Актуальность: гены TOMM40 и APOE расположены в одном локусе на хромосоме 19 (19p13). Анализ вклада полиморфизма этих генов в вариабельность клинически значимых показателей в популяции позволит оценить их роль в формировании заболеваний сердечно-сосудистой системы и их эндофенотипов. Цель: изучить полиморфизм восьми однонуклеотидных замен и политиминового (поли-Т) повтора в локусе TOMM40 / APOE в выборке здоровых индивидуумов и выявить ассоциации полиморфных вариантов с количественными показателями деятельности сердечно-сосудистой системы. Материалы и методы: в двух выборках индивидов, здоровых в отношении сердечно-сосудистых заболеваний (г.Томска, N = 183 и г.Кемерово. N = 183), были изучены полиморфизмы rs741780, rs2075650, rs1160985, rs157580, rs8106922, rs10524523 (поли-Т повтор) в гене TOMM40 и APOE: rs7259620, rs429358 и rs7412. Генотипирование проведено методами ПЦР в реальном времени и фрагментного анализа. Анализ ассоциаций с количественными признаками выполнен путем дисперсионного анализа и непараметрических критериев Манна-Уитни и Краскела-Уоллеса. Результаты. Получены оценки частот аллелей исследованных полиморфизмов у русского населения Западной Сибири, соответствующие характеристикам европеоидных популяций. Редкие аллели rs741780 и rs1160985 ассоциированы с более низкими уровнями триглицеридов (p = 0,031 и p = 0,044, соответственно); длинный аллель (L) поли-Т повтора rs10524523 ассоциирован с более высоким уровнем глюкозы (p = 0,027); rs7412 вносит вклад в вариабельность общего холестерола (р = 0,002) и липопротеидов низкой плотности (р = 0,006); rs2075650 ассоциирован с уровнями систолического артериального давления и липопротеидов низкой плотности в подгруппе мужчин (p = 0,026 и p = 0,002); генотип GG rs8106922 - с уровнем триглицеридов в подгруппе женщин (p = 0,036); rs429358 - с уровнем общего холестерола и липопротеидами низкой плотности (p = 0,002 и p = 0,006). Выводы. Полиморфизмы в локусе генов TOMM40/АРОЕ вносят вклад в изменчивость показателей липидного спектра, уровня глюкозы и артериального давления крови у русского населения Западной Сибири.
Relevance: TOMM40 and APOE genes are located in the same locus on chromosome 19 (19p13). The analysis of a contribution of polymorphism in these genes to variability of clinically relevant quantitative traits in healthy individuals can evaluate their contribution to cardiovascular diseases. Purpose: to study 8 SNP polymorphisms and poly-T repeat in TOMM40/APOE locus in a sample of healthy individuals and to investigate associations of the polymorphisms with quantitative characteristics of cardiovascular system. Materials and methods: rs741780, rs2075650, rs1160985, rs157580, rs8106922, rs10524523 (poly-T repeat) in TOMM40 gene and APOE: rs7259620, rs429358, rs7412 were studied in the sample of individuals without cardiovascular diseases (Tomsk, N = 183 and Kemerovo, N = 183). Genotyping was carried out with real-time PCR and the fragment analysis. The analysis of associations with quantitative traits was performed by ANOVA or Mann-Whitney and Kraskel-Wallace’s nonparametric criteria. Results: In respect of allele frequencies Russian population of West Siberia is close to other Caucasian populations. Rare alleles of rs741780 and rs1160985 were associated with lower levels of triglycerides (p = 0,031 and p = 0,044, respectively); a long allele (L) of the poly-T repeat (rs10524523) was associated with higher glucose level (p = 0,027); rs7412 contributes to the variability of the total cholesterol level (p = 0.02) and low-density lipoprotein cholesterol (p = 0.06); rs2075650 was associated with systolic blood pressure and low-density lipoprotein cholesterol in males (p = 0,026 and p = 0,002); GG genotype of the rs8106922 was associated with triglycerides in females (p = 0,036); rs429358 was associated with the total cholesterol and low-density lipoprotein cholesterol (p = 0,002 and p = 0,006). Conclusions: Polymorphisms in TOMM40/APOE locus contribute to the variability of lipid parameters, glucose level, and arterial blood pressure in Russian inhabitants of Western Siberia.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.