NEIL1 // Journal of Gastroenterology and Hepatology. - 2010. - Vol. 25. - P. 627-634.Pal S., Polyak S.J., Bano N., et al. Hepatitis C virus induces oxidative stress, DNA damage and modulates the DNA repair enzyme NEIL1 // Journal of Gastroenterology and Hepatology. - 2010. - Vol. 25. - P. 627-634.Pasini F.S., Zilberstein B., Snitcovsky I. et al. A gene expression profile related to immune dampening in the tumor microenvironment is associated with poor prognosis in gastric adenocarcinoma // J. Gastroenterol. - 2014. -Vol. 49, №11. - P. 1453-1466.Pasini F.S., Zilberstein B., Snitcovsky I. et al. A gene expression profile related to immune dampening in the tumor microenvironment is associated with poor prognosis in gastric adenocarcinoma // J. Gastroenterol. - 2014. -Vol. 49, №11. - P. 1453-1466.Sanchez-Parada M.G., Alvarez-Rodriguez B.A., Gomez-Meda B.C., et al. Association of genetic polymorphisms with histological grading of necroinflammation, staging of fibrosis, and liver function in Mexicans with chronic hepatitis C virus infection // J Investig Med. - 2015. - Vol. 61, №7. -. P.1088-1096.Sanchez-Parada M.G., Alvarez-Rodriguez B.A., Gomez-Meda B.C., et al. Association of genetic polymorphisms with histological grading of necroinflammation, staging of fibrosis, and liver function in Mexicans with chronic hepatitis C virus infection // J Investig Med. - 2015. - Vol. 61, №7. -. P.1088-1096.Sobczuk A., Poplawski T., Blasiak J. Polymorphisms of DNA repair genes in endometrial cancer // Pathol Oncol Res. - 2012. - Vol. 18, №4. - P. 1015-20.Sobczuk A., Poplawski T., Blasiak J. Polymorphisms of DNA repair genes in endometrial cancer // Pathol Oncol Res. - 2012. - Vol. 18, №4. - P. 1015-20.Song X., Zhong H., Zhou J., et al. Association between polymorphisms of microRNA-binding sites in integrin genes and gastric cancer in Chinese Han population // Tumor Biology. - 2015. - Vol. 36, №4. - P. 2785-2792.Song X., Zhong H., Zhou J., et al. Association between polymorphisms of microRNA-binding sites in integrin genes and gastric cancer in Chinese Han population // Tumor Biology. - 2015. - Vol. 36, №4. - P. 2785-2792.Vidigal P.G., Germer J.J., Zein N.N. Polymorphisms in the interleukin-10, tumor necrosis factor-alpha, and transforming growth factor-beta1 genes in chronic hepatitis C patients treated with interferon and ribavirin // J Hepatol. - 2002. - Vol. 36, №2. - P. 271-2777.Vidigal P.G., Germer J.J., Zein N.N. Polymorphisms in the interleukin-10, tumor necrosis factor-alpha, and transforming growth factor-beta1 genes in chronic hepatitis C patients treated with interferon and ribavirin // J Hepatol. - 2002. - Vol. 36, №2. - P. 271-2777.Zhao Y., Kang H., Ji Y., Chen X. Evaluate the relationship between polymorphisms of OAS1 gene and susceptibility to chronic hepatitis C with high resolution melting analysis // Clin Exp Med. - 2013. - Vol. 13. - P. 171-176.Zhao Y., Kang H., Ji Y., Chen X. Evaluate the relationship between polymorphisms of OAS1 gene and susceptibility to chronic hepatitis C with high resolution melting analysis // Clin Exp Med. - 2013. - Vol. 13. - P. 171-176.Zheng S., Tansey W.P., Hiebert S.W., Zhao Z. Integrative network analysis identifies key genes and pathways in the progression of hepatitis C virus induced hepatocellular carcinoma // BMC Medical Genomics. - 2011. - Vol. 4, № 62. - P. 1-10.Zheng S., Tansey W.P., Hiebert S.W., Zhao Z. Integrative network analysis identifies key genes and pathways in the progression of hepatitis C virus induced hepatocellular carcinoma // BMC Medical Genomics. - 2011. - Vol. 4, № 62. - P. 1-10.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.