medgenМедицинская генетикаMedical Genetics2073-7998Publishing House «Genius Media» LLCmedgen-189Research ArticleМАТЕРИАЛЫ ДЛЯ ОБСУЖДЕНИЯМультиплексное генотипирование SNP-маркеров наследственной тромбофилии методом SNaPshotMultiplex genotyping of hereditary thrombophilia SNPs by SNaPshot techniqueГолубенкоМ. В.GolubenkoM. V.maria.golubenko@medgenetics.ruБабушкинаН. П.BabushkinaN. P.noemail@neicon.ruГончароваИ. А.GoncharovaI. A.noemail@neicon.ruТомский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наукРоссияTomsk National Research Medical CentreRussian Federation20162601201715114648Copyright © Голубенко М.В., Бабушкина Н.П., Гончарова И.А., 20172017Голубенко М.В., Бабушкина Н.П., Гончарова И.А.Golubenko M.V., Babushkina N.P., Goncharova I.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/189

Актуальность. Тестирование наследственной предрасположенности к тромбозам является одной из актуальных задач медико-генетического консультирования. Информация о повышенном риске нарушений свертываемости крови является важной для предупреждения осложнений беременности, тромбоза, тромбоэмболии и других жизнеугрожающих состояний. Цель. Разработать панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования методом SNaPshot основных SNP, связанных с наследственной тромбофилией. Материалы и методы. В список генотипируемых полиморфизмов вошли rs6025, rs6027, rs1800595 ( F5 ); rs1799963 ( F2 ); rs5918 ( ITGB3 ). Для разработки проб и ПЦР-праймеров использовали программы Vector NTI и Primer3. Результаты. После подбора последовательности проб для генотипирования различной длины была проведена пробная реакция с набором Primer Focus kit, подтвердившая возможность мультиплексирования данных полиморфизмов. Осуществлено генотипирование контрольных образцов ДНК с известными генотипами. Определенные методом SNaPshot генотипы во всех случаях соответствовали генотипам, полученным другими методами. Выводы. Разработана и верифицирована панель олигонуклеотидных проб для мультиплексного генотипирования пяти полиморфизмов в генах факторов свертывания крови II, V и тромбоцитарного рецептора фибриногена (rs1799963, rs6025, rs6027, rs1800595, rs5918). Разработанная методика позволяет ускорить и автоматизировать процесс генотипирования.

Relevance: Testing of hereditary predisposition to thrombosis is an actual topic in medical genetic counseling. Information about increased risk for clotting abnormalities is important for preventing pregnancy complications, deep venous thrombosis, thromboembolism and other life-threatening conditions. Aim: To develop set of oligonucleotide probes for multiplex genotyping of several polymorphisms in the genes influencing thrombosis risk, using SNaPshot minisequencing technique. Materials and methods: The list of polymorphisms consisted of rs6025, rs6027, rs 1800595 in F5 ; rs1799963 in F2 ; rs5918 in ITGB3. For selecting the probes and PCR primers, Vector NTI и Primer3 programs were used. Results: After picking up the probes, possibility of multiplexing the polymorphisms in one tube was confirmed by Primer Focus kit reaction. Then several DNA samples with known genotypes were genotyped using the probes. In all cases, the genotypes determined by SNaPshot method corresponded to the genotypes detected by other methods. Conclusions: Panel of oligonucleotide probes for multiplex genotyping of five polymorphisms in the genes for coagulation factors II and V, and for integrin beta-3 (rs1799963, rs6025, rs6027, rs1800595, rs5918), has been developed and verified. The method allows speeding up and automatization of the genotyping process.

наследственная тромбофилияминисеквенированиеSNaPshotфакторы свертываемости кровиthrombosisminisequencingSNaPshotcoagulation factorsReferencesPhillippe HM, Hornsby LB, Treadway S, et al. Inherited Thrombophilia. Journal of Pharmacy Practice. 2014;27(3):227-233.Phillippe HM, Hornsby LB, Treadway S, et al. Inherited Thrombophilia. Journal of Pharmacy Practice. 2014;27(3):227-233.Yilmaz S, Gunaydin S. Inherited risk factors in low-risk venous thromboembolism in patients under 45 years. Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery. 2015;20:21-23.Yilmaz S, Gunaydin S. Inherited risk factors in low-risk venous thromboembolism in patients under 45 years. Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery. 2015;20:21-23.Moussaoui S, Saussoy P, Ambroise J, et al. Genetic Risk Factors of Venous Thromboembolism in the East Algerian Population. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2015; DOI: 10.1177/1076029615600789Moussaoui S, Saussoy P, Ambroise J, et al. Genetic Risk Factors of Venous Thromboembolism in the East Algerian Population. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2015; DOI: 10.1177/1076029615600789Ahmad F, Kannan M, Vinita Yadav V, et al. Impact of Thrombogenic Mutations on Clinical Phenotypes of von Willebrand Disease. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2010; 16(3):281-287.Ahmad F, Kannan M, Vinita Yadav V, et al. Impact of Thrombogenic Mutations on Clinical Phenotypes of von Willebrand Disease. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis. 2010; 16(3):281-287.Rozen S., and Skaletsky H.J. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000. P. 365-386.Rozen S., and Skaletsky H.J. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000. P. 365-386.Lu G, Moriyama EN. Vector NTI, a balanced all-in-one sequence analysis suite. Brief Bioinform. 2004;5(4):378-388.Lu G, Moriyama EN. Vector NTI, a balanced all-in-one sequence analysis suite. Brief Bioinform. 2004;5(4):378-388.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.