Актуальность. Мутации в гене ABCA4 вызывают широкий спектр рецессивных абиотрофий сетчатки, в том числе болезнь Штаргардта. Секвенирование полной белок-кодирующей последовательности гена у больных с клиническими признаками болезни Штаргардта не всегда позволяет выявить обе мутации, необходимые для развития заболевания. Ранее было высказано предположение, что патогенные мутации в гене ABCA4 могут располагаться глубоко в интронных областях, провоцируя формирование альтернативных сплайсоформ мРНК. Глубокое высокопроизводительное параллельное секвенирование РНК, выделенной из сетчатки доноров, выявило 15 альтернативных экзонов, слабо экспрессирующихся в нормальной сетчатке глаза человека. Были определены криптические интронные сайты сплайсинга, активация которых посредством мутаций может приводить к формированию патологических аллелей ABCA4 . Цель. Провести анализ криптических сайтов сплайсинга в некодирующих областях гена ABCA4 у российских пациентов с болезнью Штаргардта. Материалы и методы. Определение нуклеотидных последовательностей всех ранее описанных минорных экзонов и прилегающих к ним областей проведено в выборке из 29 пациентов с болезнью Штаргардта методом высокопроизводительного параллельного полупроводникового секвенирования ДНК клеток периферической крови. Результаты. В исследованной выборке выявлены только генетические варианты в криптических сайтах сплайсинга, представляющие собой частые полиморфизмы, которые не могут быть интерпретированы как патогенные мутации. Предположительно патогенных интронных нуклеотидных замен, которые ранее были выявлены в США и странах Западной Европы, нами не наблюдалось. Выводы. Отсутствие интронных мутаций в исследованных районах гена ABCA4 в выборке может объясняться низкой долей пациентов с единственной гетерозиготной экзонной мутацией или с отсутствием экзонных мутаций в гене ABCA4 , и не ставит под сомнение целесообразность поиска вариантов криптических сайтов сплайсинга в рамках молекулярно-генетической диагностики болезни Штаргардта.
Background. Mutations in the ABCA4 gene cause Stargardt disease and other blinding autosomal recessive retinal disorders. However, sequencing of the complete coding sequence in patients with clinical features of Stargardt disease sometimes fails to detect both mutations required to cause the disease. It has previously been hypothesized that mutations near rare alternate splice junctions in ABCA4 might cause disease by increasing the probability of mis-splicing at these sites. Deep next-generation sequencing of RNA extracted from human donor eyes revealed 15 alternate exons that are weakly expressed in normal human retina. Cryptic intronic splice sites, activation of which by mutations might lead to the formation of ABCA4 disease causing alleles, have been identified. Objective. To analyze the cryptic splice sites in the noncoding regions of the ABCA4 gene in Russian patients with Stargardt disease. Material and methods. High throughput parallel semiconductor sequencing of all previously described minor exons was performed on peripheral blood cells DNA from 29 patients with Stargardt disease. Results. In the group of patients under study we have identified only genetic variants in the cryptic splice sites that represent common polymorphisms and that cannot thus be interpreted as disease causing mutations. Our cohort of the patients lacked apparently disease causing intronic nucleotide substitutions that were previously identified in the North American and European populations. Conclusion. Failure to identify ABCA4 intronic mutations in this study may be explained by low representation of patients with one or no exonic mutations in our cohort and does not compromise the utility of intron cryptic splice sites sequencing as a part of Stargardt disease molecular genetic diagnostics.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.